台灣目前的「司法權」由司法院領導，司法院有15名大法官，包含司法院正副院長。15名大法官組成憲法法庭職司憲法解釋以及其他國事案件，司法院正副院長領導司法院，而司法院內有民事廳等司法行政的廳處。另外並設有最高法院、最高行政法院以及各級法院。從功能上來看，目前司法權的功能可以分成大法官負責的「憲法解釋」與「國事案件」（例如彈劾總統跟政黨違憲解散）、各級法院負責的「民事、刑事、及行政等審判」以及司法院本部廳處負責的「司法行政」（包含法院行政的人事考核、預算、行政命令規則的制定等等）。
有些國家將司法行政交由最高法院領導的司法行政部或審判行政部來管理（例如韓國），有些國家則是由最高法院扛起審判行政（例如美國）。憲法法院多半專責憲法解釋與國事案件，不會兼辦司法行政。台灣司法院這種「司法行政部」兼「憲法法院」的制度，可說是獨步全球，不過司法行政給普通法院或憲法法院來管，似乎也只是制度選擇的問題（雖然只有我們這樣選）。我國憲法制定之初，所模倣者應是美國的最高法院，將司法權通通交由司法院處理。只是行憲沒幾個月，便在最高法院與行政法院的反對之下喊停，以一紙行政命令讓這兩個審判機關獨立存在（當然在文義解釋上這的確有合憲空間存在）。而司法行政與憲法法院兩種職能並存於司法院，也讓普通法院與憲法法院的關係變得更為複雜。
如果要依照制憲者原意，最簡單的方法就是把司法院、最高法院、最高行政法院全部併在一起，由大法官擔任所有案件的終審法官，並且管理負責司法行政的各廳處。但這需要進一步改變既有訴訟制度，否則依照現在的制度不可能由15名大法官負責所有的終審案件。
另外一個可以思考的模式，就是修憲把憲法法院跟司法行政分開，憲法法院就專心負責憲法解釋跟國事案件，好好維護憲法的權力分立。民事、刑事、與行政的審判業務與司法行政就交給最高法院，看是要由最高法院直接領導原司法院廳處、另外在最高法院下設立司法行政部（例如韓國）、或是另外成立最高法院院長為主席的國家司法委員會（例如巴西），都是可以思考的方向。
當然，如果我們將普通法院與憲法法院分立，接下來可以思考的是最高法院的法官是不是可以像韓國一樣也由總統提名經國會同意？韓國就是採取這個制度，而司法行政由最高法院首席法官指定一名最高法院法官擔任首長，讓經過政治任命的法官職掌 司法行政，也讓司法獨立之餘多了一份民主正當性。至於審判專業性乃至多元性等不同需求，則可以在最高法院法官的資格當中來規範。
一個不用煩心司法行政事務的憲法法院，應該更有餘裕去好好擔任憲法的守護者吧。
