全民健保開辦以來支付制度依照不同疾病型態與政策目的，在執行中的有前篇提到的論量計酬、總額支付制度，另外還有這篇與下篇要介紹的論質計酬、論病例計酬、論人計酬以及論日計酬。
1995年，全民健保開辦，採用論量計酬的方式支付醫療費用，給付的高低取決於服務量的多寡，而導致出現了許多議題，如：健保財務虧損、醫療照護品質參差不齊、醫療浪費等等，因此而發展出論質計酬(Pay for Performance)的支付方式。也就是說，將財務的誘因和醫療服務品質連結，醫療服務提供者提供了高品質的醫療服務，保險人也會提供較高的給付，鼓勵醫療院所提供更有品質的服務，而非一昧追求服務量。
2001年開始，鎖定子宮頸癌、乳癌、肺結核、糖尿病、氣喘五項疾病實施試辦計畫，像我們耳熟能詳的「早期發現、早期治療」就是源自於子宮頸癌的論質計酬試辦方案，而肺結核與乳癌的試辦方案則是期待醫療服務提供者能夠發展出「正確治療，提升治療品質」的概念，最後在糖尿病與氣喘的方案中，重點在於希望醫療院所提供「完整且持續的管理照護」。 論質計酬支付制度強調「為民眾購買健康，把醫療資源花在疾病早期、連續性照護以及主動追蹤」的個案管理概念，同時期待可以提供給個案高品質的照護與完整治療。
因為醫療支付仍然是以論量計酬為主體，醫療有病房滿床、急診等不到病床的狀況，起因是台灣的醫療相對便宜，看病、住院、急診都相對方便，且醫療院所也有收入的需求，因此住院天數和醫療費用都逐漸偏離「正軌」，如何「有效降低住院天數」和「降低醫療資源不必要的耗用」也變成了很重要的議題。
2010年，健保局推動論病例計酬(Case payment)的支付方式，也就是住院診斷關聯群支付制度(Tw-DRGs)，目前運用在住院的病患，支付方式是以住院病患的診斷、處置、年齡、性別、病況以及出院狀況等條件，將病患分為不同的群組，再依照各群組醫療資源使用的情況訂定各群組不同的支付點數。也就是說，論病例計酬方案的病患，從入院開始，無論做了什麼處置或檢查，都跟費用無關，它只有一個固定的價格，就是依照上述方法歸類的群組的定價。
論病例計酬方案的實施，等於是保險人給醫療服務提供者訂定一個價格，無論醫療服務提供者做得多或少都是一致的給付，限縮醫療服務提供者無所顧忌的耗用醫療資源，試圖改變「做越多、賺越多」的行為模式，期許醫療院所能夠減少不必要的檢查、不必要的用藥，以及適度的調整住院天數。在實務上，鼓勵醫療院所發展臨床路徑(Clinical Pathway)，以達到同群組、同質性高的病患，能夠有標準化(SOP)的治療流程，提高照護品質及效率。
然而，醫療無法簡單歸類一致，儘管是相同的疾病也因為病患個人特質或疾病發展而有不同的嚴重程度，結果就是同樣的疾病同樣的給付，但如果收到好醫治的病患，就可以得到給付扣除成本的收益，但如果遇到耗用高的病患，醫療院所就需要自行吸收虧損，容易導致醫療院所「挑選」不會虧損的病患。另外，也有醫療院所會依照Tw-DRGs的歸類邏輯調整病歷內容以擇優申報，將病患分類至有利的群組，以賺取給付的收益。Tw-DRGs的實施在醫界仍有許多討論，原訂2016年全面上線的計畫也一再推遲，目前只實施到第二階段。
