皮膚的顏色由黑色素（melanin）主導，而黑色素是由黑色素細胞（melanocytes）合成，並分布於皮膚表皮的基底層，當然肛門的皮膚也不例外。但肛門附近的皮膚與一般臉上、手臂上、大腿上的皮膚比起來，需要經歷了更多的磨難，例如頻繁的摩擦、緊身衣物的擠壓，以及持續的悶熱潮濕環境，這些都會刺激皮膚的黑色素細胞分泌更多的黑色素，導致該區域的皮膚顏色較深。事實上，這些現象在其他的皮膚部位也是頻繁可見，例如，手肘的關節皺褶處的皮膚就是因為經常彎曲，反覆的受到機械性摩擦而顏色暗沉。至於腋下、腹股溝等，則是因為持續的悶熱潮濕導致顏色膚色與手臂有所差距。
皮膚厚度與血流供應
肛門周圍的皮膚厚度約為1.5至2.0公釐，對比於眼瞼皮膚的平均厚度約為0.5公釐，肛門的皮膚厚了不少。肛門皮膚較厚的原因是為了抵抗排便時的摩擦和壓力，同時保護肛門結構。為了供應肛門括約肌的正常工作，肛門周圍皮膚和黏膜下方的血管分布也比較密集，這種豐富的血液供應會使皮膚顯現出更多的紅色或褐色調，特別是在排便時，肛門部位的充血，會使得膚色顏色更加明顯。
反覆刺激與慢性發炎
肛門皮膚經常受到排便過程中的機械性刺激，尤其是有便秘的現象。這些刺激摩擦會反覆的引發肛門皮膚局部脫皮、破皮、輕微發炎，最後導致慢性炎症反應。這會使得肛門處的皮膚細胞增生和角質層增厚，這些變化同樣會使皮膚顏色變深。反覆的微小損傷或細菌感染也會促進色素沉著的產生。
如果有頻繁的肛門破皮、皮膚損傷、局部出血的病史，或伴隨慢性靜脈功能不全等不良因素，則有可能進一步出現與血液滲出相關的色素沉著斑痕。這是一種當皮膚或黏膜破損並且伴隨局部出血時，紅血球中的血紅素會釋放出內含的鐵質，形成含鐵的色素，例如含鐵血黃素（hemosiderin）。這些色素會沉積在受損區域，導致局部皮膚呈現暗色斑痕。
在更嚴重的情況下，皮膚可能會形成瘢痕。當皮膚深層組織受損時，身體會通過膠原蛋白纖維的增生來修復損傷，這些纖維會形成結締組織，導致瘢痕的產生。瘢痕是身體修復創傷的自然過程，但瘢痕組織與正常皮膚不同，缺乏彈性和功能，且纖維排列更加緊密，通常也無法像正常皮膚那樣有效排汗或調節溫度。
遺傳因素
個體之間的遺傳差異也會影響皮膚顏色的分布。有些人天生就容易在摩擦部位沉積更多的色素，而有些人的皮膚即便受到相同程度的刺激，顏色變化也不會那麼明顯。這種遺傳因素在各種族群體之間更是明顯，一般來說，深色皮膚的人群更容易出現肛門區域的色素沉著。
激素作用
激素的變化對色素沉著也有顯著影響。以黃體激素和雄性激素為例，當這些激素的濃度變化時，會促進黑色素細胞活動，導致色素增加。這種現象在女性懷孕期間相當常見，經常會出現肛門、乳暈、腹中線等皮膚顏色變深，又被稱為「妊娠性黑皮症」。隨著年齡增長，內分泌系統的變化，例如，更年期內分泌波動，也會影響色素沉著。一般來說，年長者的皮膚色素沉著問題相較於年輕時期會更加明顯。
總結來說，儘管曬太陽確實是會增加黑色素的生成，但黑色素的生成並不僅僅只有紫外線暴露一種途徑。在肛門這類並不直接暴露於陽光的皮膚，摩擦、壓力、潮濕、發炎、老化，都能誘導黑色素細胞活化或色素沉著，進而使肛門的皮膚變得更深色。
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