很多政府部門有相對應的補助款，像是經濟部、文化部、教育部…等，中小企業較常見的補助SBIR，即歸屬於經濟部管轄。
補助款是否免稅視補助款性質與合約內容而定，所以合約一定要看得非常清楚，這點很重要!需考量的稅負分別有營業稅、所得稅兩種，以下分別針對營業稅、所得稅的判斷快速介紹。
營業稅
首先，營業稅是針對銷售貨物或勞務的行為課稅，因此課徵的對象不限於營利事業，也包括非營利的教育、文化、公益、慈善機關或團體，因為非營利的機關團體可能也會有銷售行為，就會因此需要申報繳納營業稅。
免稅
既然營業稅是針對銷售貨物或勞務的行為課稅，那麼如果單位只是配合政府推行的政策，而取得政府的無條件補助，並沒有為了要取得政府補助款而提供相對代價(銷售貨物或勞務)，這筆補助款就是免營業稅的。
案例1：疫情補助是政府推行政策所給予的無條件補助，受補助者不用提供相對代價，因此是免營業稅的。
應稅
相反的，如果需要提供相對代價(銷售貨物或勞務)而收受的補助款，則需要申報繳納營業稅。公司行號須申報401表(應稅營業人)或403表(兼營免稅營業人)，機關團體須申報407表。
案例2：農政機關為輔助學童飲用牛乳，發給A公司學童飲用牛乳補助款項，A公司需要提供牛乳給學童飲用，此時補助款項屬於丁公司的銷貨收入，等於有提供相對代價(銷售貨物)，所以也應依法開立統一發票報繳營業稅。
所得稅
談完了營業稅，接下來談所得稅。所得稅顧名思義是針對所得課稅，有所得才有所得稅的問題。
實報實銷
如果是實報實銷的補助款，理論上是沒有所得的，但這僅限於以核實課稅方式(查帳、會計師簽證)申報營所稅適用。
案例3：為了進行一個符合政府補助款的專案，單位支出了100萬的費用，並且檢附這100萬的合法憑證，向政府實報實銷了100萬，支出了100萬再回收100萬，並沒有產生所得，所以也就沒有所得稅。
需要注意的是，雖然實質上免稅，但這筆100萬收入與100萬費用，一樣要計入營所稅申報書，向國稅局申報。
注意!
如果屬於實報實銷的補助款，且申報營所稅是採用推計課稅方式(書審、所得額、同業利潤標準)，則這筆補助款一樣要計入業外收入課稅!
總額補助
另一種情況則是總額補助，不論單位因為這個補助專案付出多少成本，政府固定補助一個固定的金額，那麼這個金額就是所得，須納入計算所得稅。
案例4：假設與案例3一樣的狀況，差別只是這個專案不是實報實銷的，而是政府總額補助，補助款是一筆固定金額，那麼這筆補助款就必須要課徵所得稅。
例外免稅
如果總額補助要計入所得課稅，那麼疫情補助是不是應該要課所得稅呢?
當然，原則上總額補助應該要課所得稅，但疫情補助屬於極為特殊的狀況，依照嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例的規定，依此條例自政府領取之各項補助免納所得稅，因此屬於例外免稅的特殊情況。隨著疫情的減緩，此條例已於112年7月1日廢止，當然也就沒有免稅的適用了。
重點回顧
補助款是否免稅視補助款性質與合約內容而定，需考量的稅負分別有營業稅、所得稅兩種，以下整理的表格供大家參考。
