女孩「花」戀上狼人，兩人生下一對兒女，大女兒在下雪天誕生，取名為雪，小兒子在雨天來到世上，取名為雨。狼在兒子出生未久後離世，花為了讓兒女能在不受歧視且能盡情展現自我（狼人身份）的環境下長大，決定帶著他們搬到偏遠的鄉下生活⋯⋯
細田守導演擅長以科幻或奇幻題材，談青春與成長、死亡與重生、科技、傳統與自然共生等議題。《狼的孩子雨和雪》裡，花為了兒女，選擇離開城市前往偏遠鄉下定居，從頭開始學習如何整修房子、開墾荒地、與鄰人交往等，並且為了幫助孩子瞭解他們的身份，研習野生動物的習性和知識，想為孩子的成長奠下良好的基礎。
然而，擁有愛就能克服所有難關嗎？花深愛著丈夫，仍無法阻止丈夫的逝去，無力跨過死亡的邊界與丈夫相守。同樣的，花給予兒女們全心全意的愛，犧牲奉獻，毫無怨尤，但她與兒女之間依然存在著一道隱形且牢不可破的界線（物種差異）。《狼的孩子雨和雪》最無奈的論述也在於此，導演向觀眾闡述了「愛（親情、愛情）」的偉大，卻也坦率地指出：再偉大的愛都無法將心愛的人永遠綁在身邊，再強烈的愛依然會迎來分離，因為生命的常態，就是不斷地相聚與離散、離散與相聚。
安托萬．德．聖修伯里（Antoine de Saint-Exupéry）的《小王子》書中，狐狸曾對小王子說：「如果你馴養了我，我們就互相不可缺少。」關係的建立來自於愛與關懷，一旦有所付出，就會產生感情（依賴），一旦產生感情，就要面對日後別離的哀傷。《狼的孩子雨和雪》亦是如此，狼帶給花愛情，也讓她經歷失去摯愛的苦痛；花的兒女給予她心靈的慰藉，但她仍要面對孩子們長大後，將會離家展開新生的事實。
花是雨和雪的母親，但他們的身份終究不同（人與狼人），這道出每個個體（即使有血緣關係）都是獨立且獨特的存在：雪年幼的時候特別地調皮，進入學校就讀後，同儕壓力令她不敢再展現自身「野性」的一面（暗示女性在日本更受到壓抑，更無法，或說害怕做自己），慢慢地，雪變得內斂，收拾起爪子（情緒），成為一個有禮貌（臣服於規範）的少女。雨小的時候相當地害羞膽小，直到某天發現自己體內擁有豐沛的能（力）量，他接受這樣的自己（男性擁有較多的機會擁抱與開發本性），他在森林中與一隻經驗豐富的狐狸學習野外求生技能，最終脫離人類社會，回到山林之中。
