歷經多次起事，被流放隠岐島的後醍醐天皇逃出後，得到了伯耆名和一族的支持，足利尊氏與新田義貞率領的倒幕軍也分別在近畿與關東打敗了六波羅探題與鎌倉幕府的軍隊。自源賴朝就任征夷大將軍以來，統治日本長達150年的鎌倉幕府以及鎌倉時代就此劃下句點。後醍醐天皇終於能夠一掌朝政，大刀闊斧地進行改革。
改元建武
重掌朝政之後，後醍醐天皇要做的第一件事，就是將年號自元弘改為建武。
現代日本年號在明治維新時確立了「一世一元」的制度，之後的大正、昭和、平成而到如今的令和都是依照此制僅在新任天皇登基時才改年號。而在這之前，日本天皇可以因為各種原因進行改元，除了新帝登基之外，也會在有祥瑞之事發生、趨吉避凶、天災人禍或是有人事異動時進行改元，此外也習慣每逢辛酉與甲子進行改元，這稱為辛酉革命與甲子革令，都是為了改變天命而進行改元。新年號一般是由博學之士自漢籍之中選取祥瑞之字，提出數案後請天皇裁示、頒布。
後醍醐天皇一生使用過9個不同年號，他先前無視辛酉革命和甲子革令習慣逕行改元時就曾經遭到當代不少學者批評，綜觀日本歷史上也只有後醍醐天皇改過如此多次年號，也反映了後醍醐天皇波瀾壯闊的人生。
這次奪回政權後，後醍醐天皇下令藤原藤範、菅原在登、菅原在淳為首的明經道、文章道的儒學者與漢學者從中國過往年號之中，找尋能符合撥亂反正之義的選項，最後由後醍醐天皇選中「建武」。
建武是東漢初任帝劉秀的第一個年號，後醍醐天皇可能是自許推翻新莽的劉秀一般，開啟一朝基業的雄心壯志。只是「武」字被批評為可能引發騷亂的不吉祥之字，日本歷史上從來沒有使用過這個字（建武之後也沒有第二次），當時就有不少廷臣、有學之士提出反對，只是在後醍醐天皇的堅持之下，還是以「建武」作為新年號。於是，後醍醐天皇的一系列改革就被稱為建武新政。
建武新政
幕府滅亡之後，後醍醐天皇對於戰功第一的武家領導足利高氏是又敬又怕，他最不願意見到的，就是才剛推翻了無視天皇進行統治的鎌倉幕府，結果又讓新的武家上位，持續武家政治。於是天皇拒絕了足利高氏希望成為征夷大將軍的請求，僅賜予他鎮守府將軍與左兵衛督的職位。
鎮守府將軍在平安時代是鎮守於陸奧的方面大將，主持陸奧與出羽兩國的軍政大權，職務主要是防備當時在北方邊境的蝦夷人，但在權力慢慢轉移至地方官的國司之後虛名化，鎮守府將軍也逐漸成為榮譽職，在京都任官而不前往陸奧，如河內源氏就連續五代就任鎮守府將軍，確立了武家第一名門源氏棟樑的地位。
足利高氏當然理解後醍醐天皇的意思，給予自己榮譽卻不給實權，自然是避免他像源賴朝一樣開設幕府。為了安撫足利高氏可能的不滿，天皇又將自己的名諱「尊治」中的「尊」字下賜給高氏，讓他改名為足利尊氏。
後醍醐天皇集中皇權的施政與足利尊氏成立新武家政權的矛盾先姑且不論，建武政權雖然期許如劉秀開創一朝之治，但天皇實行的政令卻更像是被劉秀推翻的王莽，一昧地恢復不合時宜的舊體制，如恢復皇族、公卿、寺社的舊勢力在鎌倉幕府時代被剝奪的權利，復活了剝削地方的莊園制度並橫奪、限制武士的領地，試圖將兵權收歸中央。
建武新政沒有照顧到武家的心情，除了北条殘黨在各地的叛亂層出不窮之外，武家對天皇的不滿也節節高升。不過首先出亂子的倒不是明顯受到打壓的武家之首足利尊氏，而是而自認為在元弘之亂中戰功不輸足利尊氏的護良親王。
如前篇所述，護良親王在後醍醐天皇被迫退位，流放隱岐期間，以天皇的代理人身分主持在近畿的倒幕勢力，以寺社僧兵、懷才不遇的浪人、民間武裝為軍事力量舉兵倒幕，甚至還在吉野一戰差點殉國。隨著足利高氏背叛幕府、後醍醐天皇逃出隱岐，苦苦支持的護良親王面臨的壓力瞬間減少，但他的話語權也不知不覺消失。這場由護良親王挑起的倒幕戰爭，主導者須臾之間變成了天皇和足利高氏。
因此在六波羅探題被滅亡，京都的幕府力量被一掃而空後，護良親王拒絕進京。後醍醐天皇要求護良親王回歸僧籍，作為朝廷掌握寺社力量的代理人，不要介入俗世，但護良親王以防備足利高氏的野心，不宜解散軍勢為由拒絕。
與一心想要中央集權的後醍醐天皇不同，護良親王認同了征夷大將軍作為全國武家棟樑的必要性。但他理想的將軍，絕非鎌倉時代受到幕府執權北条氏把持，有名無實的魁儡將軍，而是尊崇中央朝廷，實際擁有軍事力量的幕府將軍。
護良親王聲稱由自己出任征夷大將軍，將全國武家聚集在皇族麾下，才能確保朝廷擁有足以壓制武家的軍事力。後醍醐天皇眼見難以說服護良親王，加上比起身為源氏名門，受到武家尊崇的足利高氏，讓護良親王成為征夷大將軍的確好一點，最終妥協，任命護良親王為征夷大將軍。
因此，就任征夷大將軍的護良親王，從一開始就注定和目標為開創新幕府的足利尊氏有衝突。
為了壓制鎌倉的足利黨勢力，將軍護良接著主導了陸奧將軍府的成立。讓後醍醐天皇接受了成立陸奧將軍府的提案，使弟弟義良親王為陸奧將軍，再輔以政治上與護良親王同樣認同皇族將軍之必要性的岳父北畠親房，任命親房就任陸奧國司，與其子北畠顕家陪同義良親王前往陸奧。
而足利黨作為反制，則提出了由足利直義作為作為執權，以後醍醐天皇的另一位皇子成良親王為鎌倉將軍開立鎌倉將軍府的議案。後醍醐天皇雖然並不願意，但有了陸奧將軍府的前例，實在難以拒絕成立鎌倉將軍府一事，最終東方形成了北畠一族擁立的陸奧將軍與足利黨擁立的鎌倉將軍對峙的態勢。
然而護良親王除了足利尊氏之外，他同時也需要面對來自內裡的威脅。根據《太平記》所說，後醍醐天皇的寵妃阿野廉子希望讓自己的兒子義良親王繼承帝位，眼見護良親王在元弘之亂中大為活躍，這才勸說天皇命令護良親王放棄皇籍回歸山門，遭到拒絕之後，她認定護良親王是兒子義良繼承帝位的最大威脅，便主動和足利尊氏聯繫對付護良親王。
才剛就任征夷大將軍，無論是建立直屬朝廷的新武力，或是收服武家之心都還來不及的將軍護良，政治上遭到裡外夾攻。阿野廉子讓後醍醐天皇在論功行賞上刻意刁難護良親王麾下的武士，使得親王因無法滿足武士的恩賞而眾叛親離，最終僅僅在位約三個月，在1333年年底卻遭到免職，改任兵部卿。
失去了征夷大將軍號令天下武家的正當性，麾下的武將又因無法得到封賞而逐漸離開，護良親王只轉向非御家人出身的民間武裝招募人手。《太平記》描述護良親王被免職之後只顧飲酒作樂，不問忠誠與否，百無禁忌地大肆招募武者，不少人假稱懂得一點武藝便加入了親王麾下，這些冒牌武者在京都裡橫行霸道，除了晚上在白河附近斬殺行人搶劫財物之外什麼也不會。
1134年11月，爆發了護良親王陰謀刺殺足利尊氏的行動。《太平記》記載護良親王陰謀招集軍隊奪取帝位，並計畫謀害足利尊氏，所幸事發之前足利方便掌握了證據，透過阿野廉子通報天皇之後讓天皇得以先發制人，化解了危機。
而《梅松論》則記載護良親王是受到後醍醐天皇的密令，與楠木正成、新田義貞、名和長年等人共同計劃。計畫洩漏之後，護良親王遭到後醍醐天皇捨棄，承擔了所有的罪名，換取足利方不要深入追究下去。
畢竟護良親王死前可是留下了：「比起足利尊氏，我更恨的是父皇。」一番話。
護良親王的親信，陸奧的南部氏與工藤氏遭到逮捕、處刑，而親王本人則被交給了足利方看管。在當時武家法律中，私鬥的加害者交給被害者任其處置是廣泛被接受的作法。也就是說後醍醐天皇將護良親王謀反之事大事化小，定義為區區的私鬥，而非一場失敗的宮廷政變。
這場政變爆發之時，在建武新政中受到後醍醐天皇莫大的重用，擔任記録所寄人、雑訴決断所奉行人、檢非違使，又身兼河内、和泉守護與河内国司的楠木正成卻湊巧離京討伐北条殘黨的叛亂。楠木正成回京之後，聽聞護良親王倒台，便辭去了絕大多數的職務，可見楠木正成對護良親王的支持。
護良親王於政爭中落敗，楠木正成又淡出朝政，後醍醐天皇只得轉向新田義貞，將新田義貞推上了足利尊氏的對立面。《太平記》與《梅松論》都自新田義貞一登場就將其描寫為足利尊氏一生最大的敵人，但更有可能是在護良親王失勢之後，後醍醐天皇看上了新田氏與足利氏的尊卑關係可資利用，於是刻意忽略足利氏在關東的運作，將攻破鎌倉的功績歸到新田義貞頭上，刻意提拔新田義貞並將其塑造成另一名倒幕英雄，這才使其成為足利尊氏的政敵。
中先代之亂
後醍醐天皇試圖強化皇權、實行中央集權的建武新政沒有獲得武家支持，連朝廷公卿也有諸多反彈。
如他為了掌握實權而廢除了輔政大臣關白，又有如針對官職的一系列改革。許多朝廷官職在公卿家系之中都已經世襲化，天皇為了破除此弊病，強行將這些官職授予自己的親信，一方面是要消除傳統勢力，一方面也是要將利益收歸已有。
政治上如履薄冰的結果，1335年6月，終於爆發了中先代之亂。
事實上，建武以來，各地大大小小的反叛就層出不窮。特別是在鎌倉幕府時代北条氏出任守護職的地方，如日向、越後、紀伊、信濃、陸奧等地，以元弘之亂後被打為朝敵、失去一切的北条氏一族以及其御內人為首，一些不滿建武新政的地方豪族也紛紛加入起事。
中先代之亂的契機，是西園寺公宗主導的一場宮廷政變。
前面提過，西園寺一族雖是公卿，但在鎌倉幕府時代立場傾向北条氏，因此在鎌倉朝享盡榮華富貴，就連後醍醐天皇在登基前也曾經為了討好幕府而刻意接近西園寺禧子，並讓她成為自己的皇后。
然而元弘之亂中靠山北条氏滅亡，西園寺一族在建武新政中失去了所有的官職，雖然當主西園寺公宗靠著姑祖母禧子的關係而再次任官権大納言，但此時皇后也已經去世，西園寺一族面臨失勢的困境。
於是西園寺公宗與日野氏光與三善文衡等人鋌而走險，計畫推翻後醍醐天皇，擁立被逼退位的光嚴上皇復辟，西園寺公宗的叔母西園寺寧子是後伏見天皇的女御，光厳天皇便是後伏見天皇與西園寺寧子所生，因此西園寺公宗和光厳天皇是堂表兄弟的關係。
而在軍事上，西園寺公宗藏匿了北条得宗家末代當主北条高時的弟弟北条泰家，西園寺公宗計畫以泰家為號召起事，和信濃的北条高時遺兒北条時行互相呼應舉兵。然而公宗的異母弟公重告發了兄長的陰謀，西園寺一黨遭到楠木正成與高師直逮捕、處刑，北条泰家逃亡不知所蹤，勢單力薄的信濃國北条殘黨卻決定單獨起事。
信濃國從得宗初代北条義時開始就是北条家掌握的屬國，諏訪大社的大祝諏訪氏也代代是北条得宗家的被官，有著深耕百餘年的地方影響力。以諏訪氏為首，信濃的北条家御内人滋野氏、仁科氏共同擁立了年僅十歲的北条時行起事，足利方的信濃守護小笠原貞宗戰敗逃亡，建武新政後醍醐天皇任命的信濃國司則自殺身亡。
而在北陸，北条一門，曾任越中守護的名越家，也在名越時兼的率領下起事呼應，越中、能登、加賀等地對建武新政不滿的氏族如長沢氏、井口氏、野尻氏等紛紛加入，聚集了號稱3萬餘騎，打算從北陸道一舉南下攻進京都，而信濃的本軍則出乎意料地沒有從木曾谷西進威脅京都，卻是往東方進入了武藏國。
京都的足利尊氏原本判斷北条時行會和名越時兼呼應，從信濃往西，經尾張、美濃進入近江，從南直接威脅京都，因此沒有刻意聯絡鎌倉府的足利直義，於是等到北条時行的本軍進入關東平原，相模三浦氏家主三浦時継率先倒戈投靠北条軍（附帶一提，三浦時継之子高継倒是一直跟在足利尊氏身邊保存了家業），雖然關東地區向來是足利黨的地盤，但一時之間關東地區對新政不滿的地方豪族還是紛紛蜂起加入叛軍。
鎌倉府被殺個措手不及，倉皇集結出陣迎戰，但足利直義的小舅子渋川義季、細川頼貞及岩松経家等足利方的武將接連戰死，甚至自平安朝就是下野最大豪族的名門小山家家主小山秀朝也戰敗身亡，關東足利黨元氣大傷。7月22日，鎌倉將軍府執權足利直義不得不親自出陣，結果在井手の沢慘敗，捨棄了鎌倉隻身往東海道西逃。
常陸的足利黨佐竹貞義在鶴見佈陣，作為鎌倉最後一道防線，但在北条軍諏訪頼重、時継父子的猛攻下，貞義之子佐竹直義當場戰死，沒有能夠擋下北条軍，但仍然爭取了足夠的時間，讓鎌倉將軍成良親王在舅父阿野実廉的守護下，逃出陷入混亂的鎌倉，足利尊氏的嫡長子千寿王也趕在鎌倉失陷成功脫逃。
在鎌倉幕府滅亡兩年之後，於1335年7月25日，北条時行收復了鎌倉。
北条時行是鎌倉幕府第14代執權北条高時的遺子，相對於先代的幕府執權北条氏一族，還有後代的足利氏一族，這場騷動夾在中間，因此被史學家稱為中先代之亂。
護良親王之死
鎌倉幕府的源氏將軍絕嗣之後，北条家擁立過幾代的宮將軍，意即具有皇族血統的幕府將軍，而北条家自己則作為幕府執權掌握幕政。足利直義考量到此，便以擔心護良親王會被北条義時擁立為由，在逃亡前還不忘命令臣下淵辺義博殺害了被幽閉於鎌倉的護良親王。
《太平記》描述，淵辺義博在土牢中試圖以太刀殺害護良親王，但親王奮力抵抗，咬住了刀刃不讓他得逞。護良親王最終力竭身亡，被淵辺義博割下首級在月光下檢視，卻看到護良親王瞪大雙眼，嘴裡依然緊緊咬著斷刃。淵辺義博被護良親王悽慘的死狀嚇到，遂將親王的首級扔進草堆逕自離去。
一說，淵辺義博因為同情護良親王的遭遇，沒有能夠下手，暗中放走了護良親王，他擔心若是東窗事發將會連累家人，更先行和妻子解除婚約，而他和妻子道別的橋據說至今依然存在。淵辺義博追上了往東海道逃去的足利直義，宣稱護良親王死不瞑目的首級為不祥之物，就像古時中國的干將莫邪被楚王害死後，兩人的兒子赤遭到楚王追緝，多年尋求報仇機會而不可得，最終承諾自殺把頭顱交給刺客，刺客被赤的誠心感動，將首級獻給楚王，說如此窮凶極惡之徒死後仍不瞑目，必會作祟朝廷，得用熱水煮爛才能永絕後患，並藉著楚王上前觀察的機會斬下楚王的首級。兩人的首級在鼎中互咬不分勝負，最終刺客自己也自刎，兩顆首級圍攻下終於打敗楚王。三顆首級在鼎中煮得不分你我，最後臣子只得合葬三顆首級，這也是三王廟的由來。淵辺義博和足利直義解釋自己認為將這樣的首級留下，帶給主君查驗絕非好事，因此才拋棄首級。
在《無生野大念佛》的傳承中，護良親王的側室雛鶴姫聽說了足利直義將謀殺親王而趕去救援，但晚了一步，只來得及在北条軍攻入鎌倉之前撿回親王的首級，有孕在身的雛鶴姬逃出鎌倉往家鄉前進，途經甲斐秋山郷時即將生育，然而村人害怕若提供協助，之後會遭到足利氏懲罰而不敢伸出援手，最終雛鶴姬以樹葉鋪地作為產床，艱辛地在山裡產下一子，但母子兩人最終還是因為不敵山中的寒氣而雙雙凍死。雛鶴姬的隨扈們埋葬了親王的首級與雛鶴姬母子，而村人們後來則在此地建立起雛鶴神社祭祀大塔宮以及雛鶴姫。雛鶴姫臨死前曾哀嘆：「這無情的地方啊……」因此該地後來就被稱為「無生野」，意即無情的地方。
足利勢的反攻
逃出鎌倉的足利直義、成良親王以及姪兒足利千寿王在駿河手越河原被北条勢的追兵追上，再次遭到擊破。足利直義一行與敗兵於8月2日抵達三河，直義派遣使者護送成良親王前往京都，自己則留在三河重整勢力。
三河自鎌倉幕府時代就是足利家的領國，三河的足利一門包括了吉良氏與其庶流的今川氏，兩者都延續到了戰國時代，除此之外還有細川氏與仁木氏，都是足利氏的分家，可以說三河是足利一族的根基所在。
溝通鎌倉與京都的東海道諸國之中，僅有遠江的佐々木氏和三河的足利氏並非北条一門所領，三河以西就是尾張，京都的六波羅探題管轄範圍正是尾張以西，三河以東則是鎌倉幕府直轄。也就是說三河便是鎌倉在西方的最前線，如此關鍵的戰略要地卻交由非北条一門的足利氏統治，可見足利氏在鎌倉時代有多受到北条氏重視。
但也因此，對北条殘黨來說，備受信賴卻背叛幕府，導致幕府敗亡的足利尊氏，比起攻破鎌倉的新田義貞或是後醍醐天皇等，更是欲除之而後快的仇人。
鎌倉淪陷之後，人在京都的足利尊氏主動請命，希望率軍討伐北条殘黨，並請求天皇授予惣追捕使與征夷大将軍兩職，但天皇拒絕了足利尊氏的要求，反任命逃出鎌倉的成良親王為征夷大將軍，打算以其為總大將，再輔以新田義貞為指揮官統領討伐軍，希望沒有官職的足利尊氏打消領兵出征的念頭。
手握軍權的足利尊氏索性在沒有詔令的狀況下擅自出兵，後醍醐天皇被打個措手不及，只得追認尊氏為征東將軍。
足利尊氏在三河和弟弟足利直義聚集起來的足利黨合流，沿著東海道東進，勢如破竹地擊敗北条軍。諏訪頼重、時継父子兵敗自殺，北条時行逃出鎌倉不知所終。8月19日，足利尊氏在短短20天之內重新奪回鎌倉。
足利尊氏奪回鎌倉之後，後醍醐天皇將他的官位升為從二位，令其罷兵返回京都，但足利直義勸其兄長，京都有天皇的臂膀名和氏與新田義貞等政敵不時制肘，好不容易離開京都何苦回去受苦？
於是足利尊氏以關東仍有北条殘黨作亂為由，拒絕歸京，並重建了舊鎌倉將軍館邸，開始自稱征夷大將軍，開始對追隨者論功行賞，像是無視陸奧將軍府義成親王和陸奧守北畠顕家，擅自將心腹斯波家長封為奧州管領。同時還擅自沒收政敵的領地賞賜給自己的屬下，如新田義貞的領地下野國就被足利尊氏賞賜給自己的舅父上杉憲房。
作為對抗，新田義貞也沒收了越後、播磨的足利方的領地轉封給自己家人。
足利尊氏上書宣稱朝政被天皇身邊的奸臣如新田義貞和公卿們把持，請天皇下詔書討伐新田義貞，新田義貞則反駁足利一族才是奸賊，並舉出足利直義謀殺護良親王等罪行，最終後醍醐天皇將足利尊氏定為朝敵，賜下御旗給新田義貞，以其為大將，再奉尊良親王為主帥，率領討伐軍遠征鎌倉。
至此，建武新政徹底崩壞，很快便突入至更加混亂的南北朝時代。
