就在印度與巴基斯坦因為喀什米爾的主權問題而不斷爆發紛爭時，另一個危機也正在悄悄萌芽。如前所述，當巴基斯坦獨立時，其實是由西巴基斯坦與東巴基斯坦所組成的，而東巴基斯坦就是目前的孟加拉。一個在印度的西邊，另一個在印度的東邊，距離極遠，遙遙相望。由於軍政大權都落在西巴基斯坦這邊，讓東巴基斯坦感到長期被忽視，再加上東巴基斯坦本來就是比較貧困的農村地區，與印度的關係也沒有那麼緊張，卻因為兩次的印巴戰爭，而被拖入爭端中，影響了東巴基斯坦與印度的商業貿易往來，更讓東巴基斯坦的人感到不滿，因此想要獨立建國的聲音日漸高漲。
對印度來說，如果東巴基斯坦獨立，不止可以打擊真正掌握軍權大權的西巴基斯坦政府，更能一舉翦除來自東部的軍事威脅，因此幾乎是半公開地支持東巴基斯坦的獨立運動。西巴基斯坦一直支持喀什米爾的穆斯林武裝組織，印度就支持推動東巴基斯坦獨立的組織，以為報復。當時的西巴基斯坦政府則利用各種手段來打擊東巴基斯坦獨立運動，不止大舉搜捕東巴基斯坦獨立運動組織的成員，也調動軍隊無情鎮壓各種示威抗議活動，釀成不少的死傷。在第二次的印巴戰爭結束以後，東巴基斯坦的獨立運動越演越烈，印度不斷在暗中支持，使印度與西巴基斯坦政府的關係更為緊繃。
印度支持東巴基斯坦獨立運動的最大優勢，就是在印度的東部地區，鄰近東巴基斯坦一帶，也混居著大批的穆斯林，他們甚至跟多數的東巴基斯坦人是同一種族、有相同的文化與信仰，只是在印度與巴基斯坦獨立時，被匆促劃入不同的國家。印度甚至在該地設立了西孟加拉邦，因為該地與東巴基斯坦兩地，都同屬於英國殖民時期的孟加拉省。因此當印度政府決定暗中支持東巴基斯坦的獨立運動時，就故意無視西孟加拉邦百姓對於東巴基斯坦獨立組織的各種援助，這些獨立運動人士不只從西孟加拉邦得到金援、武器、物資，甚至在遭到追捕時，都逃往西孟加拉邦躲藏，令巴基斯坦政府無計可施。
緊張情勢在 1971 年來到最高點，東巴基斯坦的各地衝突不斷，由東巴基斯坦獨立運動組織所成立的孟加拉解放軍更為活躍，頻頻以游擊戰術攻擊巴基斯坦政府軍，但並沒有辦法形成取得決定性的優勢。不久後孟加拉解放軍正式成立臨時政府，並擁立謝赫．穆吉布．拉赫曼為總統，此舉讓當時的西巴基斯坦政府極為惱怒，下令全面進行鎮壓，戰火快速蔓延，從小規模零星衝突，變成廣泛的反抗作戰。大批的東巴基斯坦難民逃離家園，向西越過印度邊界，進入阿薩姆邦與西孟加拉邦。而在這些難民中其實夾雜著很多游擊隊員，在印度獲得補給與武器以後，又再返回東巴基斯坦，對抗從西巴基斯坦運送過來的鎮壓部隊。
這樣的情況讓當時的巴基斯坦政府極為不滿，不斷譴責印度，並揚言印度如果不停止援助東巴基斯坦反抗軍，將不惜與印度開戰。但印度仍然繼續無視當時巴基斯坦政府的警告，在東巴基斯坦反抗軍所發起的多次大型攻擊，都可以見到印度在背後支援協助的影子。當時的巴基斯坦政府不斷從西巴基斯坦增援大批的部隊，希望能控制東巴基斯坦，戰事從年中一直持續到年底，雖然巴基斯坦政府軍已成功地控制了局部的情勢，但在印度的暗中支持下，讓巴基斯坦政府軍一直無法完全剿滅反抗的游擊隊。最後到了年底，已忍耐到極限的巴基斯坦政府決定空襲印度，摧毀疑似在協助訓練東巴基斯坦游擊隊的基地，結果卻引爆第三次的印巴戰爭。
印度快速回擊，大軍壓境越過邊界，與反抗軍游擊隊併肩作戰，由於東巴基斯坦的政府軍在數量上居於劣勢，沒多久就全數投降。東巴基斯坦成功脫離西巴基斯政府，宣布成立孟加拉人民共和國，一般簡稱孟加拉。第三次印巴戰爭的結果，巴基斯坦不止失去孟加拉這大片的國土，也無法再從印度的東側牽制印度，同時也讓印度與巴基斯坦的緊張關係則來到最高點。在巴基斯坦揚言一定會報復的情況下，印度加快投入核子武器的秘密研發計畫中，並在 1974 年中旬完成了第一次的核子試爆，擠身為核武國家。在印度完成核武試爆以後，讓巴基斯坦大為緊張，也加緊腳步發展核武以為反制，為了達到這個目的，巴基斯坦進一步向中國靠攏，好從中國獲得發展核武的裝備與技術。
印度在第一次核武試爆後，衡諸於國際反應與技術可能尚未十分成熟，因此又隔了很多年，才在 1998 年進行第二次試爆，而已經準備完全的巴基斯坦，立刻在一個多月後，進行首次的核武試爆，正式宣告兩國都已經成為核武國家。而在這前後，兩國仍然針鋒相對，特別是在喀什米爾地區，常常會出現小規模的零星衝突，多數是當地的激進穆斯林武裝組織對印度駐軍發動攻擊，或是巴基斯坦與印度的駐軍，就邊界的問題而發生衝突。雙方互相開槍射擊或發射小型火炮彼此攻擊的新聞時有所聞。
而最近一次的嚴重衝突，就是在2019年2月中旬，喀什米爾的親巴基斯坦穆斯林武裝組織，對運送印度軍警的車隊發動自殺炸彈攻擊，造成 44 人喪生，引發印度社會群情激憤。在印度正臨大選的情況下，印度政府對喀什米爾的穆斯林武裝組織展開嚴厲的報復性打擊，並指控是巴基斯坦在背後指使操縱。雖然巴基斯坦立刻全盤否認，但冰凍三尺非一日之寒，印度政府在數天後，派遣了空軍戰機空襲位於巴基斯坦境內的可疑營地，指稱這些目標就是巴基斯坦所資助的喀什米爾穆斯林武裝組織訓練營。
巴基斯坦在遭到攻擊後，除了嚴厲的譴責印度挑釁外，也公開表示印度有的巴基斯坦也有，暗指巴基斯坦也有核武，並且在稍後於喀什米爾上空擊落兩架印度戰機，以做為報復。其中一架戰機的飛行員，在逃傘逃生時掉入巴基斯坦所控制的地區，遭到俘虜，但巴基斯坦政府雖然嘴上強硬，其實並不想真正橫生事端，在數日後即將飛行員送返印度，暫時結束這場危機。
回顧這場自殺攻擊與軍事衝突，其實就是整個印巴交惡史的縮影，歷史遺留的兩國獨立恩怨問題，雷德克里夫線引發大屠殺所造成的宗教對立，喀什米爾穆斯林武裝激進組織尋求統一的願望，孟加拉獨立戰爭後的核武發展競賽，都讓兩國幾乎沒有化干戈為玉帛的空間。也許大英帝國已經消逝，但所留下的問題卻仍然揮之不去，直到今天依然存在。（完）
