1578年凱比爾堡戰役 (*亦稱三王戰役 Batalha dos Três Reis) 在摩洛哥爆發,葡萄牙國王賽巴斯蒂安一世 (Sebastião I) 御駕親征,介入摩洛哥內部的王位紛爭。原本略勝一籌的葡軍不幸戰敗,撤退途中又遇上河流漲潮,導致死傷慘重,連國王都戰死,大批將士被俘淪為階下囚。為了贖回大批俘虜,葡萄牙政府不得不付出巨額代價,這對於原本就已浮現許多問題的葡萄牙,無疑是雪上加霜。
1755年11月1日里斯本外海爆發芮氏規模九的大地震 (Sismo de Lisboa de 1755),地震、大火及海嘯摧毀了大半個里斯本,也使本已搖搖欲墜的葡萄牙更加元氣大傷。1806年拿破崙揮軍入侵葡萄牙,之後更開啟長達五年的「半島戰爭」。這場「半島戰爭」沉重打擊了葡萄牙,連帶使美洲殖民地掀起獨立運動。葡屬巴西於1822年宣告獨立,至此葡萄牙失去了最重要的殖民地,往後再也沒有重振雄風過。