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基因研究在原住民世界沒有好名聲，因為包括台灣在內的世界各地都有不少人喜好以基因研究佐證血統主張，將原住民族與殖民國家之間的國際政治問題簡化成一個可以量化的數字問題。當然，並不是所有科學家都抱著惡用科學的念頭展開研究。
最近也有一項基因研究受到國際注目，是巴西聖保羅大學基因與進化生物學系新發表的研究成果，關於美洲原住民與澳洲原住民的基因關連。
人類大約在距今一萬五千年前經由白令陸橋抵達美洲，而聖保羅大學的研究顯示，儘管過了這麼多年，今天的美洲原住民還是帶有這古老的澳洲基因印記 Ypikuéra，一般簡稱為「Y 人口訊號」。Y 訊號見於南亞、澳洲和美拉尼西亞的原住民，也見於今天南美洲太平洋沿岸的原住民和亞馬遜地區的原住民。最早的美洲定居者可能是出於對生存環境的選擇，大體上沿著海岸居住，北起阿拉斯加，南到智利。但 Y 人口訊號基本上只出現在南美洲的原住民身上，這表示當初的遷徙者可能在很短的時間內就抵達南美洲，當然，科學界也有揣測，或許這是因為帶有 Y 訊號的北美洲及中美洲原住民在歐洲人的殖民運動中死亡殆盡了。
基因研究顯示，從北美往南美的人口遷徙曾有兩波，第一波的遷徙者留在太平洋畔，第二波的遷徙者則有翻越安地斯山脈的壯舉，這解釋了 Y 訊號何以出現在內陸亞馬遜地區的原住民身上。
亞馬遜地區的原住民帶有 Y 訊號，也讓人好奇揣測古代澳洲人是否曾有橫渡太平洋的遠航活動。雖然海路確實遠比陸路直接，但至少目前還沒有基因證據支持遠古時代的遠洋航行假說。
參考資料：關於原住民基因擴散的研究
讀取新聞｜2021 年 4 月 2 日
澳洲與南美洲的基因關連｜即時科學
