第二次世界大戰是在1945年結束的,中國戰場上的日軍也一併投降。但是在投降之前,日軍已佔領了中國的所有沿海地區,封鎖大陸的出海口,以切斷英美盟國對中華民國政府的支援,這也代表中華民國的海軍已全部覆滅。戰爭結束後中華民國海軍的這批艦艇,主要有兩個來源,一個是英美盟國的贈與,另一個則是戰勝國分配日本海軍的艦艇。只是中華民國海軍雖然獲得了裝備,重新組建了4支艦隊,但還是問題重重,除了這些艦艇參差不齊,缺乏零件供應而修理困難外,另一個重要的隱憂,是海軍派系傾軋的問題極為嚴重,甚至引發了後來海軍內部的白色恐怖。
知名的丹陽號驅逐艦,就是接收自日本海軍的艦艇,該艦有「太平洋不死鳥」之稱。
造成海軍內部派系林立的主因,在於當時中國特殊的國情,除了有過去清政府所建立的水師學堂外,各路軍閥也有自己的海軍學校。這些來自不同系統的人組成了後來的中華民國海軍,在當時內戰頻繁下,不止頗有宿怨,彼此的政治信仰也不盡相同。有些人效忠的中華民國,不是後來國民黨的中華民國。其中勢力最大的四大派系,分別為馬尾系、黃埔系、青島系與電雷系。馬尾系畢業於福州海軍學校,因地點鄰近福州馬尾港,因此得名。黃埔系畢業於廣東海軍學校,其校址在黃埔,後來也有一段時期改名為黃埔海軍學校,但與黃埔軍校不同,並非蔣介石的嫡系部隊。青島系畢業於青島海軍學校,電雷系則出自蔣介石所創建的電雷學校,這所電雷學校也是最晚成立的海軍學校。
福州海軍學校又名馬尾海軍學校,前身是清政府所設立的福建船政學堂。在清朝末年推行自強運動時,籌建新式海軍是最重要的政策,由當時的閩浙總督左宗棠與船政大臣沈葆楨所創立。1866年開始招收第一屆學生,是清政府培育海軍軍官最重要的一所學校。廣東海軍學校的前身是是廣東黃埔水師學堂,也是自強運動時所設立的多所新式海軍學校之一,該校於1882年創校,由多任兩廣總督不斷投入建設,曾多次整併改名,最後在中華民國初期,改名為廣東海軍學校。蔣介石的黃埔軍校建立前,廣東海軍學校已經因為經費不足而停招,黃埔軍校只是使用了部份廣東海軍學校的校地而已。後來廣東海軍學校雖然又復校,卻是由當時控制廣東的軍閥所大力促成,與蔣介石的淵源不深。
福州海軍學校與廣東海軍學校,因為創辦的時間最久,培育的學生最多,因此是清軍水師改制為中華民國海軍時的重要骨幹。由於兩校校址一在福建,一在廣東,報考的考生都以當地人居多,也間接造成當時中華民國海軍的高階軍官,以福建籍與廣東籍最多。特別是規模最大的福洲海軍學校,培育出最多將領,讓馬尾系的福建籍將領成為海軍的最大派系。中華民國建立不久後,隨即爆發袁世凱稱帝的政爭,各地紛紛宣布獨立,接下來陷入長期的內戰之中,各地的軍閥在體認到海軍的重要性以後,也各自建立海軍學校,青島海軍學校就是由奉系軍閥張作霖所設立,前身為葫蘆島航警學校。在九一八事件後遷到青島,並同時改名為青島海軍學校。
比較特別是的是電雷學校。蔣介石於北伐成功後,組建南京的中央政府,但卻無力控制當時的海軍,因為蔣介石的黃埔軍校以培養陸軍為主,難以指揮海軍馬尾系與黃埔系出身的海軍將領,這也讓蔣介石起心動念,想要學張作霖一樣自創海軍學校。電雷學校就是在這樣的背景下所成立。當時蔣介石找了在海軍中被排擠的歐陽格,成立一所新的海軍學校,曾到英國留學的歐陽格建議,應該要發展魚雷快艇,並採用由電力所驅動的新型魚雷,以小搏大,這也是電雷學校名稱的由來。這所最晚出現的海軍學校,遲到1933年才開始招生,只有兩期的學生畢業,中日戰爭就全面爆發,後面的學生被併入青島海軍學校裡。
蔣介石希望以電雷學校的畢業生來控制海軍,是司馬昭之心路人皆知,因此電雷系處處受到馬尾系與黃埔系的排擠。而一樣是由軍閥所設立,人數也較少的青島系,因為也受到排擠,所以常常與電雷系合作,共同對抗自視為正統海軍出身的馬尾系與黃埔系,雙方的人事鬥爭極為激烈。這一直要到中日戰爭時期,海軍幾乎完全覆滅,才讓這樣的情況稍微趨緩。二戰結束後,中華民國海軍可以說是從零開始重新建設,但四大系統明爭暗鬥的情況,仍如影隨行。再加上僅存的海軍人員,對盟軍捐贈的艦艇與中華民國所分配到的日軍艦艇,都還不熟悉。倉促接艦以後,不只訓練不足,這批臨時拼湊起來的艦艇,來源極為龐雜,後勤支援困難,戰力極為有限。
但即使如此,當時的海軍還是投入了隨之而來的國共內戰中,雖然也不乏積極參戰的例子,但與蔣介石淵源不深的海軍官兵們,並不認為國民黨代表中華民國,因此不乏率艦投共的將領。如第一艘變節的海軍艦艇「黃安艦」,與最大噸位的巡洋艦「重慶艦」敵前倒戈,都讓蔣介石痛心疾首。總計在國共內戰期間,有高達上百艘艦艇、數千名海軍官兵,不戰而降,陸續向共產黨投誠,這也種下了蔣介石來到台灣以後,對海軍進行整肅的遠因,海軍中的白色恐怖,讓不少海軍官兵鋃鐺入獄。而且即使喊出了「四海一家」的口號,希望團結海軍的四大派系,但這樣的恩怨依然在海軍存在了很長一段時間,直到人事自然更迭,所有的海軍軍官都變成左營系為止。