根據該廟之《三藍祖師聖蹟沿史》記載，祖師公係一商人陳宏明在百餘年前至漳州經商所迎回，先在鹿港登陸，後移駕芳苑，最後於1984年在二林建廟，例祭日是農曆元月六日，每隔一段時間會至社頭清水巖和三峽祖師廟進香。
二林鎮志對於三藍祖師至清水祖師廟進香一事感到好奇，認為兩者相貌與事蹟皆不相同，為何有此進香活動？不曉得鎮志作者是否懷疑兩神之間有所關聯呢？
廟中有一方碑記記載著祖師爺事蹟，言祖師乃宋徽宗時杭州人，自幼博學且喜愛禮佛，十六歲時跋山涉水遍訪名師，在五臺山被佛祖收為弟子，圓寂後在天庭修行一百二十年，被玉皇大帝封為二祖師，字三藍。
祖師於明朝時下凡救世，遇一劊子手汪弄，祖師認為其極具慧根，每當汪弄行惡時，便顯聖予以教化，汪弄最終改過從善，並傾其積蓄，依據夢中所見之祖師形象，恭雕三藍祖師金身，終身奉祀，汪弄過世後，玉帝准其隨侍祖師左右。
惜汪弄所留下之金身反倒無人膜拜，廢棄多年，直至清朝時打狗商人陳宏明至漳州經商迎請來臺。該信仰便傳入臺灣。
不過該碑記特地註明這事蹟是乩身所傳，其實臺灣許多神明事蹟乃出自乩身之口，但少有如三藍宮碑記特地註明其由來，看來撰文者是個嚴謹之人。
