時間來到1915年的3月，隨著高木友枝博士的卸任，隨之上任的是在台北病院工作已久的堀內次雄博士擔任臺灣總督府醫學校校長。
堀內次雄博士畢業於仙台醫學院(後併入東北帝國大學)，1894年就隨仙台近衛兵團來台；隨後在台北病院擔任醫師。中間於1906年至1912年被指派前往德國進行細菌學研究，並獲取博士學位。之後便接替高木友枝博士成為台大醫學院第三任校長。
堀內次雄博士23歲即來台(高木友枝博士44歲)，並且為了公共衛生問題長期深入台灣民間社會。除了對台灣文化認識頗深，本身也習得台語，並且和高木友枝校長一般，對於台灣醫學教育與民主進程有著極大的熱情，並有著不同於總督府當局的包容力。更甚者，堀內次雄博士對於整個台灣的醫療與公共衛生的影響力，已經遠遠超過台大醫學院的範圍─深入台灣全島乃至東南亞。
1918年，堀內次雄博士創立「熱帶醫學研究所」與「台大公衛研究所」，為台灣公共衛生乃至東南亞公共衛生做出貢獻。同年，成立「臺灣總督府醫學專門學校」，開始招收日本學生，堀內次雄同時擔任負責人 (台灣人念的是臺灣總督府醫學校)。
1919年，臺灣總督府醫學校改制為臺灣總督府醫學專門學校，學制為八年。
1922年，「臺灣總督府醫學校」和「臺灣總督府醫學專門學校」合併，仍稱臺灣總督府醫學專門學校，學制改為四年。
1927年臺灣總督府醫學專門學校改名為「臺灣總督府臺北醫學專門學校」
1928年，臺北帝國大學創校，創立之初並未設醫學部。
1936年，參與臺北帝國大學合併「臺灣總督府臺北醫學專門學校」的任務，任務完成則離職，繼續擔任赤十字臺灣支部病院的院長以及在台北帝國大學醫學部的講習。
堀內次雄博士不僅在台灣講授醫學51年(二戰結束，仍持續授課與看診，直到1947年發生228事件才離台)，他還推薦及贊助杜聰明前往京都帝國大學就讀博士班，原本堀內次雄博士還想為他爭取公費，可是杜聰明不願受到契約束縛，就放棄公費的機會，決定自費。可以說台灣第一位醫學博士的人生路上，堀內次雄博士可是舉足輕重。
1955年堀內次雄博士去世之時，杜聰明博士與其他堀內次雄博士的學生，一同在高雄醫學院舉辦追悼會，陳江山、楊金虎、王受祿、韓石泉與楊元翰等人皆有出席，並尊稱堀內次雄博士為「臺灣醫學界之父」。韓石泉發表悼詞〈悼堀內師〉：「堀內先生和一般日人不同……他教臺灣青年日語，而自己學習臺語，其偉大精神由此可見一斑。堀內先生門人多是當時民族運動先鋒，先生非不同情此項運動，深恐門人因此受虧，余亦受其勸告。當時曾對先生不滿，及今思之，始覺先生用心之苦，而處境之難也。」
