沉浸於知識的學者
作為平原都市中王族學院的一名學者，學者一如往常地向公主與女學生２人講解大陸的歷史。當學者說起這座都市的歷史淵源，同時也提及８年前滅亡 ── 劍士線中劍士曾守護的荷魯布爾古王國。滅亡的王國，曾因日漸遭世人遺忘的古代宗教繁盛一時。在課堂結束後，公主向學者提問古代宗教的宗旨。學者因為亡國後記錄已經遺失，故僅作出推論 ── 古代宗教的祭司，同時也是王族，目的在於守護某種東西。
學者初章的開頭，便將劍士線與盜賊線的劇情串連在一起。同時學者線也將整部零散的故事線大致上完全收攏，形成一篇較為完整的故事全貌。
結束講解後，學者因為特別書庫的閱覽許可已經通過，因此迫不及待地前往圖書館。來到圖書館，申請閱覽《聖火教會史》，卻在特別書庫中找不到這本書。感到事有蹊蹺的學者，卻突然被學院校長叫喚。學者只好將找書的工作交給圖書館員，自己趕往校長室。
當學者抵達校長室，迎來的卻是校長的當面訓斥。對於學者提交的論文，不僅引用學院珍藏的貴重資料，並且意圖將其發表、公諸於世，讓校長極度憤怒。將知識視為勳章的校長無法認可，因此將學者喚來的目的，不僅有著退回學者的論文的打算，同時也是蓄意佔用學者使用特別書庫的有限時間。
經過推理後導出的答案，學者前往嫌疑人的地下研究室。儘管打敗嫌犯，找回被偷竊的書籍下落，然而仍有一本名叫《邊獄之書》的書籍不見蹤影。《邊獄之書》記載著古代儀式與魔法，本應是特別書庫最珍貴、最古老的一本書，如今卻已失蹤 15 年之久。正當學者沉浸在這起耐人尋味的事件，卻又收到校長的傳喚。
這裡不得不吐槽，故事提到被嫌犯持續竊書長達２年，更有本珍貴的書籍失竊１５年之久，說看守嚴密什麼的，說不過去吧......？
學者再次抵達校長室，卻被校長告知學院收到投訴，懷疑學者與公主之間有曖昧關係。儘管只是毫無根據的謠言，然而王室的醜聞卻是人們最理想的話題，因此校長打算藉此開除學者，並要求學者以研究為由，自願離開城市。面對校長無理且羞辱的命令，學者卻欣然接受，決定踏上尋找失蹤的《邊獄之書》的旅程。
當學者準備收拾行囊離去，女學生卻聽聞學者將被開除而趕來。原來一切的起因，來自於女學生對學者的愛戀之心。因為自己的膽怯，讓學者往往僅注視著公主的努力，忽視了自己，因此讓女學生產生了嫉妒，傳出莫須有的謠言。儘管學者了解了一切緣由，卻仍然誤解女學生的心意，認為是自己沒有認真回應女學生渴求知識的心意，才會造成這起事件發生。最終在女學生失落的送別下，學者踏上旅途，出發拜訪對魔導書相當熟悉的前輩。
本以為女學生是個極度工於心計的女孩。然而在後續學者線的劇情中，女學生再次出場，倒是讓人意外地，真的僅是一名為愛盲目的女孩，而並非事先埋下的伏筆。
尋找失蹤的《邊獄之書》
來到前輩所在的城市，學者成功地與前輩再會。一番敘舊後，學者便開口詢問有關《邊獄之書》的消息，然而前輩對於書同樣一無所知，僅知道書上記載著與「死」有關的不祥魔法。
在前輩答應調查《邊獄之書》後，前輩指派學者調查一起連續的失蹤事件。根據向城市居民探查得到的情報，學者進入嫌犯可能躲藏的下水道中。當找到被囚禁在下水道的民眾以及研究設施，學者卻發現犯人將民眾當作實驗的材料，透過荷魯布爾古亡國後失落的古代文字，刻劃成魔法陣，混合人類的血液變成結晶。
擁有著博學的知識，卻不具備一丁點的道德，濫用著知識，讓學者無法原諒犯人。當犯人在學者面前現身，並試圖湮滅證據而襲來，學者憤而迎擊，給予犯人制裁。當學者擊退犯人，竟在犯人身上找到《邊獄之書》抄本。然而內容已被翻譯成現代語言，並且僅記載著魔法陣的知識及材料，以及交貨的要求。
回到前輩的住處，學者報告事件的經過，並與前輩著手調查找到的抄本。從抄本的裝訂材料推論，兩人推導出製作抄本的地點。於是學者向前輩道別，再次出發，前往下一個目的地。
《邊獄之書》記載的不祥力量
「身為學者，我也不能眼睜睜地看著知識被濫用。」當與避世的譯者見面，卸除譯者心底的防備後，學者終於得知真相 ── 要求譯者製作抄本的，就是學院的校長。離開譯者的住處，學者決定與旅途中一路尾隨的校長秘書對談，了解她跟蹤自己的目的。
秘書以得知校長不為人知的秘密為由，誘騙學者前往校長在當地的舊宅邸，並將學者推進宅邸的地下室當中。在身陷陷阱後，校長出現在學者眼前，並邀請他成為同夥。然而校長「只要自己獲得知識就好」的自私想法，與學者的理念背道而馳，因此遭到學者果斷拒絕。遭到拒絕的校長，於是將學者關押在無人拜訪的舊宅邸中，打算放任學者獨自死去。
當學者在空無一物的地下室中，尋找著逃脫的可能性時，卻聽到了女學生的聲音。原來是自從在學院聽到校長對學者圖謀不軌後，女學生不顧一切地前來尋找學者，也因此才出現在此地，並協助學者逃離難關。
兩人尚未重逢多久，校長卻突然折回，偷襲了學者，並擄走女學生作為人質。一路追趕校長直到宅邸盡頭，校長最終決定除掉兩人以絕後患。運用《邊獄之書》記載的力量，校長拿出人血結晶化的石頭，化身成異型向學者襲來。
遭到欺騙，以為透過《邊獄之書》的記載，取得了不死的力量的校長，在與學者的戰鬥中，滿懷悲恨地死去。學者將女學生帶離校長的舊宅邸，前往安全的地方治療傷勢。在女學生恢復精神後，學者便向她打聽一切的來龍去脈。然而偷聽到校長秘密的女學生，因為擔憂著學者的安危，言語間始終有所保留。
「珍貴的知識應該互相分享。繼承過去的知識，才能發揮出託付給未來的價值。」偷竊書籍，將知識隱匿，只為滿足私慾，甚至濫用知識危害世人，這些都讓學者無法原諒，並決定找出背後元凶。面對學者展露的決心，女學生知道自己無法阻止學者，因此說出校長原本打算前往的目的地。為了知曉整起事件背後的真相，學者再次踏上旅途。
知識沒有對錯，卻因人而有善惡
為了釐清校長的企圖以及《邊獄之書》的下落，學者到達了目的地，並看到了校長秘書的身影。想起兩人的密切關係，如今秘書出現在此地，學者認為與整起事件有所關連，因此決定緊跟在她的身後。
跟蹤著秘書，學者最終來的古代遺跡面前。在遺跡深處，學者發現以荷魯布爾古的文字描繪而成的壁畫，並且可能隱藏著想要傳遞的資訊。然而為了問出一切事情的真相，都不允許學者停下腳步，因此重新趕往秘書前往的方向。
一路追蹤秘書的蹤跡，學者來到遺跡內部的巨大書庫，其中傳承著許多消失於歷史的貴重書籍，讓學者更加確信並非僅校長一人所為。並在遺跡深處與秘書重逢後，確信秘書就是幕後的主使者。
「我對人類並不絕望。探求過往，學習現在，展望未來，為此而不斷學習才能稱為學者。」秘書以書庫中蘊藏的知識勸誘學者，認為學者的才能，足以與自己一同探究世界的真理。然而學者卻對秘書放棄將他人引導至同樣高度，認為「才能代表一切」的想法感到厭惡。「知道的人，教導缺乏知識的人。而了解答案的人，則糾正錯誤。透過這一點一滴的累積，人類才能往更高的地方前進。」
不願意相信他人潛在可能，認為壽命的有限性，不該浪費在庸才身上的秘書；與相信人與人相互扶攜、學習，能通往更遙遠、未知境界的學者，最終兩人因為理念的衝突，談判宣告決裂。秘書以完成的血結晶之力，化身成異形向學者襲來。
面對超越人類常理的秘書，學者單方面向秘書許下約定。在這場戰鬥過後若能生存下來，自己將解開《邊獄之書》的秘密，並得出與她完全不同的答案 ── 並非只有超脫人類的軀體，才有探究世界真理的可能性。
擊敗秘書後，學者終於取得了《邊獄之書》的原著。為了能夠解讀內容，學者前往遺跡裡的書庫，著手調查相關的藏書。依據書庫中獲得的情報，學者發覺《邊獄之書》與遺跡裡的壁畫有所關連，並且成功解讀出內容。《邊獄之書》記錄著 12 神封印在世界盡頭的力量──生與死。書與壁畫的內容，正是託付給未來的警示，目的是警告人們不准使用這股力量。
「知識本身沒有對錯。然而，根據使用的人自身的行為，存在著善與惡。」因為這些書籍蘊藏的危險性，學者原本打算將它們全部燒毀。然而，學者知道就算將這些書籍全部焚滅，總有一天也會出現找到這些知識的人。「解讀這本書和壁畫，將必要的知識傳達給後代。」「當有一天，這本書上的魔法再次現世時，並且這本書上的力量為這個世間帶來災厄時 ── 就算我已經不在，必須也能有妥善的應對方式。」
學者為了避免後世的人們濫用知識，誤入歧途，因此回到學院，埋首於研究中。執筆將這趟旅程撰寫成書，並將知識與經驗傳承給課堂的學生們，期許能為未來奠定良好的基礎。「人只要活著，每天都是學習。去理解、記錄，以及述說 ── 這種綿延下來的聯繫，才是人類的歷史，人類的結晶。絕對不要關在自己一個人的世界裡，知識也一樣。」最終在女學生陪伴著學者研究下，學者線的劇情就此結束。
