早療是一個長期戰，需要家人投入大量的時間與金錢，使孩子上早療課程習得所需技巧與能力。政府為了緩和家長在金錢上的壓力，凡是符合各縣市政府所列條件，均可申請早療補助。然而，各縣市的條件、申請時限、補助項目或補助金額會有些許差異，每年的補助計畫也可能會變動，建議申請補助前與承辦單位確認喔。
補助項目
- 交通補助費：兒童至規定之療育單位，進行健保給付之早期療育項目。
- 療育訓練費：兒童至規定之療育單位，進行健保不給付需全額自費之早期療育項目，以實際自費金額計算。
若同一日於同處進行早期療育者，交通補助費及療育訓練費之費用僅得擇一補助。
申請流程
雖然各縣市政府規定有些許差異，但是大原則皆是相似的。以下將以首次申請『台北市』的交通補助費為例。
1) 發展評估
至衛生福利部輔導設置聯合評估中心、評估醫院或地方政府認可之醫院安排發展評估以取得綜合評估報告書或發展遲緩診斷證明書。
2) 完成通報
已向兒童所設籍之發展通報轉介中心完成通報。通常醫院會協助完成通報，若不確定，可申請補助前詢問發展通報轉介中心，也可於衛生福利部完成線上通報。通報的好處是會有當地社工協助家長，提供當地療育服務資訊，因此將有社工一同與家長共同協助孩子接受早療。未來若有教育方面的資源需求，專業人員也會提出相關建議及服務給有通報之個案。否則將沒有上述服務機制及補助。至醫院做兒童發展聯合評估時，其實醫院是有（法定）通報義務須向相關單位通報。
依據兒童及少年福利與權益保障法第32條：各類社會福利、教育及醫療機構，發現有疑似發展遲緩兒童，應通報直轄市、縣（市）主管機關。直轄市、縣（市）主管機關應將接獲資料，建立檔案管理，並視其需要提供、轉介適當之服務。
以台北市為例，補助對象必須設籍於台北市以及於本市發展通報轉介中心完成通報並符合下列條件之一者：
a) 未達就學年齡之疑似發展遲緩、發展遲緩或身心障礙兒童。
b) 已達就學年齡，經特殊教育學生鑑定及就學輔導委員會同意暫緩入學之發展遲緩或身心障礙兒童。
前項所稱疑似發展遲緩、發展遲緩兒童，指持有衛生福利部輔導設置聯合評估中心或地方政府認可之醫院開具之綜合報告書（有效期間依報告書有效期限認定之）或疑似發展遲緩、發展遲緩證明書（有效期間自開立日期起算一年內為有效）者；所稱身心障礙兒童係指領有本市核（換）發或註記之身心障礙證明（或手冊）者。
3) 早療課程
兒童至規定之療育單位，進行健保不給付或健保給付之早期療育項目。
臺北市早期療育合約醫院及診所一覽表
各直轄市、縣(市)政府早期療育單位彙整表
以台北市為例，健保給付之早期療育項目包含物理治療、職能治療、語言治療、心理治療或屬物理治療、職能治療、語言治療或心理治療之認知、感覺統合、親職教育、聽能訓練、視能訓練、視知覺或行為矯正。每次補助交通費新臺幣兩百元。同一日於同處進行二次以上早期療育者，其補助以一次為限；同一日於不同處進行二次以上早期療育項目者，其補助最多以二次為限。
而健保不給付之早期療育項目包含音樂療育訓練、戲劇療育訓練、遊戲療育訓練、舞蹈療育訓練與藝術療育訓練，其療育訓練費以實際之自費金額補助。
交通補助費及療育訓練費合併計算，每人每月最高補助金額為新臺幣 3,000 元整，低收入戶每人每月最高補助金額為新臺幣 5,000 元整，經本府安置於寄養家庭或安置教養機構之兒童，其補助標準比照低收入戶。
4) 申請補助
依照各縣市規定提供應備文件至承辦單位。
以台北市為例，應備文件如下：
a) 療育補助申請書，申請人記得要簽名。
b) 綜合評估報告書全本影本或診斷證明書影本或身心障礙證明或手冊影本。（初次申請應檢附，或有效期屆滿，須再次檢附）。
c) 申請人郵局或台北富邦銀行存摺影本（首次申請或變更時須檢附， 如戶名非申請人本人或補助對象，須註明關係）。
d) 申請交通補助費用：臺北市政府衛生局就醫護照療育紀錄單、就醫治療紀錄（療育單位提供之治療紀錄單、紀錄卡等），若為影本須加蓋療育單位戳章或治療師職名章，並註明療育項目、療育日期或是本局發展遲緩兒童療育補助「交通補助費」治療紀錄單。
e) 申請自費療育訓練費用：早期療育訓練費用收據正本，並須註明單月金額、療育項目、療育日期；或本局發展遲緩兒童療育補助「療育訓練費」治療紀錄單，並須黏貼收據正本。
f) 其他證明文件，例如暫緩入學之證明影本、低收入戶證明影本、寄養家庭或安置教養機構之相關證明文件。
5) 款項入帳
依照各縣市政府之指定時間款項將匯至申請人或兒童之帳戶。
各縣市政府早療補助資料
北部地區
中部地區
南部地區
東部地區
離島地區
