一、孫慎行再論從哲和克纘的疏辯:
隨著黃克纘為方從哲辯護，孫慎行再度上奏反駁二人，認為光宗「隨藥而崩，非藥之故乎?」直接肯定隔日光宗去世錠與紅丸有關連，而命李可灼「回籍調理」也被說成是方從哲輕縱嫌犯。黃克纘說「閣臣實未嘗史可灼進藥」慎行也不相信，認為深宮中的光宗若非有人引薦，怎可知道李可灼其人有藥欲獻，方、黃二人顯然包庇串通，要求熹宗將兩人奏疏一併會議。
五、六月間給事中薛文周兩度上疏附和孫慎行，主張引薦李可灼者便是前首輔方從哲，他並無提出證據，文周只稱「此天下臣民所共聞也」認為黃克纘與方從哲為一丘之貉，要求對克纘處以極刑。引得黃克纘接連上疏乞求退休。
六月二十六日黃克纘反駁薛文周，並從《春秋經》和其《公羊傳》的書法反駁弒君之說，足見其經學造詣(然而《明熹宗實錄》中刪減甚多，全本還需參看《三朝要典》所錄全文):
文周主禮臣(孫慎行)之說，引許世子不嘗藥以弒君罪。臣竊謂其欲附于忠而返陷于不忠者...凡《春秋》書法外國君見弒，則直書某弒其君，如宋督弒其君與夷，齊無知弒其君諸兒是也!內君見弒則諱其事，而但書薨，不書地，不書葬。如魯隱公見弒於子翬，而書曰「冬十一月壬辰，公薨。」...夫君弒不書，正以臣子所不忍言，胡安國謂示臣子于君父有隱蔽其惡之禮，不書地示臣子于君父有不沒其實之忠，不書葬示臣子于君父有討賊復讐之義。夫魯君果弒于其臣，孔子猶且諱之，況非被弒而可強名以弒乎?..其書於傳(左傳)曰:夏許悼公瘧，五月戊辰飲世子旨之藥卒。夫瘧非速死之疾，藥出於世子之手而卒，即在飲藥之日，據事直書，止將何以自解?然《公羊傳》又曰:「許世子止弒其君買」是君子之聽止也，「葬許悼公」是君子之赦止也，猶以用藥偶誤得從末減。今李可灼進藥罔效，不無僥倖嘗試之罪。而先帝疾革呼問，自其急迫求生之心，而必欲以人臣之不嘗藥，概坐為弒，則在宮在官，人人可論矣!...臣于李可灼明言其輕易進藥，無所逃罪，何嘗有所私庇?...敕九卿科道中有經誼學術者具議，以聽聖裁。
得旨:卿據見具揭，以備會奏，心跡自明，朕以悉知。
黃克纘此疏可謂操戈入室，許世子典故被孫慎行用來形容李可灼弒君，因為《春秋經》雖知許世子無意，仍舊記為弒君，可見進藥不慎應負大罪。但黃克纘巧妙使用胡安國傳和《公羊傳》的說法，主張孔子雖然將弒君罪歸於許世子，但原其本無弒意，在記載中已經原諒了許世子。而且光宗真正的死因也未必真由於李可灼的紅丸，儘管因為光宗隔天即去世，可灼嫌疑極大，自然應負責，但與方從哲等人並無關係，黃克纘也只是如實陳述當日經過而已。熹宗在批覆中表明信任黃克纘，讓他不用理會其他人的攻擊。但我懷疑皇帝可能不懂其中之學術交鋒，不然也應當稱讚克纘的經術精湛才是。
二、大學士韓爌的陳述和諸臣會議結果:
六月二十八日，當日同為顧命大臣的韓爌也陳述當時的見聞，觀察到即位不久的光宗，於八月中旬便有面容消瘦的情況。他與方從哲確實有得知李可灼想進藥，但都認為不妥而回絕。八月二十九日當天光宗交代群臣後事，自行要求李可灼進藥，他與眾人也始終沒有答應。大致與黃克纘和方從哲所述相同。熹宗也肯定韓爌所述為真。
吏部尚書張問達同為當日見證人，卻始終未上疏，一直等待其他官員會奏，才聯同戶部尚書汪應蛟上疏，但仍無特殊見解，有些首鼠兩端之意，甚至暗暗責備前首輔方從哲未能據理力爭反對進藥，儘管當時在場眾人亦無明言反對。結尾還是訴求崔文昇和李可灼進藥不慎，與光宗的死因關係匪淺，要求重懲。熹宗原先指望當日顧命諸臣能依照事實壓制紛議，沒想到其中的張問達還是投靠輿論，幾乎承認方從哲的責任，還要嚴懲崔、李二人，光宗儼然成為一眾奸人密謀的犧牲品，然而面對眾人意見，他也只好妥協:
皇考違豫原因虛弱，朕與各官親聞聖諭，其進藥亦只求安好，各官並無人阻止。但李可灼素不知醫，希圖僥倖，委應重處。舊輔方從哲票擬失於太輕，然心跡自明。朕念兩朝舊臣，輔政歲久，事関國體，不必苛求。其李可灼著撫按官拏觧法司究問正罪，雀文昇仍發遣南京。此事紛紜多日，今處分已定，以後大小臣工，但平心和氣，各修聀業，共濟時艰，不得牽纏瀆奏，再生事端。
熹宗還是不追究方從哲的責任，也明說光宗「進藥亦只求安好，各官並無人阻止。」隱含如要究責，當日在場官員皆有責任；如要究責，豈可只究前首輔方從哲一人?但為了對清流派官員有所交代，還是下令將李可灼交由刑部審問。最後熹宗表達此案希望就此了結，不要再有人企圖藉此生事，以博取虛名了。
