在這崇信科學的時代，沒有人會料想到世界上竟有「神」的存在，在無數次的觀測中，科學家們終於發現了祂們的蹤影，而且就在不遠處的太陽之上，於是他們決定展開登日計畫，打算去尋找那未知的神祕。
科學家奇蒂娜深知這是不可行的事情，因為她從小就知道所謂的「神」，不過是其他時空的人類所變成的光，而且祂們遵循著時空環的安排，必定會毀滅地球，正如同上世紀人們推測的那樣，太陽的衰變會吞噬地球，然而不論是天擇或人為，地球勢必都會被太陽所吞沒，因為這就是地球的命運，也是時空環的法則，大家都會難逃一死的。當奇蒂娜告訴同事這些話的時候，他們更加確信要執行登日計畫，而且勢在必行，奇蒂娜無奈之下，決定背著同事將自己的DNA、記憶與意識備份並傳輸至宇宙中，希望有哪個高等文明可以塑造她，好似這樣做，自己又能以新身分繼續活著。
果不其然太陽神消滅了地球，但太陽神也創造了新地球，為的就是希望「小娜」能透過太陽神給予的新科技誕生於世，因為小娜正是能拯救宇宙的救世主，然而，究竟是為什麼呢？為何要先毀滅再創世？理由很簡單，因為時空環的緣故，所以安排了宇宙每次的重生事件也會這麼發生，而時空環是什麼呢？時空環意即時空的循環，是以莫比烏斯環的形狀形式在決定每個時空的發展，所以不管遇到了什麼事情，那都是注定會發生的。
但太陽神原先也不知道自己的使命，是在未來時空神和過去時空神的指引下，才知曉自己要跟著小娜一起去完成時空環的安排，正是消滅宇宙的大洞，讓這個破洞可以被太陽和小娜的力量填補起來，讓宇宙可以繼續好好的活著，直到下次的收縮與大爆炸。
奇蒂娜的備份也在新地球上被塑造出來，她的記憶被新人類科學家讀取，他們也讓小娜誕生於世，而奇蒂娜也帶著小娜好好過生活，沒想到命運總是擺脫不掉，未來時空神透過小黑洞給予了小娜神奇的手環，於是小娜變成了「魔法少女」們要去解決宇宙的大洞，也在這個過程中成長和探索真相，最後和家人們一起去遊樂園玩耍，也在太陽落下後一起回家過上安穩的生活。
