《東京教父》(Tokyo Godfathers) 2003
在《千年女優之道》一書中，今敏為《東京教父》一作寫下了以下的文字：「《千年女優》後，我的第二部原創動畫電影。在我既非動畫大師，作品也非漫畫原作改編、繼續製作原創作品非常困難的情況下，還連續做了兩部原創動畫電影，這果然是因為我的才能，不，人品⋯⋯不，是因為幸運啊。所以，為了表示一下，『幸運』成了《東京教父》的一大主旨」。
聖誕節前夜的東京，三個混跡在新宿無家可歸的流浪漢在垃圾場撿到了一個嬰兒。一個欠債纍纍的中年大叔、一個離家出走的少女與一個前扮裝皇后的變性者為了把這個嬰兒送回父母的身邊，而跑遍了整個東京，遇見了一連串奇蹟般偶然的事件。
故事中的三個主角都是無家可歸者。但比起說是失去了「家」，他們其實更像是失去了「家人」。跨性別者小花曾經是酒吧的駐唱歌手，卻因為愛人的離世和過去留下的過失而不願再登台表演；喜歡酗酒賭博的阿仁，因爲欠下一屁股債而沒臉面對家人；離家出走的美由紀則是因為一直以來都感受不到父母的關愛，在一次誤會中錯手刺傷了父親。這樣的三個人雖然毫無血緣關係，卻在失去了家人後像親人般聚在了一起。
他們在聖誕夜偶然撿到的嬰兒清子就像是救世主，讓他們不斷地在一系列的奇蹟中得救，像是偶然地避過一次又一次的車禍、在渺無人煙的墓園中居然找到嬰兒尿布和奶粉、偶然救下的大叔居然是個富裕的黑道大哥。與此同時，也因為清子，三個無家可歸者開始與社會重新連結，各自與家庭本已喪失的羈絆也在逐漸復活。阿仁在醫院重遇多年沒見的女兒，並得知了女兒的近況和聯繫方式；美由紀偶然在報章中看到爸爸所刊登的訊息，並因此對當年的誤會釋懷；從小被父母所拋棄的小花雖然沒有血親，但她也在重回酒吧後，獲得了比血肉還親的媽媽桑的原諒。正如小花所說：「讓對方看過自己的所有面目後，對方卻仍能全盤接受，這樣不就是家人嗎？」。
當今敏導演被問到對於命運和緣分的解讀時，他是這樣回答的：「命運及緣分都不是能靠個人的力量及意志所能控制的，在《東京教父》中常常出現的『 偶然 』也是如此。這個世界上存在著許多不論再怎麼努力都無法如願的事。與其在事件發生後抱怨，不如想想該如何去收拾這已經發生的事實，我想這應該是比較重要的」。雖然選擇逃避、執著於過去的錯誤並沒有什麼錯，但與其沈溺於後悔、執著於無法改變和無法掌控之事，不如努力走向可以改變的未來。「偶然」和「奇蹟」雖然充斥著整部電影，多到讓人感到不可思議，但這些都純粹只是幫助主角們的方法而已。要真正走向未來還是得要靠他們自身的努力。
《東京教父》雖然不像今敏導演另外的三部長片，總是遊走在虛實之間，但當中所繪畫的現實卻是不可思議到讓人無法相信。不過，我想正是因為當中所發生的各種奇蹟，我們才會懷抱希望地被此安慰吧。另外，「自我尋找」的影子則似乎在今敏的每一部電影都存在著，只是《東京教父》尋找的是「過去的自我」。小花、阿仁、美由紀他們三個其實都是逃避過去的人。他們無法面對自己過去所犯下的過錯，無法直面自己的人生，所以才會選擇成為流浪者。但清子的出現卻讓他們開始重新拾起過去，重新面對過往的人生和自己。唯有這樣直面「過去的自我」，他們才能真正地邁向未來。
