女孩「花」戀上狼人,兩人生下一對兒女,大女兒在下雪天誕生,取名為雪,小兒子在雨天來到世上,取名為雨。狼在兒子出生未久後離世,花為了讓兒女能在不受歧視且能盡情展現自我(狼人身份)的環境下長大,決定帶著他們搬到偏遠的鄉下生活⋯⋯
細田守導演擅長以科幻或奇幻題材,談青春與成長、死亡與重生、科技、傳統與自然共生等議題。《狼的孩子雨和雪》裡,花為了兒女,選擇離開城市前往偏遠鄉下定居,從頭開始學習如何整修房子、開墾荒地、與鄰人交往等,並且為了幫助孩子瞭解他們的身份,研習野生動物的習性和知識,想為孩子的成長奠下良好的基礎。
然而,擁有愛就能克服所有難關嗎?花深愛著丈夫,仍無法阻止丈夫的逝去,無力跨過死亡的邊界與丈夫相守。同樣的,花給予兒女們全心全意的愛,犧牲奉獻,毫無怨尤,但她與兒女之間依然存在著一道隱形且牢不可破的界線(物種差異)。《狼的孩子雨和雪》最無奈的論述也在於此,導演向觀眾闡述了「愛(親情、愛情)」的偉大,卻也坦率地指出:再偉大的愛都無法將心愛的人永遠綁在身邊,再強烈的愛依然會迎來分離,因為生命的常態,就是不斷地相聚與離散、離散與相聚。
安托萬.德.聖修伯里(Antoine de Saint-Exupéry)的《小王子》書中,狐狸曾對小王子說:「如果你馴養了我,我們就互相不可缺少。」關係的建立來自於愛與關懷,一旦有所付出,就會產生感情(依賴),一旦產生感情,就要面對日後別離的哀傷。《狼的孩子雨和雪》亦是如此,狼帶給花愛情,也讓她經歷失去摯愛的苦痛;花的兒女給予她心靈的慰藉,但她仍要面對孩子們長大後,將會離家展開新生的事實。
花是雨和雪的母親,但他們的身份終究不同(人與狼人),這道出每個個體(即使有血緣關係)都是獨立且獨特的存在:雪年幼的時候特別地調皮,進入學校就讀後,同儕壓力令她不敢再展現自身「野性」的一面(暗示女性在日本更受到壓抑,更無法,或說害怕做自己),慢慢地,雪變得內斂,收拾起爪子(情緒),成為一個有禮貌(臣服於規範)的少女。雨小的時候相當地害羞膽小,直到某天發現自己體內擁有豐沛的能(力)量,他接受這樣的自己(男性擁有較多的機會擁抱與開發本性),他在森林中與一隻經驗豐富的狐狸學習野外求生技能,最終脫離人類社會,回到山林之中。