每年的五月，均為所得稅結算申報的重要時點，對於診所而言，也須先完成診所的執行業務所得結算之後，才能將所得金額，併入合夥醫師的個人綜所稅之內，再完成個人綜所稅的申報。大致上，一般診所的結算，有兩大類的申報方式：採行財政部頒定的費用率結算，或採行帳載核實數結算。
前者的申報方式，相對比較簡易，只要掌握各項收入來源，填打收入明細之後，即可利用財政部所頒定的費用率，直接扣除估計的費用之後，結算診所的當年度執業所得；但若採行後者申報方式的話，所需填寫的申報資料相對比較多，包含：收入明細表、薪資調查表、財產目錄、所得損益表...等，故申報程序相對比較複雜。
然而，再完成診所的執行業務所得結算申報時，都需要再留意一下，申報資訊是否核對正確，畢竟，診所每年申報的稅賦，至少包含：印花稅、各類所得扣繳，以及執行業務所得結算，再連動到出資醫師的個人綜所稅，故未避免產生申報上的資訊異常，仍需自我檢視一下，相關申報資訊是否可以彼此勾稽。
一、採行財政部頒定費用率申報
若採行部頒費用率結算申報的話，至少須核對：
(一)診所的收入明細表加總數，是否與有扣繳憑單的收入軌跡、無扣繳憑單的收入資訊加總一致，特別是後者，較容易產生漏未申報的疏失。
(二)若診所的印花稅，是以總繳方式申報繳納的話，也需再核對一次各期印花稅申報加總數，是否可核至收入明細表中的執行業務收入一致。
(三)診所盈餘分配表資訊，是否與診所合夥合約一致。
(四)診所完成執行業務所得結算後的分配數，是否與出資醫師個人綜所稅的執業所得申報資訊一致。
二、採行帳載核實數申報
若採行帳載核實數結算申報的話，至少也須核對：
(一)診所的收入明細表加總數，是否與扣繳憑單的收入、無扣繳憑單的收入加總一致；仍須留意後者，是否據實申報。
(二)若診所印花稅，乃以總繳方式申報繳納的話，需再核對一次各期印花稅申報加總數，是否可核至收入明細表一致。
(三)薪資調查表的明細，是否核至與一月各類所得扣繳申報總表內的薪資加總數一致，若有留存薪資扣繳憑單，亦可再核對一次。
(四)所得損益計算表中的租金費用、複委託費、勞務費、捐贈，是否核至一月各類所得扣繳申報總表。
(五)所得損益計算表中，自行調整後金額，是否已將超過限額的費用剔除。
(六)財產目錄的折舊費用明細加總，是否核至所得損益計算表的折舊費用一致。
(七)診所盈餘分配表資訊，是否核至診所合夥合約一致。
(八)診所完成執行業務所得結算後的分配數，是否與出資醫師個人綜所稅的執業所得申報資訊一致。
原則上，診所須先完成結算申報，才併入出資醫師個人綜所稅之內，故在完成診所結算之前，先核對一下申報資訊是否可以彼此勾稽，方可避免申報上的錯誤。
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