故事從東京的聖誕夜開始，三位流浪漢從原來的世界，因為不同的傷痛，自我流放到廢棄之地，紙箱搭建的屋子就是他們的家。他們對眼前的棄嬰，各有不同的想法。
「我們只是流浪漢。」阿仁不斷重述，「把孩子交到警察局吧。」阿仁自稱是自行車選手，因為聽信損友比賽放水，從此妻離子散，一生潦倒。
「我要問她的父母，為什麼拋棄她。如果我可以原諒他們。那麼我也可以原諒我的父母。」小花堅持要為孩子找到母親，因為他從小被拋棄，沒被人愛過，一輩子想當個母親，而這個棄嬰是「上帝給她的禮物」。小花並給女嬰取名為清子，意思為「純潔的小孩」，因為小花相信聖誕夜是一年之中最純潔的一個夜晚。
「別人會怎麼看我們呢？遊民、逃家少女、人妖。連自己都養不活了，還養孩子？」由美紀質疑。她因爭吵而失手刺傷父親，從此翹家不歸。
儘管他們連基本的生存都有困難，但棄嬰清子的存在，成為唯一奮鬥的目標。
「我不能讓清子跟我一樣，她應該要回到母親身邊。」小花雖自稱是人妖，卻展現了人性最純真的一面。
這些社會底層的小人物，雖然一無所有，仍然願意捨己。跌跌撞撞的尋親過程，同時也歸返自己的生活軌道。阿仁與女兒重逢，參加女兒的婚禮；小花回到酒吧，媽媽桑不計前嫌，依舊掛念他；由美紀看到父親的登報啟事，鼓起返家的勇氣。三個毫無血緣關係的流浪漢，改變了棄嬰的生命，同時找回自己的人生。他們原本是社會底層最不堪的人物，而今卻成為守護他人生命的「教父」(Godfather)。
《東京教父》(Tokyo Godfathers)是今敏最滿意的作品，明快的故事節奏與對話，不僅立體地刻畫出人物性格，人性的軟弱與光輝，也交織成細膩動人的劇情。
「壓傷的蘆葦他不折斷，將殘的燈火他不吹滅。」〈馬太福音12:20〉今敏跳脫流浪漢的苦情設定，在貧乏至極的人生裡，挑燃了希望的燭火。在今敏的敘事裡，聖誕夜的奇蹟，同時翻轉了我們的生命。如果哪一天，我們真的一無所有，人性的善良，依舊會帶給我們幸福的終局。
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第23屆（平成15年度）藤本賞獎勵獎：丸山正雄
東京國際動畫博覽會2004アニメアワード・コンペティション劇場電影部門優秀作品獎、導演獎：今敏、美術獎：池信孝
第58屆（2003年度）毎日映畫コンクール動畫電影獎
