在這崇信科學的時代,沒有人會料想到世界上竟有「神」的存在,在無數次的觀測中,科學家們終於發現了祂們的蹤影,而且就在不遠處的太陽之上,於是他們決定展開登日計畫,打算去尋找那未知的神祕。
科學家奇蒂娜深知這是不可行的事情,因為她從小就知道所謂的「神」,不過是其他時空的人類所變成的光,而且祂們遵循著宇宙的意志,必定會毀滅地球,正如同上世紀人們推測的那樣,太陽的衰變會吞噬地球,然而不論是天擇或人為,地球勢必都會被太陽所吞沒,因為這就是地球的命運,也是宇宙的意志,大家都會難逃一死的。
當奇蒂娜告訴同事這些話的時候,他們更加確信要執行登日計畫,而且勢在必行,奇蒂娜無奈之下,決定背著同事將自己的DNA、記憶與意識備份並傳輸至宇宙中,希望有哪個高等文明可以塑造她,好似這樣做,自己又能以新身分繼續活著。
果不其然太陽神消滅了地球,但太陽神也創造了新地球,為的就是希望「小娜」能透過太陽神給予的新科技誕生於世,因為小娜正是能拯救宇宙的救世主,然而,宇宙的目的,究竟是什麼呢?為何要先毀滅再創世?理由很簡單,因為宇宙的時間線有了干預因子,所以導致宇宙下次的重生事件也會這麼發生,也就是一念間決定了永生永世的注定,除非有誰要改變這個史實,不然時空將會在不斷輪轉的時候,必定發生某些事件,就像是科學家的決斷和太陽神的行為一樣,注定都會發生的。
但太陽神原先也不知道自己的使命,是在未來時空神和過去時空神的指引下,才知曉自己要跟著小娜一起去完成宇宙的心願,而宇宙的願望,正是消滅宇宙的大洞,讓這個破洞可以被太陽和小娜的力量填補起來,讓宇宙可以繼續好好的活著,直到下次的收縮與大爆炸。
奇蒂娜的備份也在新地球上被塑造出來,她的記憶被新人類科學家讀取,他們也讓小娜誕生於世,而奇蒂娜也帶著小娜好好過生活,沒想到命運總是擺脫不掉,未來時空神透過小黑洞給予了小娜神奇的手環,於是小娜變成了「魔法少女」們要去解決宇宙的大洞,也在這個過程中成長和探索真相,最後和家人們一起去遊樂園玩耍,也在太陽落下後一起回家過上安穩的生活。