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一般而言，歷史分期是研究者為了方便而產生的研究工具。有些人會討論分期所帶來的斷裂性。但是，這個問題不在今天大使討論的範疇中。歷史分期有幾個特色，它呈現我們看每個時期歷史發展的觀點。此外，歷史分期大多是後人歸納、劃分的，時人不太可能意識到他們正處於中古時期、新石器時代等等。對當時代的人來說，他們都身處於「現代」。最後，歷史分期也不會是睡覺醒來，世界的一切都變了（又不是美國隊長），故分期雖有時間界線，但是不可以把時間看死。有可能不同的區域，產生歷史特徵的時間點，不會這麼一致。
整體而言，馬雅文化的分期，分為古樸期（Archaic）、前古典期（Preclassic）、古典終結期（Terminal Classic）、後古典期（Postclassic）等時期。以下，大使將會粗略的介紹各個時期分期的特徵與時間斷點。一、古樸期（B.C 7000~B.C 1200）
在亞洲獵人追逐獵物，走過白令海峽。接著海陸並進，進入美洲，歷史分期逐漸進入古樸期。古樸期的中美洲，逐漸從游獵採集隊群，形成定居的小村莊。這些村民開始馴化玉米等美洲作物，發展原始農業。進而，這些小村落產生社會分化。在今日墨西哥灣岸地區，一直到瓜地馬拉的太平洋沿岸地區，形成了「地峽文化」。
一般台灣坊間書籍總會說奧梅克文化是中美洲最早的文化。但是，奧梅克的文化系統是相當複雜的。這麼複雜的文化系統，不太可能一夕之間發展出來。所以，我們對於地峽文化的研究，正好補足了這個環節。
二、前古典期（Preclassic B.C 1200~A.D 250）
前古典期可以說是文化的形成期，奧梅克、馬雅、提奧蒂華甘等文化都是在這個時期形成。在前古典期早期（Early Preclassic B.C 1200~B.C1000），奧梅克文化逐漸取代地峽文化最後一個時期——奧克斯時期，並在墨西哥灣岸地區發展出具有大型公共建築的聚落，在遺址中，研究者也可以發現不少大型石雕。
我們會說在奧梅克時期，中美洲文化區的一些特徵開始出現，例如玉米農業、具有中美洲特色的曆法知識、特殊的宗教球類遊戲等等。
到了前古典中期（Middle Preclassic B.C 1000~B.C 300），奧梅克文化發展到極盛。奧梅克人藉由控制長途貿易，與馬雅世界的高地區（Highlands）產生連結。有關高地區與低地區等地理專有名詞，請看地理篇。
根據研究，高地區依靠著與奧梅克文化之間的貿易，漸漸繁榮起來。相較於低地區，高地區之所以發展快速，主要來自於他們出口當地特有的黑曜石；黑曜石是一種因為火山活動而形成的岩石，在中美洲是相當重要的工具材料來源，以及上層階級使用的奢侈品。
黑曜石貿易使高地區成為前古典期，馬雅世界的核心地區。同一時間，奧梅克文化雖然走向巔峰，但也邁向衰弱。到了公元前400年左右，大部分的奧梅克城市都走向衰弱，具體原因尚待研究。
前古典晚期是馬雅文化形成的重要時期，一些古典期馬雅文化的特徵，在這個時期已經出現。在這個時期，高地區持續發展。不過西元 250 年左右，薩爾瓦多火山爆發，可能導致高地區的停滯與倒退。低地區也有一些巨型城市。
前古典晚期末到古典期早期，提奧蒂華甘在今日墨西哥城附近建城，填補了奧梅克文化衰退形成的真空狀態。對於古典早期的馬雅文化有深刻的影響。在前古典期晚期結束前，馬雅文化也遭遇了第一次的大規模衰退，改變了馬雅文化發展的核心區域。
三、古典期（Classic A.D250~900）
古典期無疑是馬雅文化的鼎盛期。今日旅遊會前往的「馬雅遺址」、九族文化村的「瑪雅探險」的裝飾用複製品，幾乎都是這個時期的產物（至於九族文化村把馬雅文字寫反了這件事，就改天再說）。
在古典期早期，馬雅文化的核心區域從高地區轉移到低地區。這個時期的馬雅城市，受到墨西哥中部的提奧蒂華甘文化影響，城市中出現一些墨西哥中部風格的建築以及文物。藉由銘文解讀，我們還發現提奧蒂華甘可能征服了馬雅地區的部分城市。有關這段故事，歡迎閱讀大使在SOS寫的火之生的故事。
這時馬雅文化發展成一個又一個的城邦國家，他們彼此之間互相爭戰。其中最為強大的是提卡爾、帕連克、卡拉科爾等城市。前古典期就發展的石柱崇拜與象形文字結合，宣揚馬雅統治者的權威性。不過提卡爾也不是完全獨霸的局面，例如西元562年，卡拉科爾就曾經擊敗過提卡爾，使提卡爾進入中斷期。
到了古典晚期，具有堅強實力的馬雅城市增加了。墨西哥中部的提奧帝華甘也走向衰弱。也因為提奧蒂華甘的衰弱，馬雅城邦得以控制更多商路，使得城市呈現繁榮昌盛的樣貌。在古典晚期，馬雅地區形成提卡爾與卡拉穆兩大聯邦，戰爭規模擴大。但是藝文也發展到巔峰，不同地區的馬雅城市展現了各自的地區型態，讓整個馬雅文化呈現豐富的多樣性。而古典期的歷史，也將會是我們這個專案的主要題材。
四、古典終結期（Terminal 800~1000）
古典終結期是用來描述古典晚期到後古典期之間，馬雅文化衰落的現象。在這個時期馬雅文化從巔峰跌落。在台灣坊間部分書籍以及名嘴會說，在這個時期馬雅文化與馬雅人消失了。大使必須說，馬雅文化雖然衰弱了，但是馬雅文化並沒有消失。而是馬雅文化的中心再次轉移了，從低地區轉移到猶加敦半島的北部低地區。
馬雅文化也還沒有消失，而是轉型了。至於這個時期馬雅文化衰弱的原因，考古學者也擺脫單因論，而走向多因論，開始強調內部與外部綜合的因素，導致了馬雅文化的衰弱。但是，考古學家現在只能提出較為合理的推論，尚無法完全解釋這個問題。
五、後古典期（Postclassic 900~1521）
在這個時期，托爾特克文化進入馬雅地區（學者認為可能是貿易交流，也有學者認為是征服），使得這個時期的馬雅文化呈現與古典期不同的樣貌。泛中美洲文化在後古典期形成，一直持續到西班牙人征服馬雅地區。
後古典期早期，最為人所知的城市應該就是奇琴伊扎。身為世界新七大奇景之一，每年總是吸引成千上萬的遊客去看庫庫爾坎神廟。對於考古學家而言，這個神廟有兩個基本的意義，象徵羽蛇神信仰成為馬雅人的主要信仰之一、以及托爾特克建築風格進入馬雅地區。
大約到了12世紀，奇琴伊扎等後古典早期城市，也走向衰弱，目前考古學者也沒有確切的說法。在後古典晚期，馬雅潘成為最重要的一個國家，根據一般說法，「馬雅」這個稱呼，就是來自馬雅潘。這個時期的馬雅文化缺少貴族導向，同時更加的商業化。聯盟與家族統治成為這個時期的特點之一。這是一個缺乏大城市的時代，統治者光環也相當暗淡。
15世紀初，高地區則出現基切聯盟，幾乎控制了整個高地區。同時間，墨西哥中部的阿茲特克文化形成後，快速擴張，與部分的馬雅地區建立貢賦關係。有沒有發現，其實阿茲特克文明，出現的時間其實還蠻晚的呢？最後，西班牙人在征服阿茲特克帝國後，也征服了鬆散的馬雅地區。結果整個中南美洲迅速的拉丁化，而漸漸形成今日的樣貌。在西班牙人征服之後，我們就稱為殖民時期。
