《蒲生邸事件》是一部融合科幻、推理、歷史、愛情與少年成長的長篇小說。描述一位平成時代的高三男孩尾崎孝史，因為第一次到東京應考時，五家大學都落榜，第二次為了考補習班，到東京平和町一家蕭索小飯店住宿。這間小飯店名叫「平和町第一飯店」，前身是陸軍大將蒲生憲之的私人西式宅邸。不料第二天晚上，小飯店發生火災，有位時光旅行者平田，在千鈞一發之際，救了尾崎孝史，並把他拉到「二二六事件」爆發的昭和十一年（一九三六）二月二十六日當天。
所謂「二二六事件」，是一群三、四十歲的「皇道派」青年將校（以大尉、中尉、少尉為主），打著「昭和維新．尊皇討奸」口號，主張只要以武力殺害元老重臣，便能一掃陸軍內部的腐敗，實現天皇親政。基於這種思想，他們於昭和十一年二月二十六日深夜至黎明，率領一千四百餘步兵、砲兵，殺害了當時的內大臣（天皇近侍）齋藤實、陸軍教育總監（大將）渡邊錠太郎、大藏大臣（財政部長）高橋是清等人，並佔據陸軍大臣官邸等地。此「叛亂」僅持續三天即以失敗告終。東京澀谷區神南有此事件的慰靈碑。
日本多數人認為「二二六事件」對於太平洋戰爭有著決定性的影響。事件結束後軍人獨裁專權，議會宛如軍部魁儡，為後來步向戰爭種下導火線。
時光旅行者平田具有特殊能力，能在時光隧道裡來回。但因為這種能力，使得他的周遭散發出一種陰暗的氛圍，像一個會吸走光的黑洞，因而容易受到他人排斥。
平田的能力不及於具有同樣能力的阿姨黑井，無法在短時間內連續跳越時空，那會使肉體無法承受。因此，已經習慣於一按開關就什麼都自己做好的平成時代少年，不得不留在昭和十一年的時代度過八天的生活。
這八天裡，他不但以旁觀者體驗了「二二六事件」，也實際干預了蒲生邸所發生的「大將自決事件」。
蒲生憲之是作者虛構的人物，「二二六事件」卻是真實發生的歷史，但在小說中只是背景，並非主題。也許「歷史潮流中的個人」才是宮部美幸想勾勒的。
蒲生大將因著黑井的能力，看過未來，知道國家即將迎來的黑暗，他試圖改變，然而結果仍舊教他深深的失望。如同事件結束後，站在街道上望向歡笑人群的孝史一樣，孝史想大叫，想告訴他們快點回頭，但卻只有淚水滾落，因為，說了也沒用，沒人會相信。「歷史是人類累積而成。層層累積的東西要垮時，再怎麼擋都會垮，要歪斜時，再怎麼扶還是會歪斜。歷史的洪流是必然的，即使是一個通曉過去的人穿越時空，提出種種忠告，想徹底改變歷史的流向是不可能的。」
因此蒲生憲之決定將一切寫下來，希望藉由這份文書換來死後的名譽。而他的兒子蒲生貴之，稱這份文書為「骯髒的搶先集大成」，是站在已知的立場上，去批判什麼都不知道的人今後將要去做的事。
孝史曾問貴之將文書埋葬在黑暗中是否事件好事？貴之說，「現在不曉得，在我真正活過之前。」而再度回到未來的孝史發現，貴之沒有將這份文書公諸於世，膽小的貴之不再膽小，他努力的活過了那個時代。而某種意義上孝史確實改變了歷史。
事實上平田曾嘗試跳回某些災難發生前的時刻，企圖阻止，但換來的結局卻是另一批代 罪羔羊。「改變個別人類或事實是沒用的。歷史會自行修正，找出替代人選，吞沒小小的偏差或改變。」如此反覆多次後，平田感到絕望，他自嘲說，「一個擁有穿越時空能力的人，說起來，算是一種偽神。」乍看之下有神的能力，卻無法有拯救蒼生的可能。
然而平田的阿姨黑井卻不這麼認為。她肯定這件事，高興的接受，為自己中意的人，喜歡的人、珍惜的人，同情的人使用這種力量，燃燒自己的生命，並為此感到驕傲。
然而絕望的平田卻找到了逃離這個立場的手段，逃離偽神，逃離站在高處，俯視在每個時代努力活下去的人。他說他要「活在這個時代」，活在昭和十一年的時代。「我要在即將進入戰爭的時代扎根，作為這個時代的人來體驗。不管多麼艱辛，都不能有半點蒙蔽、預測、捷足先登，一切都要親身體驗。」他想成為一個俯拾皆是的，理所當然的人。是在歷史潮流當中，看不見未來卻拚命活下去的人。然而宮部美幸卻為他安排了「戰死」的結局，但我想他不會感到後悔，他已經成為了他所想成為的人。
小說中孝史對蒲生邸中的女僕向田蕗的感情，為沉重的背景注入一股清流。孝史對阿蕗一見鍾情。在某一次平田帶著還無法接受眼前一切的孝史，進行了失敗的跳躍。本該回到未來卻掉進了昭和二十年五月二十日的空襲裡，蒲生邸被火焰吞噬，這時孝史看到了，全身著火的阿蕗，伸出滿是水泡的手，向他們求救。於是又回到昭和十一年的孝史決定要改變阿蕗的未來。而孝史也確實成功了。
孝史跟阿蕗約好要在孝史的時代見面。平成六年（１９９４）四月二十日。「向田蕗將在生日的那一天，變成一個又小又可愛的老婆婆，來見尾崎孝史。」但孝史等到的卻是阿蕗孫女送來的一封信。「孝史先生：現在寫這封信給您，時間是昭和六十三年（１９８８）的九月四日，我七十二歲了。…正在看這封信的孝史先生，您好嗎？」多令人鼻酸的一段話，阿蕗確實活過了戰爭的時代，戰後也還活著。
戰爭的時候是不是很害怕？第一次聽到昭和天皇的聲音時有什麼感想？孝史有好多好多的問題想問，然而她與孝史之間隔著整部的昭和史，那重量沉得單手都拿不起來。小說中的人物不論是孝史、平田、阿蕗、貴之，或是蒲生大將，都只是歷史潮流中的個別零件。人面對歷史的時候是無能為力的。孝史經過這趟旅程後有所成長，變得更加成熟穩重。歷經過「二二六事件」讓他更理解到自己在歷史潮流中的定位。「我看到過去，然後終於明白，過去不可能改變，未來的事想得再多，煩惱再多都沒用，該怎樣就會怎樣。正因如此，我才更想好好活下去。不需要找什麼藉口，只要活在當下，盡最大的努力就好。只要人生的每個當下都盡力就夠了。 」
