1270年，掌握高麗王國大權的武臣林衍病故，其子林惟茂沖齡繼位，素來親蒙的高麗元宗於是趁機宣佈還都開京，林惟茂大表反對，並阻撓遷都。高麗元宗於是透過近衛軍宋松禮、洪奎等人煽動三別抄發動政變，殺死林惟茂，並將林惟茂親屬執送大都，徹底瓦解武臣政權，使高麗國王重掌大權。
林惟茂死後，高麗元宗便藉口三別抄發動政變，下令將三別抄解散，並取回軍中名籍。三別抄害怕名籍簿會被高麗元宗轉交到蒙古人手中，引來蒙古人報復，於是江華島上的三別抄便在將軍裴仲孫與夜別抄軍指諭盧永禧等人的領導下發動叛亂。政變後，裴仲孫、盧永禧擁立承化侯王溫為王，另建反蒙的高麗政權。裴仲孫本打算以江華島為根據地，但因江華島內外交迫，三別抄無法將局勢控制住，於是裴仲孫便率領三別抄退往西南的珍島固守。
1271年初，三別抄退往珍島自固，除四出抄掠州郡外，還派將領李文京入侵耽羅，以為後計。後高麗王國為命金方慶會同蒙軍進討珍島，經過數月的圍困，珍島的糧食開始緊缺。蒙古帝國本打算不戰而屈人之兵，因此遣使招降三別抄，但雙方無法達成共識，談判因此破裂。高麗元宗遂命金方慶與申思佺率軍協同蒙古元帥阿海所部蒙軍進討盤踞珍島的三別抄。珍島的三別抄死命抵抗，三別抄仍舊不敵，裴仲孫在激戰中陣亡於南道要塞，承化侯王溫被俘殺，三別抄殘部則由金通精率領下逃往耽羅，與之前攻掠此地的李文京部會師。
1270年11月，金通精、李文京等將統治該地的耽羅星主髙仁旦逐走，並在於缸坡頭建築土城作為反蒙基地。為了繼續對抗蒙古的入侵，金通精一度試圖尋求日本鎌倉幕府的支持，然而未有結果。不過即使如此，三別抄經過近一年的休整，力量也大致獲得恢復，並有餘力數度北上劫掠高麗沿岸。高麗元宗為求和平解決，曾命金通精之姪金贊及吳仁節等六人前往招降，然而金通精不從，除將姪子金贊留下，其餘吳仁節等人皆金通精下令殺害。
由於和平之路已無希望，1273年高麗元宗便命金方慶率軍配合蒙軍主將忻都進討耽羅。起初蒙麗聯軍在金方慶與忻都指揮下趁夜登陸咸德浦，金通精率軍伏擊拒戰，但為蒙麗聯軍所破，蒙麗聯軍因而在耽羅取得立足點。蒙麗聯軍在站穩腳跟後，便揮軍向島內進發，金通精雖試圖阻撓蒙麗聯軍，但仍舊不敵，為其所破，金通精於是率領殘部退入山地，準備與蒙麗聯軍周旋。然而由於局勢日趨不利，三別抄內部因而產生動搖，三別抄將領李順恭、曹時適等人不願再戰，率部出降，以得局勢更加絕望。經過三個月的掃蕩，耽羅全島終於陷落，金通精於是躲入山中自殺，其屍首後為高麗將領宋甫演所得，其餘三別抄將領金革正、李奇等人，先後被俘獲，並在送往蒙軍將領洪茶邱處後，即先後遭到處死，自此三別抄之亂基本平定。戰後蒙古完全控制濟州島，並將之收為牧馬之地。
