在台北市的黑箱疫苗案後，柯文哲在臉書表示：「歸根究底，想打疫苗，想搶疫苗，都是出自人性，如果疫苗足夠，台灣怎麼會有疫苗特權階級？」這種本該是柯粉們拿來自我安慰的藉口，卻出自堂堂台北市長之口，連自己市政府分配的疫苗都要怪到中央、怪到人性，一向號稱實事求是的柯文哲，怎會走到如此田地？
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在6月7日時，柯文哲曾在記者會上表示，台北市醫院還有6900劑AZ疫苗，「顯然醫護人員還在觀望」、「不打就繳回來給要打的人打」。這段話馬上被基層診所醫護罵翻，因為當中許多人都遲遲等不到接種通知。於是，隔天早上柯文哲親自召開會議，決議要在6月9日全部接種完畢，但下午記者會他卻不親自宣布，而是改由衛生局長黃世傑來解釋台北疫苗施打效率不彰的原因，並保證一定會在6月9日以前接種完畢。
當天深夜，為了這個「保證」，台北市好心肝診所就爆出有民眾在排隊，隔日證實是幫上千名不在造冊名單中的「志工」施打疫苗。
回顧台灣疫情至今的發展，柯文哲會說出這種話、造成這樣的後果，可能也不讓人意外。
從四月下旬的華航諾富特群聚案中機師、飯店人員等37人染疫開始，民眾黨質詢的重點就放在3+11政策及諾富特的管理責任。陳時中多次在立院回應，3+11政策從2020年初一直實施到了年底，今年的3+11還增加了採檢措施，比2020年更為嚴格；而從外出的案1153機師及案1154空服員行程也看得出，兩人都是在4月18日開始隔離，4月29日同遊酒吧，無論是3+11、5+9或是7+7，當天都一樣屬於自主健康管理而非隔離期間，不會有任何差別。
而諾富特案爆發時，指揮中心隨即接手清空飯店，陳時中親自坐鎮廣播向住客致歉，並將機組員、飯店員工、旅客共412人全數移入集中檢疫所，桃園市也展開疫調清查。五月初，得知早在2月就有人檢舉諾富特混居後，民眾黨積極要求指揮中心為公文往返費時道歉，國民黨立委費鴻泰更稱陳時中應該被槍斃。
5月14日，諾富特案相關人員隔離結束，指揮中心宣布結案。同時，民眾黨的台北市及國民黨的新北市疫情卻是越燒越烈，其中很大因素便是地方政府對實名制的督導不周以及疫調的不確實。到了6月，疫情延燒最嚴重的新北市，副市長劉和然更直接表明本次疫情擴大的主因是在萬華而非諾富特。
5月中後的柯文哲也已經沒有臉再追究諾富特案，因為就像2月有人檢舉諾富特而負責的民航局遲遲沒有處理一樣，也早有民眾在去年12月就檢舉過萬華茶室的實名制沒有落實。同樣是封鎖國境的漏洞，桃園市補得遠比台北市更快更好。
為了扳回一城，柯文哲開始主打台北市推出的實名制APP，沒想到又被唐鳳的簡訊實聯制打趴。至此，柯文哲陷入了疫情與政治鬥爭的衝突之中，導致他無論政策或說話都反反覆覆。
例如當綠營縣市開始拆籃框時，柯文哲說國民素質比較重要，當綠營縣市開始市場分流時，柯文哲要市民用監視器決定是否出門，但隨著人潮無法管控，如今台北市公園內的籃框也都已封死，市場也開始進行人流管制，僅存能攻擊執政黨的議題就只有疫苗。
所以當台北市連疫苗施打率都落後時，他當然會大動肝火，要求衛生局隔天就要把疫苗打完，只是他仍耍了一個心機，就是會議結論是他主持下通過的，但記者會上卻是由衛生局長黃世傑向市民掛保證，最後黃世傑為了負責只能請辭。
柯文哲過去以酷吏形象著稱，但一名好的行政首長，除了強硬的命令之外，更重要的是提供足夠有效的方法。雙北至今疫情無法降溫，顯然是市長只懂得要求，卻無法告訴基層該如何實行，政策常常自打嘴巴，卻又要求績效的後果，就是公務員被迫為了成績而遊走法律邊緣。如今，衛生局長辭職，基層股長送政風，市長此時還顧著跟中央打疫苗嘴仗，怎能叫前線作戰的台北市員工不心寒？
