診所結算申報的方式，分為依財政部頒定的費用率(下稱：部頒費用率)，以及依帳載核實數，兩大類方式可進行執行業務所得的結算；診所若是採行部頒費用率申報的話，程序比較簡單，只須確定診所的年度執行業務收入金額，即可依費用比率，直接計算執行業務所得。
但，如果診所採行依帳載核實數的方式申報，除了需要預先準備相關申報資料之外，尚須填寫【損益計算表】，而填寫該表時，須留意以下幾個容易肇生疏失的關鍵，包含：
一、薪資費用
獨資診所負責人不能認列薪資費用；聯合診所的合夥人，則須依據合約個別認列薪資費用。
二、伙食費
無論是獨資診所負責人，還是聯合診所的合夥人，均不能認列伙食費。員工伙食費雖可以認列，但逾限額時，須轉列薪資。
三、租金支出
唯獨須留意，獨資診所負責人，將自有房屋出租供診所使用時，不得認列租金支出。
四、折舊限制
容易申報錯誤的，是醫療用機器設備的折舊年限；一般事務機器的折舊年限為五年；醫療用機器設備的折舊年限，則為七年，若以五年折舊，費用將違法高列。
五、費用限額
交際費、職工福利均有限額，須依法於申報時剔除或調整。
六、費用支出均需與執行業務收入相關
這點是非常重要的，各項費用支出，均須與診所的執行業務相關，始可認列，若非診所使用之差旅費、顧問費、交際費、書報雜誌、車輛租賃...等費用，都不能予以認列抵稅。
七、需再次核對各類所得扣繳申報書資訊的費用
包含：租金支出、複委託費、勞務費、薪資費用，都需要再次與各類所得扣繳申報資訊核對一次。
由於帳載核實數的申報方式，雖較為符合診所真實營運的結果，但亦是一項相對複雜的申報方式。
參考資料：
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