醫師在台灣，是一個很多人崇拜及羡慕的行業，收入高、名聲也好，家裡有人當醫生，通常日子過得都還不錯。
但是，收入高相對付出的心力也很多，常常聽到醫師過勞的新聞，工時長壓力大，賺了錢沒時間花…今天要聊的是，醫師如何報稅?醫師收入是所得稅法中的執行業務所得，也就是靠自己技藝維生的人賺取的所得，跟律師、會計師、藥師等…相同。
一、醫師執行業務所得申報方式
(一)、依帳載記錄核實認列(通知查帳)
(二)、按書面審核率核定(各科別不同比率)
(三)、按前三平均純益率核定
(四)、未設帳者，依財政部頒訂標準核定
二、執行業務所得計算
所得=收入-成本-費用，一般而言，醫療院所所得有下列幾種
(一)、收入-成本
1、健保所得：收入-成本
(1)、收入：健保局開立扣繳憑單金額
(2)、成本：核定點數78%-追扣款*78%
2、掛號及部份負擔所得：
(1)、(掛號費+部份負擔)*22%
(2)、人次*項目金額
3、自費所得：總收入*(1-費用率40%)
4、駐診所得：實際折帳收入*(1-費用率20%)
(二)、費用：重要費用認列原則說明
1、交際費：3%限額
2、職工福利：2%限額
三、國稅局查核重點
(一)、合夥拆帳異常
(二)、運用藥局異常：例如門前藥局
(三)、實地訪查異常：依地點、面積、聘僱人數、看診人數，來推算收入合理性
(四)、資金流程異常：所得低，銀行存款大增(含二親等)
(五)、醫療收據勾稽異常
(六)、員工檢舉
(七)、捐款給基金會
(八)、購買儀器
(九)、醫師薪資以多報少
(十)、利用負責人個人帳戶隱匿業務收入
(十一)、自費收入短報
(十二)、虛列成本費用，例如：旅費…
四、其他
(一)、盈虧互抵：
1、台財稅第0890454042號函
夫妻執行2個以上專門職業有虧損部分得適用盈虧互抵之條件
綜合所得稅納稅義務人及其配偶執行兩個以上專門職業之業務，其中經核定有虧損者，得自同一年度經核定之執行業務所得中減除。惟以執行業務者所執行專門職業之業務均依執行業務所得查核辦法第8條前段，於規定期限內辦理結算申報並能提供證明所得額之帳簿、文據調查，經稽徵機關依帳載核實認定之所得及虧損為限。
2、台財稅第0900454363號函
與人合夥經營兩家醫療院所其依比例核定分配之盈虧可互抵
按本部89年8月3日台財稅第0890454042號函規定，納稅義務人及其配偶因執行兩個以上專門職業之業務，依損益分配比例核定之虧損，得自核定分配之盈餘中減除，以其餘額為執行業務所得，亦即以個人而非以事業體為盈虧互抵之主體。是個人與他人合夥經營兩家醫療院所，不論該二家醫院之合夥人與損益分配比例是否相同，其依損益分配比例核定分配之盈虧，均可適用上開函規定辦理。
