強森轉戰休士頓並瘋狂打臉前東家水手後，資金有限的太空人自是容不下這尊大佛。在道奇、天使、遊騎兵等多金球隊追逐下，最終意外由成軍第二年的響尾蛇以5,240萬美金得標，合約連同選擇權一簽就是5年。由於約滿時「巨怪」已高齡40，投資風險之高不僅球壇譁然，還傳出老闆卡蘭吉羅（Jerry Colangelo）因旗下NBA太陽隊受薪資上限箝制，憤而轉往MLB灑錢的流言。
很快地，強森便靠成績平息質疑。效力響尾蛇6季當中，強森完成生涯200勝、4,000K、單場20K、投手三冠王等成就；成為球史第三十位投出三上三下連三K「完美一局」（immaculate inning）的投手；寫下單場16次三振的驚奇後援紀錄；更繼「控球之神」麥達克斯（Greg Maddux）之後，達成後無來者的賽揚獎四連霸。2004年「巨怪」甚至超越球史神獸賽揚（Cy Young），以40歲之齡刷新最老投出完全比賽的紀錄。6年內強森繳出103勝49敗、防禦率2.65的神鬼演出，堪稱近代最強悍的投球表現之一，甚至被拿來與「神之左手」考法克斯絢爛無匹的球涯後半段相較。
能超越自己從1993年起5年間創下的頂尖成績，主因在於強森的滑球進化為通吃本壘板兩側且能運用於任何時點，加上提升伸卡球比例、犧牲球速製造滾地球以提升續航力。而控球能力的再提昇也讓他能拋開觸身球顧忌、勇於攻擊內角。此外，經常用電話請益萊恩、考法克斯等大投手的好學態度，亦為「巨怪」成績不墜的主因之一。當年還是球員的冠軍教頭吉拉迪（Joe Girardi）便曾盛讚強森：「我曾耳聞其球路威力，但其實他也瞭解投球，而不只是單純將球投出。他讓球下沉、把球投開，適時踩剎車減速，必要時再催出球速。」
季賽表現了得外，將成軍才4年的響尾蛇一舉推上世界冠軍更讓「巨怪」步入傳奇之林。2000年季中席林（Curt Schilling）入隊後，兩人因諸多背景相似、諸如球涯大器晚成、同為軍警子弟、在弱隊扛過王牌、愛打高爾夫…等，所以很快便結為好友。隔年他們相互激勵豪奪43勝、包辦11場季後賽勝利中的9勝，強森更於世界大賽第六戰奪勝後隔天接替席林登板守成，因此催生出岡薩雷茲（Luis Gonzalez）敲響洋基王朝喪鐘的驚天一擊。而這對好友賽後亦共享世界大賽MVP殊榮......
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