在柬埔寨發現的最早有年份可考的高棉語碑文是在西元611年刻記的，梵語碑文則刻劃於兩年之後。梵語碑文皆採用詩歌形式，用來歌頌神靈、國王、統治階層或僧侶；高棉語碑文則使用散文形式，用以記錄寺廟建造過程、規定奴隸職責、制定徵稅制度，以及詛咒企圖破壞寺廟的人。
在13世紀，柬埔寨大多數的人改信上座部佛教，巴利語的地位因而逐漸提高。在高棉王國後期，大量印度文化的學者和經典逐漸從吳哥（高棉語：អង្គរវត្ត；英語：Angkor）轉移到了泰國阿瑜陀耶（泰語：พระนครศรีอยุธยา；英語：Ayutthaya）。從此到16世紀後吳哥時期最傑出的柬埔寨國王之一、金邊王國第４任國王昂占一世（高棉語：អង្គចន្ទទី១）時期，柬埔寨當地的語言產生了永久性的變化，高棉語的地位大為上升。
在19世紀中後期，柬埔寨成為法國的保護國，法語因而成為官方語言。而高棉語遭到排斥，在學校不可教授高棉語。
直至二戰後柬埔寨獨立，高棉語重新成為官方語言，被寫入憲法中。
這一時期，為了解決高棉語中缺乏現代政治、經濟、科技詞彙的問題，尊納（英語：Chnou Nath）僧王和柬埔寨佛學院從巴利語中大量借用詞彙，而創造出現代高棉語的詞彙，編著《高棉語大辭典》，從而有效地保護了高棉語和高棉文化，避免其被法語所取代。
