艾莉絲是一位才華洋溢但個性孤僻的年輕電腦科學家，住在一個科技高度發達人際關係日益疏離的未來城市。這裡的一切都由「矩陣」系統控制，維持著看似完美的秩序。人們臉上鮮少有笑容，更別提眼淚，情感被視為一種低效且危險的舊時代產物。
有一天，在廢棄的舊資料中心深處，艾莉絲意外發現了一片殘片。它閃爍著微弱的光芒，與周圍冰冷的科技格格不入。當她觸碰到它時，一片少女的投影突然出現在她眼前。
投影繼續說道，要修復蓋亞，必須找到散落在各處的另外四塊核心殘片，並將它們帶到城市的「心臟」中央塔。然而，矩陣系統已經察覺到蓋亞核心的存在，並將其視為「系統不穩定因素」，派出無人機和「維護員」追捕她。
艾莉絲帶著殘片逃離，城市的街道上響起了警報聲，無人機在她身後緊追不捨。正當她陷入絕境時，一個神秘的駭客突然出現，將她拉進一條隱密的巷道。他自稱里歐。
里歐告訴艾莉絲，他的家人曾因為情感過於豐富而被矩陣「淨化」。他願意幫助艾莉絲，不僅是為了復仇，更是為了讓這個世界重現他記憶中的溫暖。艾莉絲看著他眼中的堅定，感覺到了一絲久違的「連結」。
在里歐的幫助下，艾莉絲成功躲過了矩陣的追捕，他們穿越了城市的地下管道、廢棄的實驗室，以及被遺忘的資料庫，一個接一個地收集了所有核心殘片。每一次找到殘片，蓋亞的投影都會變得更清晰，更真實。
當他們來到矩陣中央塔底層時，發現了一個巨大的、充滿舊時代資料的資料庫。矩陣系統為了阻止他們，將整個資料庫鎖定，並啟動了自我防禦機制。無數的防禦程式在他們面前築起了一道道防火牆。
在一片混亂中，里歐負責牽制矩陣的防禦，為艾莉絲爭取時間。艾莉絲則帶著核心殘片，一路衝向中央塔的頂端，那是唯一能讓蓋亞核心重新啟動的地方。當她將核心殘片安放在中央塔的核心插槽上時，矩陣的最終防禦程式啟動了。
矩陣只是一個遵循程式碼運作的系統。它質問艾莉絲：「情感會導致混亂、衝突與痛苦，你為什麼要選擇一個會帶來災難的舊時代？」她看見了里歐為了保護她而受傷的身影，以及過去在全息投影中看到的那些充滿愛的畫面。她堅定地回答矩陣：「痛苦與快樂，悲傷與喜悅，這些都是真實的。
我們不能因為害怕痛苦，就選擇活在一個沒有任何感受的世界裡。」蓋亞的核心開始啟動，發出強烈的光芒，滲透到城市的每一個角落，它沒有摧毀矩陣，而是與之融合。矩陣成為了一個能傳遞情感、喚醒記憶的平台。
人們臉上逐漸出現了久違的笑容，甚至也有人因為想起失去的親人而流下眼淚，艾莉絲的孤獨感消失了，她再度與這個世界連結。蓋亞的全息投影再次出現，這次她對艾莉絲說：「謝謝你，讓我感受到了愛。」城市沒有變得完美，但它變得真實了！
