佛陀紀念館自建館以來積極建置友善環境，2011年以綠色園林概念建構，館內推動綠能環保從不間斷，2014－2021年年通過國際能源管理系統ISO50001認證至今，並納入佛館營運管理辦法運作當中，主動宣導使用節能設備。每天所產生之污水、樹葉垃圾均再生利用，逐漸降低二氧化碳排放量，2010年起開始使用綠能電動車，推展綠能環境。
佛館以實踐三好、四給為核心價值，致力博物館永續經營目標，邁入第十一年，持續推動生命教育和環境教育，積極推動「佛陀紀念館自然環境教育計畫」。2022年5月中舉辦了環境教育試教課程，從溫室效應、氣候變遷、減緩調適、降低碳排放等，透過環教小組操作教具，並從體驗佛教植物互動遊戲中，以及小組討論，讓學員深入了解植物對地球的重要性，植物對地球固碳做了多少貢獻，如何為地球減碳、發願幫地球降溫等等。
關懷環境、重視環境、友善環境，所以要落實永續環境，2018年9月 8日「環境友善祭祀國際論壇」在佛館舉行，該活動由行政院環保署主辦，邀新加坡、韓國、台灣的專家學者等150人參與，透過經驗交流，建立同體共生觀念，同時見證了佛館是最佳友善環境。對館內五和塔電子香燭、殿堂電子LED燈、整個環境的生態，從宗教、人、環境、文化、藝術，都感受到佛館樹立了友善環境的標竿，非常成功。
館長如常法師應邀發表主題演說，表示早在2010年佛光山開山星雲大師就已提倡〈環保與心保〉，佛館在開館後就力行只有公益沒有公害，推廣護生教育，尊重生命，行三好就是做環保，從心靈環保下手以淨化人心。現任環保署張子敬署長，當年身為副署長表示，佛館推動心靈環保成效卓著，在佛館舉辦論壇意義深遠。
另於2018年8月2日，全台優秀的環境教育專家組成的教育部環境教育大使一行，成員包含來自桃園、台中、彰化、嘉義、高雄、屏東等具專業背景的中小學校長和老師，以及鯨旗國際環境創產有限公司執行長許毅璿所帶領的專業團隊，選擇環境教育特優場域的佛館作為參觀重點，期待讓環境教育注入更多的心靈感受。有專員在茶禪體驗後，認為佛館的設計是全面性的，每個年齡層都有照顧到，也思考在環境教育中應該要導入舒壓的「茶禪」，深入茶文化和茶知識的層面，也是符合環境教育的議題。高雄市龍華國中校長呂淑媛對於園區蘊藏豐富的生命、教育和人生哲理，認為如果在孩子人生每個點的教育中，都能像佛館注入這樣的心靈境教，孩子會更快樂的學習。
如常法師說，星雲大師建設佛館的心願，即是以人為本，從0歲到100歲都能照顧到，所以整個園區重視生態保護，從環保到心保，佛館是一個「善的循環」之地。
