有些人說顏尼歐·莫利克奈的配樂總是太過油膩、太過飽滿，甚至時常搶了電影的風采，我不知道是明貶還是暗褒，因為確實只要聽到他的配樂，你就會想到那部電影，甚至是當時的觀影情境，然而在《教會》的開頭，在顏尼歐‧莫利克奈令人陶醉的音樂出現前，有一個沒有音樂，只有水聲的畫面，那個畫面，預告了接下來的一切與之後。
．約翰福音第一章第五節：「光在黑暗中照耀，黑暗決不能勝過衪。」
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在電影這個開場，被原住民殺死的教士近乎戲謔與巧合的以奇特的妝束出現在我們面前，由於這一個傳教士是第一個來此的，原住民不可能知道耶穌基督的形象，然而他卻怪異的被戴上荊棘冠冕，綁在十字架上，順水流下，他死了嗎？他昏了嗎？又或者他只是沈睡著？作為第一個來此的傳教士，他也成為了第一個順水飛下瀑布的人，這是開頭最令人印象深刻的事件，一個令人印象深刻的失敗。
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然而在此之後，他的死卻招來了更多的教士，當年還是鮮肉的傑瑞米·艾恩斯所飾演的加百列帶著更鮮的連恩·尼遜所飾演的菲爾丁來到了這個上一位傳教士勉強到達便止步於此的瀑布上游，繼續深入叢林，他未尋得原住民們，卻開始吹起了笛子，即便仍然拿著武器對準著他，然而原住民們卻已被這個手無寸鐵的男人之笛聲所吸引，聽得如痴如醉，那是他們從未聽過的聲音
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一名年邁的原住民不屑的走過去搶走笛子折成兩半，氣氛一度劍拔弩張。
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然而在此之後一名年輕的原住民卻將折半的笛子撿起，組合起來交還給傳教士加百列，他們不只沒有殺了他，還邀請加百列到他們部落去，基督教的火苗於是在此地開展，原住民們拿著一幅母子畫像端詳，這一切都是由藝術開始。
基督教什麼時候誕生?難道不是基督失敗之後方才誕生的嗎?那些聲稱基督復活，基督不死的人，將其失敗看作一種開端，基督的故事是一個失敗者的神話，其所指向的，並非不可復返的天堂，而是每一個在地上的肉體，因為他們都分得了基督的肉與血，在基督死後延續著他的精神，以失敗而言，我們看到了人性，以求全而言，我們看到了神性，而從失敗到求全，正是一個能夠知罪改過的重新站起的過程，將人能力不全而導致的必然失敗轉換成偶然成功，如同本片裡，由勞勃狄尼洛所飾演的奴隸獵人羅德里戈，因為發現心愛的弟弟與心愛的未婚妻通姦，一時之間由愛轉恨，在決鬥中殺死自己的弟弟，等到發現自己鑄成大錯時已經後悔莫及。
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即便法律上決鬥殺人無罪於他，然而他對弟弟的愛卻在清醒後迫使他將自己關在修道院，以飢餓折磨自己曾經引以為傲的肉體，加百列來探望他，他要加百列別管他，或者殺了他，加百列則語帶挑釁的告訴他是否有勇氣接受苦修來洗清自己的罪，嘗試重新做人，羅德里戈反唇相譏：
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「我敢不敢試？那你敢不敢看我失敗？」
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於是羅德里戈開始跟著加百列與菲爾丁前往瀑布上的叢林，當然，是由下而上，然而使這趟旅程更加艱辛的是羅德里戈將成堆胄甲捆在一起，綁在身後，躊躇前行，這不是加百列要求的懲罰，而是羅德里戈施加給自己的懲罰，於是一次次的，在濕滑且銳利的岩石上，他滾了下去，又由下而上的重新向上爬，沒人能幫他卸下這個重擔，即便不忍的菲爾丁揮刀斬斷繩索也毫無幫助，羅德里戈將繩索剩餘的一端繼續綁到身上，只因肉體的痛苦絲毫不能蓋過他心靈的痛苦。
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這樣的苦行一直持續到了瀑布上叢林裡的原住民村落，他們看到熟悉的傳教士背後跟著一個陌生人，仔細一看那個陌生人竟是曾經來這邊捕獵自己親朋好友下山去賣的奴隸獵人，他們的眼神在驚訝中還有些許的憤怒，但眼前這個人絲毫不見當初的跋扈，反而還落魄的令人驚訝，曾拿繩索縛人的，現在被繩索縛著，渾身都是褐黃色的爛泥。
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一位原住民靠了過來，抽出刀子，抵他脖子，另一位原住民瞪視著他，
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在那位瞪視者的命令下，他將這個人繩索砍斷，並且將拖在這人身後的甲冑丟到一旁的河裡。
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羅德里戈哭泣了，或許從出生以來，甚至是被未婚妻背叛，或者殺了弟弟後，他都從未哭泣過，然而此刻他卻哭泣的彷彿新生嬰兒般，他之前所鄙視瞧不起的，被他當動物一樣捕捉買賣的原住民們，此刻卻是讓他新生的人，斬斷的繩索彷彿他與罪孽的臍帶一般。
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而此時電影甚至還未滿一小時。
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他們一同建設村落，一同進行活動，與其他與他們膚色相同的殖民者不同，他們並沒有奪去當地人的風俗與收入，而是運用自己的知識幫助當地，同時傳播福音，一切看來相當順利，和樂融融，然而這僅是暴風雨前的甜蜜寧靜，更大的風暴正朝他們而來，更多的挫敗，更多的失敗，彷彿是更大的對他們的考驗。
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當地的殖民者們希望接手他們的領域，與來此傳教的耶穌會不同，殖民者們始終認為這些原住民並非人類，而僅是人形動物，因此認為他們只是工具而非受上帝垂憐的同胞，當地主教，也就是本片的敘事者，開始講述自己如何涉入這整件事，卻力不從心，甚至失敗的過程，即便他發現這裡的每一處教會都被經營的有聲有色，甚至還有當地的原住民也成為了教士，同時人們靠著自身的勞動餵飽自己，而不用像是殖民者統治下的原住民背上都是傷痕，生活在疲勞與痛苦，而是平靜與喜樂之中，然而俗世的權勢卻不斷逼迫著他，最終，他投降了，為了耶穌會勢力在殖民者領地的存續，他告訴加百列：
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「神父，你的教會要生存，這裡的傳教（MISSION即本片原文名稱)必須要犧牲。」
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他下了驅逐耶穌會教士以及原住民們的判決，要讓他們被驅離自己從零到有，自力打造的天堂。
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一連串的行動開始了，原住民們並沒有如判決所承諾的，有尊嚴的離開，而是像牲畜一般被追趕劫走，包括那位成為教士的當地原住民，也被扒光衣服，貶為奴隸，仗著代表梵蒂岡的主教之判決結果，殖民者們率領軍隊毀壞且洗劫了一切，並逐步朝瀑布上方的教會襲來，而羅德里戈也與加百列產生了爭執，他認為應當使用武力來保衛當地人的生存，但加百列卻不認同羅德里戈的選擇，他大聲斥責：
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「如果你死前滿手血腥，羅德里戈，你便背叛了我們所做的一切，你許諾你的生命給上帝，而上帝代表著愛！」
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電影最後四分之一是規模最大，最為精采的三線式戰爭，羅蘭·約菲在此展現了精湛的場面調度能力，羅德里戈率領部分原住民在叢林間與殖民者軍隊戰鬥，菲爾丁率領部分原住民在河上逆向伏擊殖民者的木伐隊，而加百列則與大部分原住民在部落留守，他與前兩隊不同，並非準備作戰武器，而是準備宗教儀式，帶領眾人舉辦儀式，看似一無所用，卻是三組中唯一動搖軍隊人心的，他們的歌謠傳出建築，進入襲來士兵的心中，這樣的藝術使得他們遲疑自己正要做的事情
是否是正確的，自己是否真的在勦滅野蠻？還是只是濫殺無辜？屠戮與自己其實並無差別的，地上的兄弟們？
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焰火終究吞噬了一切，倒地的羅德里戈失敗了，他沒有引爆炸藥，多炸幾個士兵，替原住民們多爭取些時間，他看著加百列帶隊拿著聖器「聖體光」，直直朝軍隊而去，然而軍隊卻沒有停下槍火，人們漸次倒下，包括加百列，但是他看到了一個奇蹟。
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今日，觀看《教會》這部電影特別有滋味，因為，看那些與世俗權力交相勾結，協助生靈塗炭，抑或別過頭去不敢看那些流血的，受苦的人們的教徒們，特別有趣，樂看紅衣女子拿著塑膠劍翩翩起舞的他們，只顧喝酒吃餅，大啖奶與蜜，還有與兄弟姊妹生養眾多，卻忘記了，在基督活著的時候，獨身的他對抗著羅馬暴政，而在《教會》裡，在這些殖民者中，獨身的傳教士們對抗著他們同胞的陰暗面，是他們以自己的生命，一次次的延續基督的「失敗者的神話」，一次次的擦亮教會的招牌，也是因為他們，在毀滅降臨之後，殘存的原住民孩童們，居然在傳教士們都犧牲後，還回去教會廢墟撿拾樂器，張著天真大眼的他們見證了一切暴行而不被恐懼所擊倒，因為他們看到了義人們的奮勇。
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希伯來書 第十一章：「這些人都是存著信心死的，並沒有得著所應許的，卻從遠處望見，且歡喜迎接，又承認自己在世上是客旅，是寄居的。」
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如果一個失去基督精神的教會獻媚於威權，而失去自己賴以生存的福音，那麼擴張的再怎麼大又有什麼意義？正如君士坦丁後來立其為國教又有何用哉？《教會》所展示的，不只是對基督教們的拷問，也是對人生在世所作所為的反思，那是關於你為何而活又為何而死，對於你為何而活又為何而死的，是否相信其有夠高的價值，會在未來由一代又一代的新生命接下去，如同那一只在烈火與槍火中，被高舉的「聖體光」，在一個人倒下後，會由另一個人舉起，這是堅定信仰而致的奇蹟，是個人所不能成的奇蹟。
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基督的神話是失敗者的神話，然而這樣的失敗會導致的，不是終結，而是永續。
