癌症病人開始標靶治療的前、中、後，需依循一套完整的醫療程序，不同癌種、藥物和健保規範會有差異，但核心步驟大致一致，可歸納成7個階段，以確保治療安全且有效。
第1步：確認癌症診斷與分期
所有治療的第一步，都是明確診斷。醫師會透過影像檢查（例如電腦斷層、磁振造影）、病理切片及相關檢驗，確認癌症的種類、位置與期別。這一步極為重要，因為不同癌症類型和分期，適合的治療方式並不相同，並非所有癌症都適合使用標靶治療。第2步：評估是否適合標靶治療
確診後，醫師會依癌症種類、病情進展、過往治療史以及病人的整體健康狀況，初步評估是否有機會使用標靶藥物。如果治療指引與臨床經驗顯示標靶治療可能對該癌症有效，才會進入下一階段的檢測程序。
第3步：進行基因或分子檢測
標靶藥物生效的大前提，是必須「有靶心可打」。因此，病人需要接受基因或分子檢測，以確認腫瘤細胞是否帶有特定的基因突變或異常蛋白質表現。檢體來源可能是腫瘤取樣切片、手術切下的樣本，或近年來逐漸普及的血液檢測（即「液態切片（Liquid biopsy）」）。
檢測結果將決定病人是否「有標靶藥可用」。如果驗出有特定基因突變或分子標記，代表癌細胞具有可被藥物鎖定的目標，醫師才會建議使用對應的標靶藥物；假如結果為否，則必須考慮其他治療方式。
第4步：醫病一起討論及做決定
檢測報告出爐後，醫師會向病人及家屬詳細說明治療選項，包括標靶治療的預期效果、可能副作用、治療方式（口服或注射）、療程長短，以及是否需要搭配其他治療。
這是一道重要的共同決策步驟，病人可依自身需求與生活考量，與醫師一起選擇最合適的治療策略。
第5步：確認用藥資格與相關申請
部分標靶藥物價格昂貴，一個月高達新臺幣十幾萬元，是不是符合健保給付條件，需依照癌症種類、基因檢測結果，還有用於第一線、第二線或更後線治療而定。醫療團隊會協助準備相關資料，進行健保申請或評估自費選項，確保治療能順利進行。
第6步：開始標靶治療與追蹤
完成所有準備後，病人就能開始做治療。治療期間需排定時間用藥，搭配抽血與症狀評估，監測治療效果與副作用。雖然標靶治療和化療相比通常比較溫和，但仍可能出現皮疹、腹瀉、虛弱、噁心、嘔吐或肝功能異常等副作用，需即時與醫療團隊溝通。
第7步：評估療效與調整治療計畫
隨著治療進行，醫師會安排病人定期回診，評估腫瘤的變化。如果腫瘤體積縮小、療效良好，治療將持續進行；假如效果減弱或出現抗藥性，則可能調整藥物、合併其他治療，或者改變治療策略，以達到最佳控制癌細胞效果。
標靶治療不是單純用藥而已，透過嚴謹的程序，臨床醫師能為病人找到最合適的治療方向，提升療效並降低不必要的風險。對癌症病人而言，充分了解治療流程，有助於安心面對治療，也能在醫療決策中扮演更主動的角色。
