憲法規定：國家為謀社會福利，應實施社會保險制度、為增進民族健康，應普遍推行衛生保健事業及公醫制度。因此在1990年代，國內經濟蓬勃發展、公共衛生普及、醫療科技進步，平均壽命延長、逐漸進入高齡化社會，在政治與社會意識的推波助瀾之下，終於在1994年公布全民健康保險法，並在1995年正式開辦全民健康保險。
全民健康保險的目標，是建立一項有效率又可以承擔國民健康重任的醫療安全制度，以保障全體國民公平就醫的權利。比起1995年前僅有的公保、勞保、農保等依職業劃界的保險，全民健康保險是第一個以全民為被保險人的社會保險，是規模龐大的社會安全體制。
全民健康保險的開辦目標是：
1. 全民納保、平等就醫
2. 財務平衡、永續經營
3. 提升醫療品質、促進國民健康
從全民健保開辦的1995年底開始，納保率就有92.34%，一直到2002年軍人納保，納保率超過99%，幾乎可以說是全民皆保。在醫療服務的提供方面，也大大的改善就醫的方便性與公平性，對重大生病或經濟弱勢的照顧也更加詳盡。實施全民健保大為改善民眾因為醫療而花費大量財產或因為高昂的醫療費用而不敢就醫的情況，進而達到死亡率下降、平均壽命延長。
然而，要維持這個社會保險，財務是很關鍵的問題。健康保險的財源怎麼來、被保險人的保險費要怎麼負擔、健康保險的財務制度以及保險人(健保局)與特約醫事服務機構之間醫療服務費用的問題，全都是健保要如何永續經營的關鍵。
健保1995年開始，整合原有公、勞、農保等十三類健康保險計畫，並擴大了保險的納保率，使取得醫療資源變得相對容易，無論貧窮或富有，國民普遍擁有就醫的權利。然而健保才施行幾年，就開始有永續經營的危機，像是：
國民醫療保健支出與經濟成長不成比例
隨著健保開辦，論量計酬的服務下，提升了醫療資源的可近性，醫療支出也跟著大幅提升。再加上醫療科技與時俱進，醫療服務的費用隨醫療科技的進步越來越昂貴。相對來說，經濟的成長就顯得緩慢，尤其健保開辦時正逢經濟不景氣時期，導致台灣經濟成長遲緩，無法應付成長幅度更高的醫療保健支出。
加速醫療服務業擴張
全民健保降低了民眾就醫的困難，增加醫療服務的可近性，導致就診率大增，平均門診次數與住院日數都有所增長。有需求就有服務與競爭，醫療院所為了提升競爭力，逐漸的增加投資、並朝向大型與集團化發展，提高了服務的數量與質量，服務的費用也隨之提升，然而健保的收入成長有限，因此醫療集團為了經營，只能選擇減少支出或者增加自費項目，相對來說一樣的價錢得到的醫療品質降地，除非民眾額外自付醫療費用，才能得到相對較好的醫療服務。此現象形成民眾就醫上的不公平，也難以維持醫療品質。
保費負擔的不公平和自費醫療費用增加
健保是延續公保、勞保、農保等社會保險形成的健康保險，保費的設計也是以個人職業身分為畫分原則，各類保險對象的保險費勞工、資方、政府等三方負擔比率不同。在受雇者方面，投保薪資僅採計「經常性薪資」，資料顯示經常性薪資的比率並不能完美代表國民所得，因此以經常性興資計算保費有失公允。另外因為自費醫療的費用增加，形成就醫的不公平，醫療服務的品質因貧富而有差距，更甚者影響就醫能力。
財務困境缺乏解決共識
健保的財務困難顯而易見，健保開辦以來一直研議各種支付制度、籌措財源、管控財務的方法，卻仍然無法解決財務失衡的困境。儘管健保的財務困難已經十分明顯，但調漲健保費率卻是件困難的事，主要原因是政治的基礎在於民意，民眾不願意提高健保費，導致政府在調整健保費上會有極大的壓力。另一方面，政府也無法提出有效解決民眾醫療資源耗用與醫療院所擴大營利行為的方案，導致健保保費入不敷出、連年虧損
因此，1995年開辦的全民健保，到2001年開始研議進行改革計畫，稱為二代健保計畫，預期以回應民眾期待、全民健康及民眾財務負擔公平的三大目標，進行組織體制的保險治理、建立盡責的醫療服務體系、規劃財源籌措與資源配置、並提高社會參與。
