軍機處的前身是南書房。這本來是皇帝學習的地方，康熙帝順勢親自選拔翰林學士在此當值，以「南書房行走」職銜，充當皇帝的智囊，形成君臣密議朝政的模式。
雍正帝正式設置軍機處。當時對西北用兵，雍正帝為了迅速部署及確保機密，於是於隆宗門側設置軍機處，委任親信進入辦事，隨時召見他們商討政務。從制度而言，清承明制，不設宰相，由君主直接統管六部，但皇帝不可能單靠一人處理全國政務，從實際運作，皇帝是透過軍機處管理政務，軍機處成為決策的中樞。
為甚麼軍機處被視為君主集權的象徵，甚至稱為「君主極權」？原因之一，軍機處不是一個正式的官署，內部沒有固定的官員人數，軍機大臣的數目，少至數人，多至十數人，而且各有本職，都屬於兼任，由皇帝隨心意任免和調動。對外不能直接指揮內閣，與六部也沒有從屬的關係，換言之，軍機處的權力來源在於皇帝而不在於制度。
原因之二，軍機處的運作是配合密摺制度的，軍政處以「廷寄」方式，諭旨直接向相關官員發出，不需要經過內閣，而且應用於中央與地方大臣，換言之，地方官員領承皇帝意旨，朝廷大臣可以毫不知情。換言之，軍機處強調機密性，仿似每位官員都直接向皇帝負責，建立了秘密政治的氛圍。
原因之三，軍機處組織簡單，沒有固定的規模，只有軍機大臣和軍機章京，但他們沒有明確的責權，領班也沒有絕對的統領角色，難以獨攬大權。軍機處即使如何取得皇帝的信任，其角色始終是皇帝的顧問，沒有主動籌劃政務的權力，只是秉承皇帝的意旨辦事，沒有決策權。皇帝在軍機處的協助下，展現君權更顯得心應手。
軍機處的設立代表皇權的膨漲，代表君主集權的政治模式，這觀點似乎沒有太大爭議。但評論軍機處與君權的關係時，有兩項是值得留意的。
其一，清承明制，清初是採取當時已存在的政治模式。自明太祖廢除宰相，皇帝成為政府首長，六部直接向皇帝負責。明代設立內閣輔助皇帝施政，清初為何在內閣之上再設一個軍機處？主要目的是擺脫議政王大臣。
議政王大臣是滿清入關前的政治模式，他們不但參與重大決策，甚至影響皇位的繼任人選，順治及康熙登位都先經過他們的同意。軍機處代表融入漢制，架空議政王大臣的功能，把皇權歸於皇帝手上。至於內閣被弱化，只是軍機處運作過程的結果。
其二，在記誦軍機處如何助長君主集權時，又該如何理解君主「集權」，甚或「極權」？在今日民主制度下，「集權」是負面標籤，但從學習歷史的角度，「集權」相對於「旁落」「割據」，是一種古代政治運作的模式。
換言之，「集權」與「昏君」「暴君」沒有必然的因果關係。清初設置軍機處，強化君權，不是指皇帝從此任意妄為，這與清朝皇帝的形象也不吻合。君主集權是指決策的過程，除了皇帝，沒有其他的法定決策機構，皇帝是國家政策的唯一決策人。換言之，軍機大臣在決策的過程中舉足輕重，形如宰相，卻不是宰相。
