1936年，盛岡市出生的三田定則(1901年畢業於東京帝國大學醫學系)，成為「臺北帝國大學醫學部部長兼附屬醫學專門部主事」。三田定則在1934年時，以帝國學士院會員之尊，來台擔任臺北帝國大學醫學部創設準備委員。
接任臺北帝國大學醫學部部長後的16個月，在1937年10月，三田定則從幣原坦(しではら たん)教授手中承接了台北帝國大學總長的重責大任，成為第二代總長。
1937年，自東京帝國大學醫學院院長一職退休的永井潜(ながい ひそむ)接任了臺北帝國大學醫學部部長部長兼附屬醫學專門部主事。任內和三田定則多有衝突，故於1939年離職，前往北京大學講課。1938年：「臺灣總督府臺北醫院」改制為「臺北帝國大學醫學部附屬醫院」。此時醫院的院長為小田俊郎(為第一任臺北帝國大學醫學部附屬醫院院長)。
1939年，森於菟(森鷗外的長男)成為了臺北帝國大學醫學部部長，主講解剖學講座教授。
1941年，富田雅次接任臺北帝大醫學部部長。富田雅次畢業於京都帝國大學醫學系，1937年從長崎醫科大學來到台北帝國大學，開授了臺北帝國大學第一個「生化講座」。1942年，因病離開台灣。
1942年，前臺大醫院院長 (1938~1940)，同時為醫學院內科教授(第一內科獎座)的小田俊郎升任為臺北帝大醫學部部長。崛內次雄是小田俊郎的岳父，他本人也培養了許多台灣的名醫，例如台大內科陳萬裕教授、高醫內科鄭金松教授等。除了培育台灣醫師以外，小田俊郎亦書寫《台灣醫學50年》，成為研究台灣醫療史的重要史料。
1944年，森於菟再次接任臺北帝大醫學部部長，直到1945年終戰。終戰時，正擔任台北帝大醫學部長的他，將醫學部移交給接收的台灣人藥理學講座教授杜聰明，成為台北帝大最後一任醫學部長，杜聰明教授出任新成立的國立臺灣大學醫學院院長，聘請他擔任醫學院解剖學教授，直到1947年才返回日本(228事件，隨堀內次雄回到日本)。
