VCF是用來看基因變異的資料格式，在這篇文章中會和大家分享如何閱讀VCF。
以下是VCF的範例，我們可以將資料分為兩部分閱讀:
紅線以上的部分為Meta-information；紅線以下的部分則為存有Genotype訊息的Data。
Meta-information
以##為開頭，告訴我們這份資料基本的訊息，像是第1列顯示的是VCF的版本 (此版本為VCFv4.2)，其他列則告訴我們一些簡寫所代表的意思，如第7列告訴我們NS是指"Number of Samples With Data"，了解這些簡寫也方便我們閱讀後續的資料。
Data
是我們主要要看的資訊，以下為各個簡寫代表的意義。
CHROM: 代表第幾條染色體
POS: 在哪個位置
ID: 參考序列的ID (Reference SNP)
REF: 參考鹼基
ALT: 替換的鹼基
QUAL: 變異品質分數，評估變異的可靠性
FILTER: 是否通過篩選條件
INFO: 額外的訊息
現在我們可以試著閱讀第一筆資料，從這筆資料中我們可以看到這是位在
第20條染色體，14370的位置，參考序列為rs6054257，參考鹼基為G，ALT為A，QUAL為29，並通過了FILTER。
在INFO中比較重要的資訊，NS = 3 表示有3個samples，DP為Combined depth across samples，AF為Allele frequency。
Genotype的部分要看GT，0表示REF相同，1表示ALT。第一個sample NA00001的GT為0|0，所以其Genotype是GG同型合子；NA00002的GT為1|0，其Genotype為AG異型合子。
詳情可以參考這份檔案
https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf
