電影改編自連載了100天的四格漫畫《100天後會死的鱷魚》（日語：100日後に死ぬワニ），分為兩部份：鱷魚君死前的100天和死後100天後。這雖然是卡通片，但一看電影名字，就知道這是個有關生死的沉重故事，也是如何去面對成長帶來的悲傷的故事。
鱷魚君是一個有愛心、體貼，懂得照顧別人的人，所以和身邊的人關係也不錯。電影前半部，鱷魚君死前100天裡便是鱷魚君和老鼠君、鼴鼠君這三位朋友的友情和生活點滴，大家都要面對工作、感情、生活的考驗和煩惱，但三人總會互相扶持、互相鼓勵，一起去面對不同的挑戰。
其中一次，鱷魚君失戀了，老鼠君駕著電單車，載他去吹風，並到一個山上，一起看日出。隨著朝晨隨隨升起，鱷魚君的悲傷也像冰雪一樣慢慢消溶，兩人一起靜靜感受著晨曦為他們帶來的溫暖，還有兩人間的友情。
當鱷魚君表白成功，更約了情人和一班朋友一起去賞櫻時，第100天到了。鱷魚君因意外去世了。
鱷魚君死去100天後，老鼠君因此十分傷心，甚至躲起來，避開之前的朋友，在家頹廢封閉起自己來。然而卻搬來了一位青蛙君，他寂寞、熱情，但又有點沒有分寸。他努力想和鱷魚君的朋友們做朋友，但又受到他們拒絕。直至他跟老鼠君坦白自己也是因為失去了一位朋友，為了逃避而搬到這裡。他想本想認識新朋友來修補自己的悲傷，但因太唐突反而被人疏遠了。
老鼠君聽到後，忽然反思起自己的情況，於是也帶著青蛙君一起到那個和鱷魚君一起去過的山上一起去看日出。然後老鼠君終於去面對自己的悲傷，也拉著青蛙君一起，再去和之前的朋友見面。
電影的畫風很粗糟，和現在漂亮細緻的畫工無法比較，但其本義不在畫功，而在發生在平凡生活中的故事。生離死別看似跟我們離開很遠，但當突然來到跟前時，卻又是令人無力。真正的人生真的不在十分精彩的一兩天，而是在每天中的點點滴滴。鱷魚君和一眾朋友的感情不會比讀書更好、賺多錢的人差，但也不會比他們好，因為感情是不論貧富貴賤，只在乎你是否真的誠心實意去對待你身邊的人，就像鱷魚君一樣。
縱使不幸，縱使無可奈何、無法更改，日子還是要過。人生總會有分別，或早或遲，但是否珍惜當下，善待身邊的人，卻會令每一天都不同。日子總是要過，明天的太陽還是會再次升起，就讓我們用那溫暖的日出來治愈成長的悲傷。
鱷魚君，謝謝你！
