生命樹第1集
九十年代中期，青海省瑪治縣。巡山隊長多傑（胡歌 飾）帶隊在博拉木拉無人區追擊盜獵分子，因彈藥和汽油耗盡，行動失敗。22歲的女警白菊（楊紫 飾）是巡山隊的駐隊干警，但她每日的工作卻是幫牧民找羊、管理后勤和撰寫報告，從未被允許進山。巡山隊員們疲憊歸來，帶回的成果寥寥，隊伍經費短缺，連工資都已拖欠數月。白菊感到自己的警察理想在此無法實現，向多傑遞交了調職申請。令她意外的是，多傑沒有絲毫挽留，痛快地簽了字。瑪治縣財政捉襟見肘，縣長林培生（李光潔 飾）無法兌現給巡山隊的撥款承諾，兩人在顛簸的土路上不歡而散。多傑的家庭也問題暗藏，青春期的兒子紮西在學校惹是生非。與此同時，白菊的母親、縣醫院院長張勤勤（梅婷 飾）正為發不出工資和接踵而至的病人焦頭爛額。夜晚，巡山隊員們擠在白菊家吃飯，這是他們難得的溫暖時刻。飯桌上，白菊宣布了即將調職的消息，氣氛一時凝滯。得知白菊被調離的消息后，巡山隊員們雖有不舍卻不知如何挽留。此時，賀清源突然帶來緊急消息：發現新的盜獵槍手入山。隊伍連夜集結，再次出發。白菊想趁機上車，卻被多傑以「已調走」為由拉了下來。
生命樹第2集
深夜，他們的車在荒原上意外撞見一場剛剛結束的大規模屠殺現場——近百隻藏羚羊倒在血泊中。兩人被早已埋伏的盜獵車隊圍住，冬智巴中槍倒地死亡。危急時刻，白菊震驚地發現弟弟白及竟在剝皮工之中。多傑率巡山隊及時趕到，激烈交火后盜獵團伙駕車逃離，現場一片混亂。白菊頭部受傷昏迷，白及趁亂消失。巡山隊帶着繳獲的羊皮和陷入昏迷的白菊緊急撤回。縣政府開會，面對重傷的隊員、空空的縣財政和持續不斷的盜獵報告，縣長林培生心情沉重。他認為，在無法保障隊員安全、縣財政又瀕臨崩潰的情況下，巡山隊的堅持已難以為繼。他沉重地向多傑提出了一個艱難的建議：是否考慮裁撤巡山隊。縣委會議后，多傑帶着縣里「一個月內交出勘測報告」的最后通牒回到駐地，卻發現白菊正私自準備進山尋找弟弟白及。與此同時，多傑為籌集經費，私下抵押了自家的草場證。縣長林培生正積極接待礦業公司老板趙玉吉，對方帶來兩車煤炭作為「禮物」，並急切希望推動礦產勘探。
生命樹第3集
林培生催促多傑加快進度，無形的壓力在荒原與縣城間蔓延。而多傑的妻子才仁因嚴重的婦科病就醫，卻要求醫生對多傑隱瞞病情。縣醫院條件艱苦，月經帶等基礎物資緊缺，張勤勤深感無力。冬智巴犧牲后，巡山隊士氣低落。桑巴帶着一頭犛牛悄然歸隊，用行動表明決心。另一邊，白及東躲西藏，他跑去找郭順要剝羊皮子的錢，郭順找理由不給他，白及又累又餓，差點暈倒。白及在修車鋪目睹郭順與盜獵分子交易炸藥后跳窗逃出，他瘋狂趕往美僧村報信。在他到達山坡聲嘶力竭呼喊時，巡山隊倉庫被炸。白菊在危急關頭砸鎖取槍，與桑巴合力擊傷並抓獲兩名盜獵分子，但主犯逃脫。山坡上的白及見姐姐安全后，再次轉身逃離。縣委召開緊急會議，多傑在會上為巡山隊爭取到了對繳獲槍支彈藥的完全使用權。林培生縣長出於安全考慮，提議調換白菊，但多傑堅持尊重個人意願。會后，多傑明確告訴白菊，進山的事必須獲得她母親張勤勤的同意。
生命樹第4集
張勤勤騎馬趕到，揮起馬鞭狠狠抽打白及，淚流滿面。1978年冬，年輕的張勤勤醫生在暴風雪中出診，從兩位犧牲同事的懷中救出了四歲的小女孩，並收養了她，取名白菊。這段往事揭示了張勤勤對白菊超乎尋常的保護欲的根源。在白家，張勤勤給了白及兩個選擇：回校讀書或去醫院做臨時工。白及選擇了后者，開始在縣醫院做雜活。同時，張勤勤為全家定下「離家超三日必報信」的嚴規。當白菊提出進山請求時，母女矛盾徹底爆發。張勤勤含淚說出深埋心底的話，正是因為白菊不是她的親生孩子，她才必須干涉她讓她好好活着。縣公安局內，巡山隊隻申請到少量彈藥，但多傑從被捕的中間人郭順口中撬出關鍵情報：十天后，盜獵團伙將在山中接頭，並且他們準備了大量子彈「用來對付巡山隊」。多傑決定借此機會抓捕殺害冬智巴的凶手。林培生縣長組織了一場重要的招商引資考察，帶領企業家們前往博拉木拉外圍高海拔地區。考察途中，巡山隊意外發現並追擊盜獵車輛，現場繳獲藏羚羊皮。突如其來的槍戰和惡劣的高原環境使多名企業家嚴重不適，考察倉促中斷。
生命樹第5集
獲救的記者邵雲飛被巡山隊帶在身邊，一同前往盜獵分子的裝車點。在那里，他們查獲了大量被埋藏的藏羚羊皮。當一輛接應的卡車試圖逃跑時，年輕司機持槍衝出。白菊在近距離瞄準了他，卻因對方年輕的面容猶豫未開槍。千鈞一發之際，多傑果斷開槍擊傷司機，才避免了傷亡。事后，多傑嚴厲訓斥了白菊在戰場上的同情心，告誡她在無人區對敵人仁慈就是對自己和隊友的殘忍。這次經历給白菊帶來了巨大的心理衝擊。夜晚露營，賀清源擔憂探礦任務因這次意外抓捕而中斷，但多傑堅持必須優先將這麼多人安全帶出。他向賀清源保證，會向縣里解釋。回到駐地后，邵雲飛並未離開。他找到縣長林培生，本想提議報道無人區的盜獵問題，卻被林培生委託，撰寫招商會宣傳稿。然而，邵雲飛轉身就背着行李來到了巡山隊，聲稱要加入他們進行深度報道。經過內部討論，多傑決定讓邵雲飛暫時留下並制定了嚴格的跟隨進山規定。在縣醫院，張勤勤收到了關於牧區女性婦科病的嚴峻調研報告，問題根源直指基礎衛生用品的極度匱乏與昂貴。
