清朝時期爆發林爽文起事,芝山巖亦成為戰場,戰死於此之無主屍體約有五、六十具。庄民發善心收埋這些戰歿者,是為大墓公同歸所最早的一批「居民」。
1859年,北臺爆發大規模漳、泉械鬥,芝山巖又被波及,事件中身亡者亦葬於山頭。
約在1896年六氏先生被殺後,庄民重新收納骸骨,將歷年來無主骨骸同葬一穴,是為大墓公同歸所。
傳說在同歸所建立後,當地常在晚上會聽到打殺之聲,隔天早上廟公來打掃時,會發現有骸骨被棄置在外面,一開始以為是野狗叼出來,或是小孩亂玩,但每次把骸骨放回去,隔天又會跑出來,連續幾天,廟公眉頭一皺,感覺事情並不單純......
經詢問開漳聖王結果,係漳、泉兩幫「人馬」互鬥,由於此地主要是漳州人地盤,泉州人不敵,屍骨便被拋到外面。
後來庄民另尋一地埋葬泉人,此事才平息下去。
看來善心人士想讓祂們同歸,無奈漳泉矛盾太深,同歸不了......
雖然暫時解決了,不過為了長遠計,當地四個角頭北山頂、石牌、士林街仔及三芝蘭共同商議,今後要好好普渡一番,以慰幽冥。
過去大約是農曆七月十四日放水燈,七月十五普施,並有賽神豬活動,從參加比賽的神豬有三百多頭,便可知亦是一大盛事。
由此活動還衍生出一段話
「士林街,普電火;石牌仔,普紅龜粿;北山頂,普豬公尾;湳雅(即三芝蘭),普傢伙。」