即便是在全球國際經貿局勢詭譎多變的今天，營利事業仍必須面對跨國境的交易。在供應鏈與價值鏈布局、關稅與投資環境等考量之外，企業在「進場」設定據點時，選擇以「子公司」或「分公司」型態於境外設立據點，本身就已有重要之稅務效果差異，不僅涉及是否構成租稅協定常設機構（Permanent Establishment，若構成，即須在地主國課稅），亦會影響後續營運階段之課稅、盈餘匯回時母公司需負擔之稅負，以及退場階段可運用之結構彈性，均大不相同。
本文以「台灣母公司對外投資」為前提，簡介子公司與分公司之法律意義及其在稅務上的主要差異；至於「外國母公司投資台灣」之稅務效果，則留待嗣後另文說明。
1. 子公司與分公司之定義
所謂子公司，為獨立的法人主體，也就是公司法上的「從屬公司」，雖然實際上受到母公司的控制或管理，但仍然具有自己的公司名稱、章程、董事會及財產等等，其權利義務也由子公司自行承擔，亦得以自身名義進行營業活動，其財務、稅務等關係也與母公司各自獨立，而與具有獨立法人格之一般公司無異。換言之，子公司為獨立公司，其糾紛及責任，原則上並不會牽連及於母公司。而所謂分公司，即為公司手足的延伸，係受本公司管轄之分支機構（公司法第3條第2項後段參照），關於分公司之意涵，亦可參經濟部94年10月18日經商字第09402156840號函釋：「……分公司係指其會計及盈虧係於會計年度終結後歸併總機構彙算，並有主要帳簿之設置者應辦分公司或分商號登記，……」由此可知，分公司是營利事業之「分支機構」，為公司人格之一部分，本身並沒有獨立法人格，既不能為權利義務主體、亦無獨立財產；放置於分公司之財產，悉為本公司整體財產之一部。
2. 子公司與分公司稅務效果差異
台商赴境外投資設點，除須評估當地稅率及是否與我國簽有租稅協定外，選擇子公司或分公司之差異，最典型的反映在「外國稅額扣抵」（foreign tax credit）制度的適用上。所謂外國稅額扣抵，是為了因應台商之境外事業已於當地繳納所得稅後，我國就其全球所得再課徵營利事業所得稅，所可能產生之重複課稅問題，而設計用以避免重複課稅之方法。
所得稅法第3條規定，營利事業來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，於經過來源國及中華民國使領館認證後，可以自我國之結算應納稅額中扣抵。而扣抵之數額，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之應納稅額，簡單來說，扣抵之數額，不得高於併計境外所得後所「多出來」之那一段稅負（所得稅法施行細則第2條）。
倘台商於境外設立的是「子公司」，則因為子公司為獨立法人，其在當地的營利事業所得稅，係就子公司自身所得課稅，並不直接併入國內母公司年度所得。原則上，僅於子公司將盈餘「分配股利」給台灣母公司時，母公司始就該股利認列投資收益並課稅（此時須留意我國未分配盈餘稅之適用）。在股利匯回過程中，所得來源國通常會就股利實施「就源扣繳稅」，此部分如符合所得稅法第3條第2項等規定，即得在台灣辦理扣抵；然而，子公司在當地所繳納之營利事業所得稅，則不屬我國得扣抵範圍。
由此我們可以得出：
：對「分公司」而言，扣抵標的係當地對分公司所得課徵之「所得稅」。
：對「子公司」而言，可扣抵標的則限於境外子公司匯回股利時，於來源國就源扣繳之「股利所得稅」。
此種僅就「同一筆所得、同一納稅義務人」重複課稅之部分予以扣抵之設計，實務與學說稱為「直接扣抵法」，主要目的在避免發生「法律上雙重課稅」。若進一步允許母公司就子公司在當地自行負擔之營利事業所得稅，一併自母公司應納稅額中扣抵，則屬於「間接扣抵法」，係用以緩解「經濟上雙重負擔」；惟目前我國法制及稽徵、法院實務見解，一致認為係僅採「直接扣抵法」，並未採行間接扣抵制度。
3. 瑞蒙觀點：從分行利潤稅案例看投資結構選擇
若僅從「外國稅額扣抵」之觀點觀察，分公司似乎較子公司有利，理由在於分公司所得直接併入母公司年度所得，且境外分公司在當地繳納之所得稅，符合條件者皆得在我國扣抵。然而，子公司除具有風險隔離功能外，於退場時，比起分公司僅能出售資產，尚可透過處分股權方式退場，結構運用上較具彈性；再加上實務上可藉由多層持股架構與租稅協定網絡，降低股利扣繳稅率（當然在國際反避稅趨勢下，此種規劃空間已經大幅度收縮），需要多方考量，並不能直接說分公司較佳。
此外，依台商經營型態及當地特殊稅制之設計，亦可能衍生爭議。實務上曾有案例（北高行112年訴字第1234號判決），某大型銀行於美國設立分行，於105年度關閉該分行，一次性將剩餘資產匯回台灣本公司。美國稅捐機關即就該分行歷年累積盈餘，按30%稅率課徵「分行利潤稅」（Branch Profits Tax）。台灣本公司則嘗試依各年度比例，將其中一部分視為101年度可扣抵之外國稅額，主張得依所得稅法第3條第2項自101年度應納營所稅中扣抵，惟遭稅捐機關否准，並經法院為原告敗訴之判決。
法院認為，分行利潤稅係就「累積盈餘存量」在特定時點移出來源國所課徵之特定稅捐，性質上並不是「特定某一課稅年度之所得流量」課徵之所得稅，故不符合所得稅法第3條第2項所稱「同一年度境外所得已繳納之所得稅」要件，自不得作為101年度外國稅額扣抵之憑據。若允許將此類對累積盈餘課徵之稅捐，回溯至以往年度進行扣抵，基本上等於實質上引入我國尚未採行之「間接扣抵法」，與租稅法律原則有違。
瑞蒙認為，子公司、分公司選擇與外國稅額扣抵制度之互動，對於是否能消除跨境交易之稅負影響甚大，企業應考量各方風險以及退場結構，以免產生預期之外之稅捐負擔。
