真人的母親在這場火災喪生，失去母親後的真人變得鬱鬱寡歡。
父親牧勝一（木村拓哉 配音）很快跟母親的妹妹夏子阿姨（木村佳乃 配音）結婚，
製造軍需用品的牧勝一為躲避轟炸，帶真人搬去母親家族鄉間大宅居住。
對夏子阿姨成為繼母，他心裡並不樂意，
家庭教養讓他表面維持對夏子阿姨應有的禮貌，但更沉默少言語。
踏入大宅時，真人看到池塘停著隻蒼鷺，蒼鷺也注視真人，
還飛進大宅屋簷，從他身旁呼嘯而過，引起騷動。
夏子阿姨笑說：真不可思議，牠從不曾進來呢。
轉學第一天，真人由父親開汽車送他上學，因為特殊身份，
放學後也不必留下做勞動服務，自然引起幾位同學不滿，回家半路幾人扭打一團。
快到家時，一身髒污的真人撿起石頭敲打自己太陽穴，弄出大傷口血流不止。
夏子阿姨急得請醫生來治療，父親問真人是誰打傷他？
真人說是自己跌倒受傷。父親不相信，第二天驅車到學校找校長，老師理論。
真人因傷口引發高燒，作了怪夢，
夢中蒼鷺（菅田將暉 配音）飛進房間，口吐人語：牧真人，你母親還活著。
清晨，真人醒過來，照顧他一夜的老傭人霧子婆婆（柴咲幸 配音）放下心。
聽到蒼鷺的叫聲，真人奔去屋外尋找，
庭園中有座古老石塔，真人對石塔充滿好奇，尋找入口想進入。
霧子婆婆和夏子阿姨隨後趕來阻止，
為什麼庭園中會有石塔？眾人三緘其口。
夏子阿姨推說以後再告訴他，霧子婆婆偷偷告訴真人，
他的媽媽久子小時候曾經突然失蹤，怎麼找都找不到人。
一年後，突然回家了，石塔也時那時從天而降在庭園裡。
蒼鷺時不時來騷擾，在家養傷期間，
真人用撿到的蒼鷺羽毛搭配竹子做成弓箭，預備牠再出現時，將牠射下。
有天，真人發現媽媽留給他一本小說《你想活出怎樣的人生》，
閱讀過程，文字觸動真人內心情緒，忍不住留淚。
傍晚時，幾位老傭人紛紛外出尋找夏子，本該臥床養胎的夏子不見了，
真人看見夏子走進樹林，和三位婆婆一起找人。
真人和霧子婆婆進入石塔，卻被關在裡面，
隨後說人話的蒼鷺出現，引導真人去看躺臥沙發的母親。
真人識破假像，舉高弓箭射向蒼鷺，蒼鷺的上喙被射穿，
失去飛行能力，跌落地面，現出人身。
竟然是個大鼻子大牙齒禿頭矮胖男人，身體還是鳥身，
牠氣壞了，對真人破口大罵。
蒼鷺男雖毒舌，很怕真人兇牠更怕打。
但牠還是引誘真人進入名為下界的區域，那裡是亡靈世界，
真人剛抵達下界，便遭遇鵜鶘群的攻擊，慌亂中打開一座墓門，
在後有追兵，前無路的危急情況下，被掌船女子救下，
她是年輕的霧子，喜歡煙草，
平時捕捉魚群，提供魚中精華給奇幻生物哇啦哇啦獲得能量。
真人就此展開奇幻冒險之旅，與少女時代的母親相遇，
還認識了困在下界的老鵜鶘，鸚鵡王，還有傳說建造石塔的大舅公。
《蒼鷺與少年》日文片名為《你想活出怎樣的人生》，
是引用自小說家吉野源三郎在1937年出版的書，
故事內容為宮崎駿原創，據說部分是宮崎駿的真實少年生活。
蒼鷺的日文讀音與詐欺相同，充滿謊言、狡猾是蒼鷺生存的特質。
狡猾作為蒼鷺生存的智慧，亦邪亦正，無法輕易歸類。
宮﨑駿曾說的：「我的劇中角色，沒有善與惡的簡單對立，沒有好人反對壞人。
不論是正方還是反方，都能夠盡情享受人生。」
故事藉由十五歲少年的眼睛來看這個充滿疑惑的世界，
有些事情在課堂中可以馬上得知答案，
但有些事情卻需要花費人生很長的時間去體驗，去嘗試，
在經歷失敗與痛苦中成長，在淚水與汗水中妥協，這是生而為人的必經之路。
