浴火重生的Nanostring
2024年2月 Nanostring 申請破產，當時在業界一片譁然，曾經的一個巨人倒下了。
後來，5月被Bruker收購，10月在Bruker底下再和2020年併購進來的Canopy 整合成空間生物學部門，我感覺到整個氣勢變了，就好像功夫足球：大師兄 回來了!
在還沒被收購前，10x Genomics就是主要的競爭對手（10x 成立於2012年，2015年產品商品化，2024年預計全年營收約5.95億~6.05億美元）。
成立於2003年的Nanostring，在2023年營收約1.8億美金，股價表現也比10x低。
Nanostring 旗下nCounter，在2008年發表，大幅度改善了細胞轉錄組實驗的時效性與準確性，打出" Faster than NGS, Simpler than qPCR"的口號。公司也藉著這款機型擴大營收與市占率。
2019年推出GeoMx，分析組織層面的轉錄組和150種蛋白。
2022年推出CosMx SMI 在FFPE和FF 組織樣本上能分析 6000 個RNA和68個蛋白質，透過核染色+模染色去做cell segmentation，達到單細胞層面的分析。
數據分析方面，他們走的是Open-source package，也就是免費的，並且開放好幾個癌症的dataset供大家研究，儼然要把自己打造成空間生物的大平台，而不是產品供應商而已。
CosMx SMI Package 主要包含兩個套件：
CosMx
- 用於處理原始數據
- 提供數據標準化
- 細胞分型功能
- 空間分析工具
Spatial Tools
- 提供空間統計分析
- 細胞互作分析
- 可視化工具
- 整合分析功能
這些套件的主要功能包括：
- 數據導入和預處理
- 質量控制
- 數據標準化
- 降維分析
- 聚類分析
- 空間統計
- 可視化工具
AtoMx Custom Modules 是 NanoString 開發的分析模組系統：
數據分析模組：
- Cell-type Annotation（細胞類型註釋）
- 基於參考數據集的自動註釋
- 自定義標記基因註釋
- 整合多組學數據註釋
- Spatial Analysis（空間分析）
- 細胞互作分析
- 空間聚類識別
- 組織區域分析
數據整合模組：
- Multi-sample Integration（多樣本整合）
- 批次效應校正
- 多樣本比較分析
- 數據標準化
- Cross-platform Integration（跨平台整合）
- 與單細胞 RNA-seq 數據整合
- 與其他空間組學數據整合
可視化模組：
- 空間可視化
- 表達譜圖
- 互作網絡圖
- 自定義繪圖功能
統計分析模組：
- 差異表達分析
- 通路富集分析
- 相關性分析
- 生物標記物識別
報告生成模組：
- 自動化報告生成
- 結果導出
- 數據共享功能
業內互打
10x 從以前就想把Nano往地裡打，告N牌侵犯專利，在美國告贏後，導致N牌申請破產，而後Bruker接手在歐洲打官司，UPC裁定支持Nanostring，並判定10x所主張的專利無效。
之後兩家也是不斷的纏鬥，2024 5月份 在期刊上發表了看似客觀的對比文章 Comparison of spatial transcriptomics technologies across six cancer types說Visium/Xenium 比CosMx好。
Nanostring 的CSO Dr. Joseph 也不是塑膠，錄了影片直接放上Youtube 直球對幹主要對手 10x Xenium，說他們的敏感度就是比Xenium好(CosMx SMI Key Performance Metrics: Sensitivity)。
從腫瘤空間生物學的布局來看，我認為 Nanostring加入Bruker之後的的優勢大於10x Genomics，因為Bruker有強大的影像技術。
相信，雙方的纏鬥會持續下去，這樣對使用者來說是有好處的，就讓我們繼續看下去!
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