幾年後，一九五二年六月二十五日，「革命實踐研究院」研究員談明華，藉總統蔣中正接見之機，向蔣稟告張敏之、鄒鑑兩校長及受難學生蒙冤遭刑，冀為其平反，蔣中正批示「交辦總統府參軍處」，參軍長桂永清奉命重啟調查。
此時，原澎防部司令李振清已官拜臺灣保安司令部副司令；原臺灣保安司令部軍法處處長包啟黃已升任國防部軍法局局長。
（五）兩個月後，參軍處中將張家銓，閱畢「張敏之等叛亂案」卷宗（共9卷），向李振清詢問當年辦案經過，李當場寫下自白書，將所有責任推給時任三十九師政治部少將秘書陳福生：
「陳福生蒙蔽長官、非法刑求以取供；三十九師師長韓鳳儀亦遭陳福生蒙蔽；張敏之等被誣匪諜似為冤枉，論處死刑實屬過分。」
李振清還為自己撇清責任：本案起於「本身修養不足，想法與做法未能被貫徹……」
十月，桂永清呈報蔣中正：「張敏之等係屬冤抑；建議核派妥適的審判官，進行祕密復審；對張敏之、鄒鑑兩校長遺屬予以撫恤。」
蔣中正交參謀總長周至柔「研議處理」，周至柔卻將此案「發回臺灣保安司令部進行復審」，未久，臺灣保安司令部復回報：「本案無復審之必要」：
「陳福生不承認非刑逼供情事，係李振清聽信受害學生所傳之言；無證據確認張敏之等七人遭受刑求逼供；山東籍人士提供之證據，不足證明張敏之、鄒鑑等人應受無罪之認定。」
對臺灣保安司令部「免予復審」之處置，參軍長桂永清再建議：「另派具有偵審能力之妥員，暫以秘密方式進行復審。」此舉顯示，桂對臺灣保安司令部於此案之判者存有質疑；桂還建議，將陳福生交軍法審判，承擔責任。
蔣中正卻為此案定調，批示：「陳福生交軍法嚴究，餘准免復審。」
國防部乃將陳福生交臺灣保安司令部審訊，又經臺灣保安司令部軍事法庭於一九五三年十一月二十七日、一九五四年三月二十六日兩次開庭審判，仍以「無法證明陳福生傷害罪證」，判無罪。
國防部發回更裁，臺灣保安司令部仍以同樣理由，再判無罪。
其間，遲益啟等十九名山東學生聯名上書陳情，指陳福生等四人製作偽證，嚴刑逼供，焚燒學生「國民黨黨證」、「三民主義青年團團證」等，再提復審，參謀總長周至柔則以「無有力之新事證，且與審判規定不符」駁回。
偵查、審訊、軍法審判、復審、更裁，所謂「張敏之等叛亂案」之荒唐假案，於三十九師、臺灣保安司令部幾人股掌之間，草菅人命。
前山東省主席秦德純、參議長裴鳴宇曾聯名要求國民大會審理此案，陳誠以如此行事有礙國際觀感，會影響美國對臺灣的援助為由，撤銷此提案；再由行政院、國防部派人贈予張敏之、鄒鑑兩校長遺族五千元慰問金結案。
（六）
一九五五年，山東籍學兵已歷經五年風沙行伍，隨部隊移防臺中，時任國防部長黃鎮球向外界表達「學兵不願退伍，願在軍中求發展」，此消息實為某長官媚上編造，但導致學兵群情激憤：來臺本意繼續學業，被逼入伍如今演變成退伍遙遙無期！
於是發起爭取退伍復學運動，展開與國防部、軍團部的抗爭。
四月二十五日，學兵化整為零出營，數百名學兵齊集臺中火車站前，圍坐於蔣中正銅像四周，絕食抗議，其中三十九名學兵遭憲兵逮捕；僵持至次日淩晨，第一軍軍長鄭為元出面緩頰，學兵們才返回營區；遭捕之三十九名學生兵，除常賓傳、常永庚、常松山、徐修起四人被判重刑，其餘三十五人囚禁七個月後獲釋。
一九五九年，山東流亡學生被逼編兵入伍服役已整整十年，國防部終於核准部分學兵退伍復學；
一九六零年，全體山東籍學兵核准退伍復學，並舉辦入學考試，除考入陸軍官校者，另有三百人入學花蓮師範學校，還有部分入讀彰化員林實驗中學。
（七）
戒嚴數十年間，甚至解除戒嚴令之後的初期，「張敏之叛亂案」都是臺灣社會碰不得的禁忌話題，直到一九九六年，沉冤近半個世紀，臺灣才為坊間稱為「山東人的二二八事件」「外省人的二二八事件」的此案平反、回復名譽。
台灣的那些雞毛蒜皮 取自國史館
一九九九年，「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」對此案提出補償，受難家屬計九十三名。依據該會董監事會所核訂此案補償標準，遭判死刑者補償新臺幣六百萬元；發往「內湖新生總隊」感訓者補償新臺幣一百二十萬元；留置澎湖「新生隊」感訓者補償新臺幣九十萬元；每位受難家屬所得補償金，依民法繼承，持分補償金。
二零零零年，張敏之校長的遺眷獲得六百萬元補償金後，如數捐給山東煙臺第二中學，修築張敏之教學樓，並設立獎學金。
令人遺憾的是，一九四九年七月十三日當天被刺傷的學生代表唐克忠、李樹民，因屬「在軍中受私刑」，未經審判，沒有留下任何文件記錄；一九五五年四月二十五日「台中車站事件」被關押的三十九名學生，軍方係以「違反軍紀」的名義逮捕。如此，依法辦理但又受限於法規，這四十一位受害者無法以「張敏之判亂案」受害者的身分獲得補償金。
時過七十載，山東流亡學生心中的傷口仍在流血，少小離家輾轉南遷，卻被軍方粗暴輾斷青春，正如倖存者黃端禮老先生眼含熱淚所言，他們都是「白色恐怖那個時代的刀下餘生」。人生無法重來，受害者與倖存者，同為戰爭、戰後白色恐怖的犧牲品。
如今，一塊紀念碑立於澎湖馬公市觀音亭西側海堤，以記取史鑒、告慰逝者：一九四九年，七千山東學童與老師跟隨國府跨海來到這裡，脫離戰火以求復學，拒絕編兵而遭構陷為「匪諜」，師生遭酷刑、校長被槍決。
小檔案：歷史學家張玉法，前警政署署長顏世錫，國軍王文燮將軍，王若愚將軍，李楨林將軍，當年聯合中學訓導主任苑覺非等皆為當年遭強征入伍的山東流亡師生。
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資料來源：
國史館
黃翔瑜：《山東流亡師生冤獄案的發生及處理經過（1949 - 1955）》，臺灣文獻
胡婉玲：《山東流亡師生 澎湖案》，民視
謝孟穎：《被遺忘的「外省人版二二八」：14歲孩子流亡澎湖拒當兵，換來校長遭槍決、女學生剝光曝曬》
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