(一)輕處崔李和初年言官爭論:
明光宗去世不到三日，泰昌元年(1620)九月三日御史王安舜便上疏數列李可灼的罪狀，他認為光宗幾次召見群臣和履行典儀健康狀況看來皆不錯，怎麼可能生病十餘日便撒手人寰，認為可灼「敢以方外下吏，不參重論，自神其術...而敢以無方無製之藥，駕言金丹...」如此來路不明的藥方，甚至還被皇帝服用，當為最後的光宗駕崩負責。王安舜詫異於可灼竟未受任何嚴懲，反而還保有當天光宗的賞賜。熹宗對此的批示為:「李可灼當先帝病革，進藥不效，殊失敬慎，但亦臣子愛君之意，姑從輕罰俸一年。」如此輕縱，當然無法令群臣滿意。同日，御史鄭宗周亦上疏彈劾曾上藥的太監崔文昇，但因崔進藥較早，更無對於光宗死亡的直接關係根據，鄭宗周此疏幾乎是無的放矢，從未講明崔文昇罪狀，只說「即使無心，亦當寸斬以謝九廟」，天啟帝只好趕快對父親的死因作出澄清:「先帝自在青宮，宿疾未痊。又因連值大喪，哀思勞粹，以致前疾增劇。崔文昇專管醫藥，全未奏效，其進藥日期及藥方有無錯誤，著司禮監查明奏處。」光宗顯然亦認同父親遺言，認為光宗死因是因為任太子時宿疾未癒，加上年內接連大喪，對於精神和身體的雙重打擊才去世。我認為明代因父母死亡，執喪期間哀悔過禮死亡的案例所在多有，確實不無可能，但考量神宗和光宗父子情誼淡薄(長年未封長子朱常洛為太子，對其教育亦甚少關心)，如此死因不無疑問。但熹宗還是堅持此為主要死因，並下旨司禮監調查崔文昇的進藥紀錄。
九月八日，經過司禮監短暫調查後，崔文昇被革去司禮監秉筆太監這一最高太監頭銜，被改調至內官監這一總務單位賦閒。熹宗說明崔文昇當時負責管理光宗用藥，不應進獻來歷不明的的藥方，又全無功效，有「不忠之罪」因司禮監查無其他罪證，所以從輕降處。同時御史張潑和馮三元都不滿李可灼僅罰俸祿一年的輕縱，繼續要求朝廷處以極刑，但熹宗都未理睬。同日李可灼亦被熹宗勒令養病回籍，可能也是想藉由讓可灼返鄉，減少一眾言官對此案的關注。
十月二十四日御史傅宗皋再度上奏要求調查崔文昇和司禮監，認為其中定有「爪牙蟠結之奸」他直指其中有神宗寵妃鄭貴妃的參與，目的可能是殺害先帝，進一步提高其子福王的繼承帝位可能。熹宗不願擴大事端，再次說明光宗死因是「素有弱疾，嗣因皇祖(神宗)賓天，哀痛勞瘁過傷，以致醫藥無效。」熹宗還強調崔文昇的事已有處分了。
十二月二十一日，御史李希孔上疏陳言，其中再度要求重懲崔文昇。熹宗顯然不勝其擾，藉此下旨「崔文昇既屢經參論，降做淨軍，發去孝陵種菜。」淨軍是由宦官組成的護陵軍隊，孝陵是明太祖朱元璋的陵寢，通常是皇宮內鬥爭的失敗者的最終歸所。
至此，紅丸案的第一階段算是告一段落，之後整個天啟元年忙著應付遼東戰事，官員們注意力變暫時離開紅丸案，直到天啟二年起用的東林黨人，升任禮部尚書的孫慎行再度挑起爭端為止。
(二)孫慎行再度關注紅丸案，聲討方從哲和李可灼;
天啟二年(1622)四月一日，東林黨領袖(顧憲成已於1612年去世)，時已升任光祿寺少卿的高攀龍(1562-1626)上了〈為釋群疑、銷隱禍，以固人心疏〉，開了翻案紅丸案的第一槍。高攀龍此疏主要在攻擊鄭貴妃及其親屬，旁及崔文昇，指文昇為鄭氏黨羽，稱其「明以藥弒也。」熹宗看來之後，下旨斥責:「朕御極以來，宮府協心，禁廷安穩，外何由知，妄生猜疑，輒形章奏。...并崔文昇朕自裁處，不得牽扯生事。該部知道。」再次重申外廷部要妄自猜測宮內的不和和內鬥，同時警告高攀龍不要於此事上再牽扯生事。
四月十四日，剛就任禮部尚書的孫慎行(1565-1636)上〈為綱常大分宜明，弒逆顯形難掩，欲禦外寇須除內奸，欲息群囂須除大憝，懇乞明速铮典刑以圖社稷疏〉:
...覩邸報有鴻臚寺官李可灼進藥兩丸，乃原任大學士方從哲所進。..可灼非用藥官也，丸不知何藥物，皇考病症相宜與否?又不知何如?而乃敢突以進。《春秋》，許世子進藥于父，父卒。世子自傷與弒，不食死。《春秋》尚不少假，倂直書許世子弒君。然則從哲宜如何處焉，速劍自裁以謝皇考，義之上也。...而乃宴然傲然，含吾支辨，至滿朝攻可灼，僅票回籍調理，豈以己實荐灼，恐與同罪。...臣以為縱無弒之心，卻有弒之事；欲辭弒君之名，益難免弒之實。...方從哲連進紅藥兩丸，須臾帝崩，恐百口無能為天下萬世解矣。...伏乞皇上大奮乾剛..無怕忌諱，忌諱籍從哲所布置也。立下職奏，會九卿科道從公詳議。...
奉聖旨:舊臣方從哲，素稱忠慎。皇考彌留，李可灼進藥，原出聖意。卿言雖忠愛，然事係傳聞。倂進封、移宮等事，當日九卿科道官多所親見，據實會奏，以釋群疑。其李可灼輕易進藥，不能無罪，令並議以聞。
此疏代表了當時以東林黨人為主的清議對朝政和紅丸案的典型論點，將神宗末年的亂政、薩爾滸的失敗甚至光宗的駕崩，都歸咎於長期擔任首輔的方從哲身上。個人認為他們在抒發對於朝局不振的不滿，但又不便直接批評長期怠政的神宗，所以始終把矛頭指向方從哲。像是方從哲這推薦李可灼這事根本查無紀錄，方從哲的公開奏疏又都是提醒光宗謹慎用藥，孫慎行的信息來源恐仍是風聞居多。孫引用了《春秋》中許世子同樣因進藥，誤殺父親許悼公的例子來比擬，稱兩人為弒君，這個例子會在接下來的唇槍舌戰中反覆提到。孫慎行疏中還要求方、李兩人以死謝罪，末尾大概是知道不太可行，因此要求廷議公斷。熹宗的批文同樣有意思，如果孫慎行同樣是御史或給事中這類言官小臣，必定會受到嚴旨斥責，但因孫屬東林，本人同樣具清望和影響力，又是正二品大員，熹宗的初政倚賴他們穩定朝局，因此稱其言為「親愛」。天啟帝見許多人仍對移宮、紅丸二案抱有異議，同時朝中大員仍有許多人親身參與，當時權力的移轉過程，並下旨舉行廷議，並要求大小官員上奏當時所聞，以證明自己所言並非受到蒙蔽，而是有事實可參。
有趣的是，本就是北京本地人的方從哲看到孫慎行把自己打成大權奸兼弒君者，立刻上疏辯駁，極力主張當時有所作為。熹宗的回覆當然是好言安慰前首輔。接下來數個月，便是圍繞紅丸案，再次展開激烈的唇槍舌戰。
