「應仁之亂」以足利義尚繼任第九代將軍告一段落。足利義視及其兒子足利義材，在西軍將敗之際，逃到美濃國。義尚在延德元年 (1489 年) 病死軍中，義視和義材一起「上洛」，支持兒子競逐第十代將軍。足利義政、細川政元 (細川勝元之子) 則推舉堀越公方足利政知之子足利義澄。雙方爭持不下，最後，義尚生母日野富子決定支持義材 (因義材為其嫡親妹妹之子)，義材卒之就任第十代將軍，義視則出家為僧。細川政元與伊勢貞宗、足利政知結成同盟，與足利義材父子對抗。伊勢貞宗乃伊勢貞親之子，貞親收北條早雲父親為養子。
足利義材繼任初期，實權仍掌握在足利義視手中。義視死，義材欲獨斷幕政，此舉惹起日野富子不滿，日野富子轉為支持細川政元。義材在外征戰，細川政元等人趁機發動政變，廢黜義材，擁立足利義澄為將軍，史稱「明應之變」。義材不久被擊敗，押往京都，幽禁在龍安寺。日野富子打算毒死他，未有成事。義材後來逃離京都，與義澄為首的幕府相抗衡。隨著細川政元遭暗殺、義澄病死，義材一度重任將軍，可惜未幾又亡命收場。
「明應之變」令室町幕府威信盡失。另一方面，關東地區局勢也出現變化。且說足利尊氏開創室町幕府時，曾把鐮倉分封給自己的兒子，是為鎌倉公方。鐮倉公方以關東管領為輔佐，支配關東八國和伊豆、甲斐共十國 (後來也管轄陸奧國、出羽國)。其體制與室町幕府類似，儼如另一幕府。第六代將軍足利義教在位時，鎌倉公方足利持氏反叛，關東管領上杉憲實進諫，反被出兵討伐。幕府出兵討伐足利持氏，足利持氏兵敗自殺，史稱「永享之亂」。持氏雖自殺，其子足利成氏再被擁立為鎌倉公方。足利成氏不滿關東管領上杉憲忠 (憲實子)，將其暗殺。關東管領從此與鎌倉公方長期對抗，幕府派駿河守護今川氏前往討伐鎌倉公方，足利成氏逃到古河，成立古河公方，史稱「享德之亂」。
關東管領上杉氏支持堀越公方足利政知，古河公方卻獲得北關東豪族支持，雙方對抗三十年。延德二年 (1491 年)，堀越公方發生內亂，被伊勢盛時 (即北條早雲) 消滅。伊勢盛時又消滅相模國三浦氏，佔領小田原城。伊勢盛時的崛起，迫得古河公方要與舊敵上杉氏聯手，奈何在河越城之戰，聯軍敗北。小田原北條氏一躍成為關東地區最強的大名。
北條早雲，原名伊勢盛時，父親是備中國高越山城主伊勢盛定。「應仁之亂」時，北條早雲曾前往駿河國避難，他的姊姊北川殿是駿河國守護大名、今川家第六任當主今川義忠的妻子。今川義忠與北川殿誕下龍王丸 (今川氏親)，家督之位卻由堂兄小鹿範滿繼承。北條早雲於是以舅舅的身分，充當龍王丸的監護人，回到駿河，討伐小鹿範滿，擁立龍王丸為今川氏家督。
