「第二次衝擊淨化了海洋，第三次衝擊淨化了大地，第四次衝擊將會淨化的是靈魂」
面臨「人類補完計劃」即將完成的地球，奮鬥與生存成了這個殘酷世界的唯一選擇，經歷近第三次衝擊的人類，抱著一絲希望，生存著、無法放下的心靈惦記著14年前的那場衝擊，碇真嗣，那位化身神話的少年也無法承受如此衝擊而落魄。
曾經是人類兵器的EVA成了如今的敵人一一襲來，適格者與NERV的誓死一戰，其實《福音戰士新劇場版：終》並不花大量篇幅聚焦在磅礡的對戰，而是以碇真嗣的視角應對殘酷的近第三次衝擊後的世界。
神與被眷顧的凡人，第四次衝擊的襲來與阻止回歸了如此私人的親情命題—少年與父親，凡人與弒神者的意識廝殺，希望與絕望交織下的決鬥，天使的羽翼與惡魔的利刃，那是碇源堂的一廂情願，是他對愛的最後奉獻，到頭來，兒子的破碎與父親的破碎交疊著，因為—我們都對這個世界失望不已。
葛城美里為兒子和愛人最後的奮力一搏，碇真嗣回望他僅存的友誼，他不再是14年前那不負責任的莽撞少年，他選擇接受了真正的自己，那是一次心靈的衝擊與淨化，宿命、選擇、自由、犧牲，集中在這位少年身上，蓋烏斯之槍的誕生與穿刺，道別了一切。
心靈列車到了最後的終點，見到愛人的碇源堂最終下了車，一對耳機、一台隨身聽是使父子逃避現實的媒介，但最後的告別也不會是永恆的，被創造出的新世紀，嶄新的希望、永別了福音戰士，現實中的列車帶領真嗣駛向了未知，就在新世界誕生的那一刻，少年成為了神話。
「如果只有一個願望可以實現，就讓我在你身旁入睡吧，無論何處。」到了盡頭的行動綱領，成了父子願景中的美麗世界。
