在希臘神話中普羅米修斯創造了人類，他愛人類，他為了人類從奧林匹克山盜取火種因而觸怒宙斯，最終被逐出奧林匹克山。
而在「普羅米修斯」這部電影中，敘述在未來的某一天，一對考古學家情侶在不同的古代遺址中透過考古研究發現在遙遠的過去，可能真的曾有過「神來到了地球並創造了人」的事，而且「神」是來自太空中的某個特定星座。
這對考古學家情侶說服了一個商業財團以科學研究的名義，出資準備前往這個「神的故鄉」去追尋人類的起源與對神的信仰。極具象徵意義地，這艘準備飛往「神的故鄉」的太空船恰好命名為「普羅米修斯」號，人類希望探尋自身起源然後偕同創造了自己的「神」，同登奧林匹亞山的神殿？但是諷刺的是這個財團首腦之所以願意資助他們，卻不是什麼高貴的理由，僅是這個首腦已不久於人世，他希望「神」會治好他的病。讓他得以延壽？或永生？同行的還有一個生化機器人，他像人而其實不是人，某個層面他更像是個奴隸，企業首腦的奴隸，但是這個表面對人類百依百順的機器人，卻也有自己的情緒和想法，或許他內心真正的想法是解放自己。而這個機器人大概是全片中最有立體感的角色。
然後他們飛到的太空深處，終於抵達了神話裡的那個星球，但是那個星球並不是神的故鄉，只是神用來研發生化武器的基地。而神也並不愛世人，他研發生化武器的目的其實是要消滅人類，地球可能只是神的另一個生化實驗室，人類可能是神所創造，但是神最終決定滅了我們。原因不明。
但是神創造的武器威力過於強大，連神自己也控制不住、招架不了。在兩仟年前，神發明準備用來摧毀人類的終極武器卻反過來殺光了大部份的神，只剩一個神藏在冬眠倉的裡倖存下來。而兩千年前就是耶穌降生的年代，作者想要隱喻什麼？耶穌是神的一分子？他來到地球是為了瞭解生化實驗的結果，但是愚蠢的人類竟然殺害神的使者，於是神認為實驗失敗，決定回過頭來滅了我們？
人類來到了這個生化實驗星球也喚醒了倖存的神，這個倖存的神顯然厭惡人類，他扭斷機器人的頭，並開始追殺人類，並準備駕駛飛行器繼續未竟的任務，準備攜帶生化武器前往地球消滅人類，我們的科學太空船只好把自己充當炸彈，往神的太空船撞去，暫時解救了地球人類。
僅僅只是暫時。因為唯一倖存下來的女科學家攜著只剩下一顆頭的生化機器人，駕著神的另一具飛行器，準備前往神的真正故鄉，而這不知道是否會引來真正滅絕人類的殺機？雖然她已知道基地中的神要滅了人類，但是她更想知道神為何要創造出人類？雖然知道或追尋這個答案可能導致人類的摧毀。
普羅米修斯是大導演雷利史考特的作品，對於拍出「異形1」、「銀翼殺手」這樣經典科幻片的大導演而言，普羅米修斯的故事架構磅礡，直接探討人類神話與宗教的起源，大師的企圖心十足，但是除了因為科技進步，許多特效更為精緻外，更有震撼力外，這部片子卻呈現出觀眾「無法看到」導演如何表達與說故事，而像是用旁白字幕直接告訴我們，導演想要傳達的是什麼。
很多人大概會認為作者想說的是「不要去探究人類的起源，否則就會自取滅亡」，因此神愛世人只是我們一廂情願，神話或宗教更像是我們的自我投射，我們期待未知是甚麼樣的世界，其實都只是我們對不完美現實的理想投射，但真相卻可能是殘酷的。而對神來講人類如螻蟻，踩死一隻或兩隻根本不算什麼？
在華德與布朗李合著的<地球是獨一無二的嗎?>這本天體生物學的經典傑作中，在作者論及外星生命以及外星文明存在的或然率時，作者有一段話說到，如果宇宙中真的存在有能力來到我們星球的高等文明，千萬不要讓他知道我們的存在，因為對於這些高等文明而言，滅了我們一如我們摧毀一個螞蟻窩一樣，其實是一件沒有罪惡感的事。
然而普羅米修斯想表達的真是這樣殘酷，這樣令人不寒而慄的結論嗎？如果是，那人類對神的信仰是否變成一幕反諷劇？只是徒然？如果我們信仰的神並不存在，那麼一切人類的行為都將是可以的，罪與罰都是虛幻，懺悔與救贖也不存在，西方文明賴以存在的基石瞬間崩毀如雲泥，人類形而上的一切終將成為巨大的謊言？但電影結尾時女主角顯然並未放棄對上帝的信仰，電影做這樣的收尾是為了向教會交心，還是作者另有話說？其實就電影有限的劇情篇幅，其實是猜不出來，也沒辦法確知劇組的企圖。或許續集會有答案。如果有續集的話。
這部片子的劇情架構可以達到一個直探宗教本質的高度（這樣說似乎會引起誤解，這可不是一步宗教片。），但整部片子表現卻也浪費了一個具有成為經典鉅片的故事設計。無論如何，放在這陣子諸如「復仇者聯盟」、「惡靈古堡４」這些只剩科技的電玩片中，普羅米修斯仍顯得傑出不凡，還是存在著許多劇情想像與討論的樂趣。
另外本片很難不讓人聯想到是否是「異形」的前傳。雖然導演一再否認此片與異形有何干係，但是整個故事的架構和最後異形出現的結局，這部片子就很難不在異形的陰影下被觀看。對於觀者而言，尤其是看過異形的觀眾來講，兩者的聯繫與解讀才是觀影的另一個樂趣所在。
