神魂神社的社紋是六角形龜甲形上刻「有」,「有」意謂「此處有神」,也是給八百萬神明指路的暗號。這個六角形龜甲紋源自龍蛇神鱗片的形狀,而更有趣的是,根據出雲國造所述,「有」曾是出雲大社的社紋,如今出雲大社的社紋僅保留六角形龜甲紋,中間則為菱花,以示區別。
神魂神社,又稱大庭大宮,現為日本國寶。主祭神為伊邪那岐與伊邪那美,兩位是八百萬神明的父母。現在的社殿是比出雲大社改建前再早四百年前留下來的建築,算一算也近千年。據聞出雲大社的改建是參考神魂神社等比例放大,它更是日本現在存有最古老的大社造建築,存有「天地根元造」的結構。