神魂神社的社紋是六角形龜甲形上刻「有」，「有」意謂「此處有神」，也是給八百萬神明指路的暗號。這個六角形龜甲紋源自龍蛇神鱗片的形狀，而更有趣的是，根據出雲國造所述，「有」曾是出雲大社的社紋，如今出雲大社的社紋僅保留六角形龜甲紋，中間則為菱花，以示區別。
關於神魂神社
國寶：本殿
神魂神社，又稱大庭大宮，現為日本國寶。主祭神為伊邪那岐與伊邪那美，兩位是八百萬神明的父母。現在的社殿是比出雲大社改建前再早四百年前留下來的建築，算一算也近千年。據聞出雲大社的改建是參考神魂神社等比例放大，它更是日本現在存有最古老的大社造建築，存有「天地根元造」的結構。