西元1945年8月6日上午8點16分，美軍投下的小男孩在日本廣島市上空約580公尺的高度爆炸開來，這顆全世界第一次被用於實戰投放的原子彈，不僅造成了約9萬至17萬人的傷亡，且一舉敲醒了當時日本帝國的軍國夢，並加快了終結第二次世界大戰的進程。3天之後美軍轟炸機再度升空，機上攜帶著另一枚原子彈胖子前往日本的另一個城市小倉，結果由於那天小倉上空烏雲密布天候惡劣，美軍轟炸機因而折返繞道至備選城市長崎，長崎與小倉的命運就這樣交換了。這天長崎的傷亡人數是6萬至8萬人，沒多久後日本投降二戰結束。
當時委員會列出了十七座城市做為評選，依序是：東京、川崎、橫濱、名古屋、京都、大阪、神戶、廣島、吳、下關、山口、八幡、小倉、熊本、福岡、長崎、佐世保。相傳其中台北也曾被評估過，但為什麼最後的首選城市會是京都呢？那是因為當時評選城市首要的條件是必須要在轟炸行動過後，能夠實際測量這種從來沒有被使用過的武器的威力，因此諸如東京、大阪、名古屋等面積大且已經被嚴重破壞的城市首先被剃除，接著佐世保、吳等小城市也因規模不夠而被刪除。也許台北也是因為已遭受嚴重的常規空襲而被排除在評估之列。其它的條件都是依附在這個首要的測量目的，再加上轟炸的附加價值綜合考量，最終京都因為尚未被大規模破壞，且是當時重要的軍事工業供應城市，城市規模適中且地形平坦衝擊波得以充分發揮而雀屏中選。
然而當曼哈頓計畫的負責人將這個結果呈交給馬歇爾時，遭到了陸軍部長亨利·史汀生的反對。史汀生過去曾經多次造訪京都，對這座優雅而美麗的千年古城感情很深，京都傳統而悠久的文化給他留下了深刻印象。史汀生認為京都對於日本人來說，有著巨大的感情價值和宗教意義，如果將其毀滅，將給戰後管理帶來非常大的困難。曼哈頓計畫的負責人當然不接受這樣的看法，馬歇爾也覺得無所謂，他認為就算把京都排除在原子彈的轟炸目標之列，京都也會是他下一階段常規轟炸的目標城市。
無奈之下史汀生直接找到了杜魯門總統，極力勸說他將京都從名單中劃掉，並進而禁止對其做常規轟炸，還好杜魯門同意了。但軍方與科學家還是不死心，他們一致認為京都是最好的轟炸目標，於是陸軍軍部向在波茨坦開會的杜魯門總統發去電報，請求把京都重新加入轟炸名單，結果被杜魯門拒絕，對總統而言，評估上除了戰爭，還有政治。
最終被列為首要轟炸的兩座城市分別是：廣島、小倉，備選的兩座城市為：新潟、長崎。讓我們為這些在軍國主義野心以及人類軍工科技下犧牲的生靈致哀。
有一說法是國民政府在抗日反攻時為了保存日本的文物文化，派出梁思成繪製避開轟炸的標記地圖給盟軍因而保存了奈良與京都，對於這種鄉野奇談我覺聽聽就好不必當真。
